[질 의]

(상황)

당 대한산부인과학회는 산부인과학의 발전과 모자보건의 향상 및 회원관리를 고유목적사업으로 하는 대한의사협회(의료법 제26조의 중앙회에 해당됨)의 산하단체(첨부한 대한의사협회 기구표상 협의회의 의학회 소속)로서 국세기본법 제13조 제2항의 요건을 갖춰 관할세무서에 법인으로 보는 단체로 승인신청을 하여 승인을 받은 단체임. 물론 대한산부인과학회는 대한의사협회의 산하단체이지만 대한의사협회와는 별도로 재산을 독립채산제로 운영하고 있음

그래서 당 대한산부인과학회는 수익사업이라곤 예·적금에서 발생하는 이자수익밖에 없고, 따라서 이에 대해 법인세법 제29조의 고유목적사업준비금을 설정하려고 함

그런데 고유목적사업준비금의 설정대상법인을 종전까기는 모든 비영리 내국법인으로 하였으나, 1998. 12. 28 개정에 의하여 법인으로 보는 단체 중 종중, 동창회, 친목회, 공동주택관리기구 등 임의단체는 고유목적사업준비금을 설정할 수 없도록 하고 당해 단체의 수익사업소득을 고유목적사업비로 지출한 때에는 지정기부금으로 보아 소득금액의 5％범위 내에서 손금산입할 수 있도록 하였음

따라서 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있는 법인을 다음 각호의 1에 해당하는 법인으로 하고, 1998. 12. 28이 속하는 사업연도에 손금산입하는 분부터 적용하도록 하였음

1. 법인격있는 비영리법인

2. 법인으로 보는 단체 중 다음 각호의 1에 해당하는 단체

- 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호 및 제2호에 해당하는 단체(지정기부금 대상단체)

- 상속세 및 증여세법시행령 제12조 각호의 1에 해당하는 단체(공익사업영위단체)

- 법령에 의하여 설치된 기금(농림수산업자, 신용보증기금 등)

(질의 1)

이러한 대한산부인과학회의 경우 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호 다목의 “정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체” 내지 법인세법시행규칙 제18조 제1항 제16호의 “의료법에 의한 의료법인”에 해당되어 법인세법상 고유목적사업준비

[질 의]

금을 손금산입할 수 있는 법인으로 보는 단체에 해당하는 지를 질의함

(질의 2)

아니면 당 대한산부인과학회의 경우 정부로부터 허가 또는 인가를 받지 않아도 의료법 제26조에 의해 설립된 대한의사협회의 산하 학술연구단체이므로 실질적인 학술연구단체만으로도 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있는 법인으로 보는 단체에 해당될 수 있는 지를 질의함

(의견) 당 학회가 고유목적사업준비금을 설정할 수 있는 단체라는 주장

- 1998. 12. 28에 고유목적사업준비금을 설정할 수 있는 법인을 모든 비영리법인에서 법인세법시행령 제56조 제1항에 해당되는 법인만 고유목적사업준비금을 설정할 수 있도록 개정한 이유는 실질적인 공익성이 없는 종중, 동창회, 친목회 등 임의단체에 대해서는 고유목적사업준비금을 설정할 수 없도록 하는데 있다 하겠음

그러므로 개정으로 인하여 당 대한산부인과학회의 경우처럼 실질적으로 공익성있는 학술연구단체임에도 불구하고 정부로부터 학술연구단체로 허가 또는 인가를 못받은 이유만으로 고유목적사업준비금을 설정하지 못하게 된다면 이는 국세기본법 제14조의 실질과세의 원칙에 위배될 뿐만 아니라 의료관련 학술연구지원을 저해하는 것이 될 것임

- 대한산부인과학회는 위의 종중 등과 같이 임의단체가 아닌 엄연한 의료법 제26조에 의해 설립된 의료법인인 대한의사협회(중앙회에 해당)의 산하조직인 협의회의 의학회의 하나인 산부인과학회이므로 비록 의료법에 의해 법인격은 갖추질 못하였으나 명백하게 의료법에 의해 지배를 받는 공익성을 가진 학술연구단체이므로 고유목적사업준비금을 설정할 수 있음은 당연하다고 판단됨

대한산부인과학회가 학술연구단체라는 사실은 첨부한 대한의사협회의 정관 제1장 제4조 “구성” 및 제10장 “학회”의 제48조에 명백하게 규정되어 있을 뿐 아니라 한국과학기술단체총연합회에서 학술연구단체임을 증명한 증명서에도 명백하게 나타나 있음