1. 질의내용 요약
○ 사실관계 및 질의요지
- 학교법인이 ’82년 3월 출연받은 토지(장부상 취득가액 6백만원)를, ’06년 11월 816백만원에 매매하였음.
- 학교법인은 고정자산처분손익 계산시 법 제3조제2항제5호 부칙(’05.12.31. 법률 제7838호)제21조 개정규정＊에 의해 의제취득가액을 34백만원으로 산정함.
＊ ’90.12.31이전 취득한 토지, 건물의 취득가액은 장부가액과 ’91.1.1 현재 상증법 제60조, 제61조 제1항 내지 제3항의 평가액 중 큰 금액으로 취득가액을 적용함.
- 학교법인이 ’06년 결산시 법인세법상 고유목적사업준비금을 설정함에 있어 고정자산처분손익을 산정시 양도가액에서 차감하는 가액이 당초 장부가액인지 의제 취득가액인지 여부
【關聯法令】
□ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】
① 비영리내국법인(法人으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업년도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.
4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액
□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. <개정 2008.12.26 부칙>
1. 각 사업년도의 소득
2. 청산소득
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
③ 비영리내국법인의 각 사업년도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
5. 고정자산(固有目的事業에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
□ 법인세법 부칙 <제5581호,1998.12.28>
○ 제8조 (收益事業所得計算에 관한 특례)
② 제3조제2항제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1990년 12월 31일이전에 취득한 토지 및 건물(附屬施設物과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 같은 법 제61조제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다. <개정 2005.12.31>
□ 법인세법 부칙 <제7838호,2005.12.31>
○ 제1조 (시행일)
이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제26조 및 법률 제5581호 법인세법개정법률 부칙 제8조제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제98조의5의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하며, 제55조의2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.
○ 제2조 (일반적 적용례)
이 법은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다.
○ 제21조 (수익사업소득계산의 과세특례에 관한 적용례)
법률 제5581호 법인세법개정법률 부칙 제8조제2항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
□ 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대하여는 2009년 12월 31일이전에 끝나는 사업년도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 영위하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. <개정 2000.10.21 부칙, 2000.12.29 부칙, 2001.12.29 부칙, 2003.12.30 부칙, 2006.12.30 부칙, 2007.4.11 부칙, 2008.12.26 부칙>
1. 「사립학교법」에 따른 학교법인, 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단 및 「평생교육법」에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 「민법」 제32조에 따른 비영리법인 (이하생략)