[질 의]

지방공기업법, 의료법 및 지방자치단체의 조례에 의하여 설립된 지방공사의 의료원 청산과 관련하여 세법상 몇가지 의문이 있어 질의하니 회신바람

1. 지방공사로 설립된 의료원이 법인세법상 비영리내국법인에 해당하는 여부

〈갑설〉 비영리내국법인

(이유) 조세감면규제법 제60조 제1항에서 "공공법인상에서 법인의 설립에 관한 법률에 의하여 주주 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 없는 법인은 법인세법 제1조의 규정에 의한 비영리법인으로 본다"라고 규정한 사항은 지방공기업법상의 "지방공사 의료원 법인은 주주에게 배당할 수 있다 또는 배당할 수 없다"라고 명분화하지는 않았으나,

동법에서 지방공사의 설립, 업무 및 운영에 관한 사항은 시·도의 자치법규인 조례로 정하도록 되어 있어 동조례에서 주주등에게 배당할 수 없게 명분화하였고 지방공기업법에서 위임한 범위안에서 조례로 정하도록 한 점을 볼때 조세감면규제법 제61조 제1항에서 말하는 "당해 법인의 설립에 관한 법률"에는 조례로 포함된다고 보며 단순히 국회에서 제정·공포한 형식적 의미의 법률만을 의미한다고 해석할 사항이 아니며

또, 지방공기업과 의료법에 의거 도지사가 재산을 전액 출연하여 내무부장관의 인가를 받아 실권한 특수비영리 재단법인으로 보아야 하며 주주에게 배당할 수 있는 지방공사는 영리법인에 해당되어 공사에 관한 상법의 적용을 받도록 되어 있지만(지방공기업법 제75조) 현 지방공사 중 의료원은 상사에 관한 규정은 적용받지 않고 민법중 세안법인에 관한 사항만 적용받고 있는 것으로 비영리내국법인에 해당됨

〈을설〉 비영리내국법인이 아님

(이유) 도초례에는 배당할 수 없다고 규정하고 있지만 의료원의 실권 법률인 지방공기업법에 의하면 모든 지방공사는 배당할 수 있는 것으로 포괄적으로 규정하고 있고, 조세감면규제법 제60조 제1항에서 배당가능 여부를 법률에 의해 판단하도록 규정하고 있기 때문에 당의료원은 법인세법 제1조의 규정에 의한 비영리내국에 해당되지 않음

[질 의]

2. 지방공사의 해산으로 인하여 의료원 소유 토지등을 100％ 출자자인 경상남도에 배분하는 경우 특별부가세 납세의무가 있는가

〈갑설〉 특별부과세 납세의무가 없음

(이유) 법인세법 제1조 4항에서 "국가지방자치단체에 대하여는 법인세(특별부가세 포함)를 부과하지 아니한다"라고 규정하고 있고 경상남도가 당 의료원의 지분율 100％로 소유하고 있어 당 의료원의 토지등의 실질적인 귀속사가 지방자치단체인 경상남도(등기부상 현재 경상남도 소유로 되어 있음)이므로 ○○의료원 해산으로 인하여 경상남도가 배분받은 토지등에 대하여 의료원이 특별부가세 납세의무는 없음

〈을설〉 특별부가세 납세의무가 있음

(이유) 법인세법 통칙 1-1-3…1(비영리법인의 납세의무)에서 "비영리내국법인은 토지등의 양도차익에 대한 특별부가세를 납부할 의무가 있다"라고 규정하고 있고, 경상남도가 100％로 출자자이라도 의료원 토지등의 귀속은 지방자치단체가 아닌 의료원으로 보아야 하므로 특별부가세 납부의무가 있음

3. 의료원이 토지등을 출자자인 경상남도에 무상으로 귀속할 경우 정산소득계산시 무상으로 기부채납한 자산을 잔여재산가액에 포함하는지

〈갑설〉 잔여재산가액에 포함하지 않음

(이유) 의료원이 기부 채납에 의해 지방자치단체에 이전한 토지등은 정산에 의해 출자자에게 귀속되는 자산이 아니기 때문에 기부채납시기가 해산등기 전후여부에 상관없이 잔여재산가액에서 제외되어야 함

〈을설〉 해산등기전이 기부채납할 때는 잔여재산가액에 포함되지 않고, 해산등기후 기부채납할 경우 잔여재산가액에 포함됨

(이유) 의료원이 토지 등을 기부채납에 의해 경상남도에 이전시키는 것은 정산에 의해 출자자에게 귀속시키는 것과 경제적 실질이 동일하고 청산소득계산시 잔여재산가액이라 함은 해산일 현재의 자산을 말함으로 해산등기전에 기부채납한 경우에는 잔여재산가액에 포함되지 않으나 해산등기후 기부채납한 경우에는 잔여재산가액에 포함되어야 함

[질 의]

4. 지방공사의 토지등을 출자자인 경상남도에 기부채납 할 경우 기부채납자산에 대한 특별부가세 납부의무가 있는지

〈갑설〉 특별부가세 납부의무가 없음

(이유) 부동산을 매도, 교환, 현물출자등을 위해 "유상"이전시 양도차익이 발생함으로 인해 특별부가세 납부의무가 발생하는 것이나 기부채납은 법인세법상 양도에 해당되지 않기 때문에 기부채납시기가 해산등기 전후인지에 상관없이 특별부가세 납부의무가 없음

〈을설〉 해산등기전 기부채납의 경우 특별부가세 납부의무가 없으나, 해산등기후 기부채납할 경우 특별부가세 납부의무가 있음

(이유) 해산등기전의 경우에는 기부채납이 양도에 해당되지 않아 특별부가세 납부의무가 없으나, 해산등기후의 기부채납은 출자자에게 잔여재산을 배분하는 경우와 동일하기 때문에 특별부가세 납세의무가 있음