1. 질의내용 요약
○ 사실관계
- 선교목적에 사용하기 위해 교회명의로 건물을 분양받음. 10년 이상 고유목적(종교활동)에 사용한 후 2005년에 법인으로 보는 단체로 승인받음.
- 승인이후에도 3년이상 고유목적사업에 사용한 뒤 2009년 4월 신축이전 목적으로 제3자에게 매도함.
- 지하 1층, 지상3층, 지상 4층은 취득(1995년)시점부터 양도(2009년)시점까지 계속 종교용으로 사용하였으며
- 지상1층 및 지상2층은 1995년부터 2007년까지 종교활동 목적으로 사용하였고, 2007년부터 2009년 양도시점까지 본 교회 신도 자녀들의 선교목적으로 1층은 어린이집, 2층은 어학원으로 운영함
- 어린이집과 어학원은 목사 개인명의로 사업자등록을 함.
○ 질의요지
1) 어린이집과 어학원 운영을 고유목적사업으로 보아 교회건물 양도에 대한 법인세 과세제외 여부
2) 교회가 목사에게 어린이집과 어학원에 무상임대한 것을 수익사업으로 본다면, 건물 전체의 양도차익 중 2개층(어린이집 및 어학원 운영 층)에 대한 양도차익에 대해서 법인세 신고납부 여부
【關聯法令】
□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. <개정 2008.12.26 부칙>
1. 각 사업년도의 소득
2. 청산소득
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
③ 비영리내국법인의 각 사업년도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (중략)
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입(이하생략)
□ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】
② 법 제3조제3항제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. <개정 2009.2.4 부칙>
□ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】
① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다. (1999. 5. 24. 개정) (이하생략)
【關聯例規】
□ 서면2팀-1434(2007.08.01)
【질의】
(현황)
A재단법인은 국내의 수녀양성, 교육, 진료, 보육, 전도, 기타 자산사업을 위하여 필요한 토지ㆍ건물 및 재산의 관리와 공급을 목적으로 하는 비영리내국법인임.
비영리내국법인인 A재단법인은 기본재산 중 일부 토지와 건물에 대하여 B대학교 의과대학과 무상임대계약을 체결하여 B대학교 의과대학 부속병원의 병원 건물로 활용하게 하고 있음.
지역개발에 따른 토지 수용으로 이전을 계획 중인 바, 토지의 수용상 발생하는 양도차익과 관련하여 고유목적사업 여부에 대하여 질의함.
(질의사항)
B대학교 의과대학과의 무상임대계약에 따라 기본재산인 토지와 건물을 의과대학부속병원이 사용하게 한 사실이 정관 상의 고유목적사업인 ‘교육, 진료에 필요한 토지ㆍ건물의 관리 및 공급’에 직접 사용한 것으로 간주할 수 있는지 여부
【회신】
귀 질의의 경우, 종교재단인 A법인이 토지와 건물을 특수관계자가 아닌 B대학법인에 무상임대하여 의과대학 부속병원으로 활용토록 한 경우에, 당해 토지와 건물은 「법인세법」 제3조 제2항 제5호 및 동법 시행령 제2조 제2항 규정의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당하지 않는 것임.
□ 법인46012-354(2003.05.28)
【질의】
기독교대한○○회 유지재단이 1961년 9월 취득한 임야를 1976년 10월부터 군부대가 무단 점유하고(국방부도 무주부동산으로 보아 소유권등기필. 소유권이 재단과 이중등기 → 국방부 등기는 1994년 3월 재단과의 소송으로 말소등기됨), 단독 등기된 이후에도 당해 군부대가 점유ㆍ사용 중(본 재단에서는 토지 인도요구 및 점유에 따른 사용료 상당액 수차례 요구)
당해 군부대가 동 부동산을 수용(2001년 12월)한 경우에 법인세법 제3조 제2항 제5호의 규정 및 조세특례제한법 제82조 제1항 제2호(2001. 12. 19 개정전)의 규정에 의한 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 토지로 볼 수 있는지 여부
〈갑설〉고유목적사업에 사용하지 못한 이유에 불구하고, 토지사용료를 받았고, 실제 고유목적사업에 사용한 사실이 없으므로 고유목적사업에 사용한 부동산에 해당하지 않음.
〈을설〉고유목적사업에 사용하지 못한 것은 당해 재단의 승낙이 없는 가운데 국가의 무단 점유로 인하여 부득이하게 사용하지 못한 것이고, 토지 사용료의 징수는 무단 점유로 인한 사후 부당이득의 청구에 의하여 징수한 것이므로 고유목적사업에 사용한 것으로 봄.
【회신】
비영리법인이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 정당한 사유 존재여부에 불구하고 동 토지의 처분으로 인한 수입은 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 해당하는 것이고,
종교법인이 고유목적에 사용하기 위하여 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 동 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 정당한 사유 존재여부에 불구하고 조세특례제한법(2001. 12. 29 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제82조 “사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제” 규정을 적용받을 수 없는 것임.
□ 대법2001두878(2002.10.11)
【판결요지】
[1] 구 지방세법(2000. 12. 29 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제107조 및 제127조 제1항은 용도구분에 의한 취득세·등록세 비과세사유를 규정하면서 그 중의 하나로 제1호에서 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 등기를 들고 있고, 각 본문 단서에서는 취득·등기일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 취득·등기한 부동산의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세·등록세를 부과한다고 규정하고 있는 바, 그 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다.
[2] 향교재단이 토지를 출연받아 재단의 기본재산으로 하였음에도 위 토지를 현실적으로 제사 등의 목적사업에 직접 사용하지 않은 이상 향교관리인으로 하여금 문묘의 관리·보전, 석전대제 봉행의 준비 등 향교를 관리하는 일을 하게 하고 그 대가로 위 토지를 무상으로 경작하도록 한 사정만으로는 향교재단이 위 토지를 그 사업에 사용한 것으로 볼 수 없다고 한 사례
□ 법인-268(2009.01.21)
비영리내국법인이 건물을 임대하거나 건물을 처분하는 경우 건물 임대수입 및 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 비영리내국법인의 수익사업에 해당되어 법인세 과세대상이나, 고정자산이 처분일 현재 3년이상 계속하여 당해 법인의 고유목적사업에 직접 사용한 경우에는 당해 자산의 처분으로 인한 수입은 비수익사업에 해당되는 것임. 아울러, 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산은 수익사업에 속하는 것임.