1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 질의교회는 부목사 사택(아파트)을 취득하여 부목사 및 그 가족이 거주하는 등 사택을 종교 교화업무에 전업하여 사용하고 있었음.

- 사용하던 아파트가 재건축조합에 신탁등기되고 이후 아파트 단지 전체가 재건축 중에 있으며, 재건축 사업이 완료되어 입주예정임.

- 질의교회는 아래 사택 중 A동과 B동의 사택을 매각하여 매각대금으로 부속 교육관을 매입하고자 함.

□ 질의내용

1) 질의교회는 국세기본법 제13조에 의하여 법인으로 보는 단체로 승인받음. 이 경우 질의교회가 법인세법상 비영리법인인지 소득세법상 거주자인지 여부

2) 사택양도가 주택(아파트) 양도인지, 아파트 입주권의 양도인지 여부

3) A․B동 양도에 따른 양도차익에 대하여 국세의 과세여부, 국세가 과세될 경우 아래 방법 중 어떤 방법에 의하여 신고하는지 여부

① 법인세법 제60조의 규정에 의하여 법인세로 신고하는지

② 법인세법 제60조 신고대신 토지 등 양도소득에 대한 과세특례가 적용되는지 여부

③ 아니면 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 양도소득세 세율을 적용하여 신고하여야 하는지 여부

【關聯法令】

□ 법인세법 제1조 【정 의】

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. (1998. 12. 28. 개정)

1. “내국법인”이라 함은 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

2. “비영리내국법인”이라 함은 내국법인 중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다. (1998. 12. 28. 개정) (중략)

다. 「국세기본법」 제13조 제4항의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) (2006. 12. 30. 개정) (이하생략)

□ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】 (2007. 12. 31. 제목개정)

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다. (1994. 12. 22. 개정)

1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것 (1994. 12. 22. 개정)

2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것 (1994. 12. 22. 개정)

3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 (중략)

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다. (1994. 12. 22. 개정)

□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (중략)

 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (이하생략)

□ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】(중략)

② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (2009. 2. 4. 개정)

□ 법인세법 기본통칙3-0…1【비영리내국법인의 납세의무】

비영리내국법인은 수익사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생긴 소득에 대한 법인세와 법 제55조의 2 및 제95조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.

□ 법인세법 제62조의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

 1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분

 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (이하생략)

□ 법인세법 제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. (중략)

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2010년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액 (2009. 5. 21. 개정)

가. 「소득세법」 제104조의 2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) (2009. 5. 21. 개정)(중략)

2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정)

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설) (이하생략)

□ 주택법 제2조 【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. (2009. 2. 3. 개정)

1. “주택”이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 이를 단독주택과 공동주택으로 구분한다. (2009. 2. 3. 개정)

□ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. (2008. 12. 26. 개정) (중략)

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2000. 12. 29. 개정)

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) (2000. 12. 29. 개정) (이하생략)

□ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. (1998. 12. 31. 개정) (중략)

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축 허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.(이하생략)

□ 소득세법 기본통칙 94-1 【부동산을 취득할 수 있는 권리의 예시】

영 제157조 제3항에서 “부동산을 취득할 수 있는 권리”라 함은 법 제98조에서 규정하는 취득시기가 도래하기 전에 당해 부동산을 취득할 수 있는 권리를 말하는 것으로 그 예시는 다음과 같다.

1. 건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리(아파트당첨권 등)

2. 지방자치단체ㆍ한국토지공사가 발행하는 토지상환채권

3. 대한주택공사가 발행하는 주택상환채권

4. 부동산매매계약을 체결한 자가 계약금만 지급한 상태에서 양도하는 권리

□ 소득세법 기본통칙 98-3 【부동산에 관한 권리의 취득시기】

부동산의 분양계약을 체결한 자가 당해 계약에 관한 모든 권리를 양도한 경우에는 그 권리에 대한 취득시기는 당해 부동산을 분양받을 수 있는 권리가 확정되는 날(아파트당첨권은 당첨일)이고 타인으로부터 그 권리를 인수받은 때에는 잔금청산일이 취득시기가 된다.

□ 소득세법 기본통칙 98-2 【신축건물의 취득시기】

① 건설중인 아파트의 분양계약에 따라 잔금청산일까지 당해 아파트가 완공되지 않은 경우에는 건물이 완성된 날을 취득의 시기로 본다.

② 제1항에서 규정하는 “건물이 완성된 날”이라 함은 당해 건물에 대한 사용승인일을 말한다. 다만, 사용승인전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

【關聯例規】

○ 법인세과-412(2009.4.8.)

비영리내국법인인 종교단체가 종교용부지로 사용하기 위해 토지개발공사로부터 토지를 분양받고 계약금을 납부한 상태에서 다른 종교단체에 양도하는 경우에는 ｢법인세법｣ 제3조제3항제5호의 규정에 의한 수익사업에 해당하는 것으로 같은 법 제60조제1항의 규정에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 하는 것입니다.

○ 재재산-1730, 2004.12.30

도시 및 주거 환경정비법에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업 조합의 조합원이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위는 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리에 해당하며, 그 권리의 취득시기는 당해 부동산을 분양 받을 수 있는 권리가 확정되는 날로 함. 다만, 권리가 확정된 날 이후에도 철거되지 않은 건물이 사실상 주거용으로 사용하고 있는 경우에는 이를 주택으로 보며, 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항임.

○ 국심2001중1077(2001.10.9.)

(2) 소득세법상『부동산을 취득할 수 있는 권리』의 양도로 과세받기 위하여는 관리처분인가일부터 당해 주택이 완성되기 전에 양도된 사실이 인정되어야 하는 바(국심 96중 1404, 1996. 12. 31 등 같은 뜻임), 쟁점재개발아파트의 경우 1996. 8. 23 ○○구 고시 제 1996-31호로 관리처분계획이 인가되고 1997. 10. 30 ○○구 주택 58531-1576호로 임시사용승인된 사실이 처분청의 당초 조사서 및 그 부속서류의 기재내용에 의하여 확인되고 이 점에 대하여는 청구인도 다툼이 없다.

(3) 이러한 사실을 놓고 볼 때 청구인은 쟁점재개발아파트가 사실상 완성되어 입주사용이 가능한 상태에서 이를 양도한 점이 인정되고 따라서 청구인이 양도한 것은 부동산(건물·토지)이지 부동산을 취득할 수 있는 권리에 해당한다고 보기는 어렵다 하겠다.

○ 재산46014-20, 2001.01.04

【질의】

무주택 세대주로써 1996년도에 A아파트를 구입 보유한 상태에서 1999년 5월에 B아파트(2002년에 재건축예정임)를 구입하였음.

(질문)

현재 1가구 2주택 상태에서 1세대1주택으로 환원된 시점은 언제가 되는지. (인가일, 철거일등)

【회신】

소득세법 제94조 양도소득의 범위를 판정함에 있어 도시재개발법에 의한 관리처분계획인가일 또는 주택건설촉진법에 의한 사업계획승인일부터 당해 재개발 또는 재건축아파트의 사용검사필증 교부일(사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일)까지는 이를 “부동산을 취득할 수 있는 권리”로 보아 양도소득세를 과세하는 것임.