1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 질의공단은 산업재해보상보험법(제10조)에 의하여 설립된 노동부 산하 정부출연기관으로 산업재해보상보험법, 고용보험법, 임금채권보장법, 근로자복지기본법에서 정한 사업을 정부로부터 위탁받아 수행하고 있음.

- 일시적인 경영난에 처한 중소기업 소속 근로자의 고용안정유지를 위하여 사업주에게 고용유지에 필요한 자금을 대부함.

-“고용유지자금대부사업”을 노동부로부터 위탁받아 2009.6.1.부터 2009.12.31.까지 한시적으로 시행함. 고용유지대부사업 예산규모는 600억원임.

- 동 예산과는 별도로 근로복지공단의 위탁시행과 관련하여 노동부로부터 출연금으로 인건비, 정보화경비, 기타경비 등 총 18억원을 수령함.

- 질의공단은 매월 대부사업 실적, 이자수입, 상환금액 등 사업운용실적을 익월 10일까지 노동부장관에게 보고하고, 채무자로부터 회수한 대부금의 원금과 이자는 매년 12월31일까지 모두 노동부에 상환함.

○ 질의요지

1) 노동부로부터 위탁받아 시행하는 “고용유지자금 대부사업”이 법인세 과세대상 해당 여부

(갑설) 공단이 노동부로부터 위탁받아 시행하는 대부사업은 한국표준산업분류상 금융업 중 기타 여신금융업이므로 수익사업임

(을설) 채무자로부터 상환되는 원금과 이자는 노동부로 상환되므로 국가에 귀속되어 과세되지 아니함.

2) 노동부로부터 “고용유지자금 대부사업”을 수행하기 위하여 교부받은 출연금이 법인세 과세되는 수익사업 해당여부

3) 고용유지자금 대부사업이 수익사업에 해당될 경우 공단이 매월 수령하는 이자에 대하여 법인세를 납부하여야 하는지 여부

4) 고용유지자금 대부사업이 수익사업일 경우 차입자가 고용유지대부금 원금을 상환하지 못할 경우 당해 대부금이 대손충당금 설정대상 채권에 해당되는지 여부

【關聯法令】

□ 산업재해보상보험법 제10조 【근로복지공단의 설립】

노동부장관의 위탁을 받아 제1조의 목적을 달성하기 위한 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 근로복지공단(이하 “공단”이라 한다)을 설립한다. (2007. 12. 14. 개정)

□ 산업재해보상보험법 제1조 【목적】

이 법은 산업재해보상보험 사업을 시행하여 근로자의 업무상의 재해를 신속하고 공정하게 보상하며, 재해근로자의 재활 및 사회 복귀를 촉진하기 위하여 이에 필요한 보험시설을 설치ㆍ운영하고, 재해 예방과 그 밖에 근로자의 복지 증진을 위한 사업을 시행하여 근로자 보호에 이바지하는 것을 목적으로 한다. (2007. 12. 14. 개정)

□ 고용보험법 시행령 제145조 【권한의 위임 등】

② 법 제115조에 따라 노동부장관은 다음 각 호의 사항에 관한 권한을 「산업재해보상보험법」에 따른 근로복지공단(이하 "근로복지공단"이라 한다)에 위탁한다. <개정 2009.3.12 부칙, 2009.5.28 부칙>(중략)

4의2. 제37조의2에 따른 고용유지자금의 대부에 관한 사항

□ 법인세법 제2조 【납세의무】 (중략)

③ 내국법인 중 국가 및 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다. (2001. 12. 31. 개정)

□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (2008. 12. 26. 개정)

1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정)

2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정)

3. 제55조의 2 및 제95조의 2에 따른 토지등 양도소득 (2008. 12. 26. 신설)

② 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의 14 제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다. (2008. 12. 26. 신설)

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (2008. 12. 26. 개정)

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정)

2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득 (2008. 12. 26. 개정)

3. 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득 (2008. 12. 26. 개정)

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)

6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정) (이하생략)

□ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

① 「법인세법」(이하 “법”이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다. (2009. 2. 4. 개정) (이하생략)

【關聯例規】

○ 재법인46012-146(2002.09.09)

【질의】

(질의 1)

○○시 시설관리공단이 ○○시의 시설물을 관리운영하고 ○○시로부터 수령하는 대행사업비 중 대행사업에 직접 소요되는 금액(대행사업직접관리비)과 공단지원부서에 소요되는 금액(대행사업간접관리비)의 합계액 전액이 법인세 과세소득인지 아니면 공단지원부서 소요금액(대행사업간접관리비)만 과세소득인지 여부

(질의 2)

지방자치단체의 대행사업에서 발생하는 이자가 실질적으로 지방자치단체에 귀속한다면 법인세 납세의무가 없다고 하는데 시설관리공단의 대행사업 직접관리비 운영(기 전입된 대행사업종사직원의 퇴직급여충당금 운영이자 포함)에 따른 이자소득에 대한 법인세 과세여부

【회신】

지방공기업법 제76조에 의하여 설립된 시설관리공단이 지방자치단체로부터 수령하는 대행사업비는 법인세법 제15조에 의하여 직접관리비와 간접관리비의 구분에 관계없이 모두 과세대상이 되는 것이며 지방자치단체의 대행사업비를 관리하면서 발생되는 이자가 지방자치단체에 귀속되는 경우에 동 이자는 예수금에 해당되어 과세가 되지 않는 것이나, 동 이자가 시설관리공단 명의의 예금에서 발생되면 원천징수 대상이 되는 것임.

○ 서면2팀-1777(2005.11.04)

【질의】

(사실관계)

지자체 산하에 시설물관리공단은 영리내국법인으로서 시설물의 위탁관리를 주요 임무로 하고 해당 지자체로부터 대행사업비를 수령하여 동 시설물의 관리에 투입되는 비용으로 지출 하고 있는 바, 매년말 수령한 대행사업비를 사용하지 못한 부분은 즉시 지자체로 반납하고 있으며, 다만 사용자금 등의 일시 예치로 인하여 이자소득만 발생하고 있으며 별도의 수익사업이 발생하고 있지 아니한 경우로서 매년말 법인세 과세표준신고를 어떠한 방법으로 하여야 하는지에 관련된 것임.

(질의내용)

〈갑설〉 당해 공단은 비영리내국법인이므로 이자소득에 대한 원천징수된 법인세는 분리과세로서 종료하고 별도의 법인세신고는 하지 아니하는 것임.

〈을설〉 별도의 수익사업이 없다하더라도 일반적인 영리법인의 법인세과세표준 신고와 동일한 방법으로 신고를 종료하고 이 경우 결손이 발생하면 이자소득에 대한 원천징수는 환급받을 수 있는 것임.

【회신】

귀 질의의 경우 지방공기업법에 의하여 설립된 시설관리공단이 지방자치단체와 시설물 관리에 대한 위ㆍ수탁계약을 체결하여 동 시설물을 관리ㆍ운영함에 있어서 시설물 사용료에 대한 수입금액 전액이 지자체에 귀속되고 공단은 지방자치단체로부터 시설물의 관리ㆍ운영에 대한 수수료를 별도로 지급받는 경우 지방자치단체에 귀속되는 수입금액에 대하여는 법인세법 제2조 제3항의 규정에 의하여 납세의무가 없는 것이나,

공단에 직접 귀속되는 시설물 사용료에 대한 수입금액 및 공단이 지자체로부터 관리ㆍ운영의 대가로 받는 수입금액에 대하여는 법인세가 과세되는 것임.

○ 제도46012-12496(2001.07.31)

【질의】

1. 본 공단 현황

가. 본 공단은 지방공기업법 제76조 제1항의 규정에 의거 부천시가 전액 출자하여 1999. 7. 1 설립한 공공업무대행기관으로 ○○시장이 지정하는 주차사업, 문화사업, 시설관리사업 등 시장이 필요하다고 인정하는 위탁업무를 효율적으로 관리운영함으로써 시민생활의 편의와 복지증진에 기여함을 목적으로 설립되어(공단설립조례 제1조),

나. 부천시의 노상·노외주차장관리운영 및 ○○○문화센터와 시민회관의 관리운영과 체육시설관리운영(현재는 ○○체육관)업무를 대행하고 있는데(자체사업은 없음),

다. 상기 대행업무에 소요되는 비용(시설비, 인건비, 부대경비 등)은 지방공기업법시행령 제63조에 따라 전액 부천시가 부담하고 있으며, 대행사업운영으로 발생하는 수입금(주차요금, 수강료, 시설이용료 등)은 행정자치부 지침과 부천시시설관리공단설립조례 제17조 제4항의 규정에 따라 전액 부천시 세외수입으로 납부하고 있어(독립채산제 미실시, 전국 30여개 지방공단이 모두 우리와 같은 회계제도임)

라. 자체수입은 시로부터 받는 수탁금 등을 관리하기 위한 예금통장의 이자소득만 있게 되는데, 이자소득 또한 부천시에 납부하고 있고 이자소득에 대한 법인세는 은행 등에서 원천징수하고 있음.

2. 질의요지

본 공단의 부천시 업무대행사업이 수익사업이 아니라면, 법인세법 제60조에 규정한 법인세과세표준 등의 신고 대신에 법인세법 제62조 제1항 및 동법시행령 제99조 제1항 규정에 따라 법인세법시행규칙 별지 제56호 서식에 의한 “비영리법인의 법인세·농어촌특별세과세표준(조정계산) 및 세액신고”를 아니해도 되는지 여부

【회신】

지방공기업법에 의하여 설립된 부천시시설관리공단은 법인세법 제1조 제2호 나목의 규정에 의한 비영리내국법인에 해당하지 아니하는 것이며,

부천시와 시설물관리에 대한 위·수탁계약을 체결하여 동 시설물을 관리·운영함에 있어서 시설물사용료에 대한 수입금액 전액이 부천시에 귀속되고 공단은 부천시로부터 시설물의 관리·운영에 대한 경비상당액을 지급받는 경우 지방자치단체에 귀속되는 수입금액에 대하여는 법인세법 제2조 제3항의 규정에 의하여 납세의무가 없는 것임.

○ 법인46012-1741(2000.08.10)

【질의】

ｏ 지방공기업법 제76조 및 동법시행령 제66조에 의거 설립된 양천구 시설관리공단이 양천구와 위·수탁 계약을 체결하여 양천구 재산인 구립문화체육센터, 공영주차장, 공영테니스장 등 시설물을 관리·운영하면서

ｏ 구립문화체육센터 회비, 공영주차장 주차료, 공영테니스장 사용료 등을 공단 이사장 명의로 징수하여, 공단 직원의 인건비 및 경비로 사용하고 남은 징수금액을 매분기 또는 매기별로 정산하여 구금고에 입금시킴으로써 수입이 사실상 양천구에 귀속되는 경우 법인세 납세의무가 있는지 여부

ｏ 상기 사업장별 사용료를 공단 이사장 명의로 징수하여 매월 정산에 의해 징수금액 전액을 구 금고에 입금시킴으로써 수입이 양천구에 귀속되는 경우 법인세 납세의무가 있는지 여부

ｏ 상기 사업장별 사용료를 징수하여 예금으로 관리하면서 발생한 이자에 대해서도 구금고에 입금시키도록 되어 있는 바, 이 경우 이자에 대한 법인세 납세의무가 있는지 여부

【회신】

지방공기업법에 의하여 설립된 양천구시설관리공단이 양천구와 시설물 관리에 대한 위·수탁계약을 체결하여 동 시설물을 관리·운영함에 있어서 시설물 사용료에 대한 수입금액 전액이 양천구에 귀속되고 공단은 양천구로부터 시설물의 관리·운영에 대한 수수료를 별도로 지급하는 경우 지방자치단체에 귀속되는 수입금액에 대하여는 법인세법 제2조 제3항의 규정에 의하여 납세의무가 없는 것이나,

공단에 직접 귀속되는 시설물 사용료에 대한 수입금액 및 공단이 양천구로부터 관리·운영의 대가로 받는 수입금액에 대하여는 법인세가 과세되는 것임.

○ 적부2001-1020(2002.01.22)

(9) 위 관련법령 및 사실관계를 종합하여 판단할때, 청구법인은 국가(○○부)가 수행하여야 할 국립공원개발사업 및 호우피해복구 보상금지급 등의 사업을 단순히 대행하기 위하여, 환경부의 예산으로 편성된 대행사업비를 정부의 예산 및 집행 계획에 따라 수령한 후 국가를 대신해 예산을 집행하여 취득한 부동산 등 재산은 국유재산이 되고, 사업비로 집행하지 못한 미집행잔액과 이자 등 잡수익 등을 정산하여 연도말에 전액 국가에 반환하고 있으며, 대행역무계약서상 청구법인은 사업의 대행자이고, 시행자는 국가로서 청구법인은 대행사업비로 수령한 금액을 예산회계법을 준용하여 특별회계로 자체사업(일반회계)과 구분하여 관리하고, 동 사업과 관련하여 환경부의 업무감사와 감독을 받고 있는 점 등을 고려할때, 정부의 예산을 지원받아 환경부장관의 업무를 단순히 대행하는 청구법인이 환경부로부터 대행사업비로 지급받은 금액을 국립공원관리용역 제공의 대가로 보기는 실질상 무리라고 판단된다.(중략)

(11) 그렇다면, 대행사업의 효과가 사업의 주체인 국가에 귀속되고, 청구법인은 국가를 대신하여 업무를 수행하고 단순히 정부의 예산회계관계 법령에 따라 대행사업비를 수령하여 지급업무를 대행한 것일 뿐만 아니라, 법인세법상 비영리 법인이 수익사업을 영위한 것으로도 보기 어려운 이 건의 경우, 국가로부터 대행사업비로 수령한 금액을 국립공원용역 제공의 대가라 하여 계산서 교부대상으로 보아 청구법인이 환경부로부터 당초 수령한 금액과 그 정산반환금을 가산세 과세대상으로 감사결과 과세예고통지한 것은 부당한 것으로 판단된다.

○ 서면2팀-1316(2005.08.17)

【질의】

근로자직업훈련촉진법 제2조의 규정에 의하여 직업능력개발훈련시설로 지정되어 고유번호증을 교부받아 노동부나 관할구청으로부터 수강생을 지정받고 대가를 노동부나 관할구청으로부터 수령하는 사업을 영위하는 비영리법인의 경우 수익사업에 해당하는지 여부에 대하여 질의함.

【회신】

근로자직업훈련촉진법에 의하여 직업능력개발훈련을 실시하고 노동부 등으로부터 그 대가를 지급 받는 사업은 「법인세법 시행령」제2조 제1항 제3호의 규정에 의하여 수익사업에서 제외되는 교육서비스업 중,

초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교와 평생교육법에 의한 원격대학을 경영하는 사업에 해당하지 아니하므로 수익사업에 해당하는 것임.