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1. 질의내용 요약

○ 사실관계

-당 법인은 철도산업과 국민경제 발전을 위해 한국철도공사법에 의해 설립된 특별법인(정부투자기관)으로서, 본사(사업장)는 대전에 위치해 있고 전국 주요 지역에 21개의 사업장(지사17, 교육원1, 차량관리단3)을 설치하여 사업을 수행하고 있으며, 부가가치세 신고업무는 각 사업장(본사 포함 22개)에서 수행하고, 납부는 주사업장(본사)에서 총괄납부하고 있음

-당 법인에서는 조직개편(2009. 9. 14일자 예정) 계획에 의거 지사의 일부 사업장을 통합(17개 지사 → 12개 본부)할 예정임

  ․ 예를 들면, 현재 ‘경남지사(경남 창원 소재)’와 ‘부산지사(부산 소재)’ 2개의 사업장이 ‘부산경남본부’라는 하나의 사업장으로 통합되며, ‘부산경남본부’는 ‘부산지사’의 기존 사업장 소재지에서 ‘부산지사’의 사업자번호를 그대로 사용하게 되며, ‘부산지사’의 사업 외에 ‘경남지사’에서 수행하던 사업과 자산을 포괄적으로 승계받아 사업을 수행하게 됨

  ․ 결국 기존의 ‘부산지사’는 명칭만 변경되고, ‘경남지사’는 ‘부산지사’로 흡수되는 형태라 할 수 있음

- 사업장이 개편(통합) 현황

  ․ (수도권) 5개 지사 ⇒ 3개 본부

서울지사 ⇒ 서울본부 : 명칭 변경

수도권서부지사 + 수도권남부지사 ⇒ 수도권서부본부(사업장 통합)

수도권동부지사 + 수도권북부지사 ⇒ 수도권동부본부(사업장 통합)

  ․ (비수도권) 12개 지사 ⇒ 9개 본부

강원지사 ⇒ 강원본부 : 명칭 변경

충북지사 ⇒ 충북본부 : 명칭 변경

대전지사 + 충남지사 + 경북남부지사 일부 ⇒ 대전충남본부( 사업장 통합)

전북지사 ⇒ 전북본부 : 명칭 변경

광주지사 ⇒ 광주본부 : 명칭 변경

전남지사 ⇒ 전남본부 : 명칭 변경

경북북부지사 + 경북남부지사 일부 ⇒ 경북본부(사업장 통합)

대구지사 + 경북남부지사 일부 ⇒ 대구본부(사업장 통합)

부산지사 + 경남지사 ⇒ 부산경남본부(사업장 통합)

○ 질의요지

2개 이상의 사업장이 1개의 사업장으로 통합(사업자번호도 1개만 남음)되는 경우에 사업자등록 정정신고를 하여야 하는 것인지, 아니면 폐업신고를 하여야 하는 것인지?

▷ 사업장 통합 형태

 - 갑설 : 사업장 통합의 경우 사업자등록 정정신고를 하여야 함

2개 이상의 사업장이 1개의 사업장으로 통합되는 경우, 특정 사업장에서 수행하던 사업과 잔존 재화를 다른 사업장에서 승계하여 계속해서 사업을 수행하게 되므로 사업의 중단에 따른 폐업이 아니라 사업장 이전에 해당하는 것이므로 사업자등록 정정신고를 하여야 하는 것임

 - 을설 : 사업장 통합의 경우 없어지는 사업장에 대해 폐업신고를 하여야 함

2개 이상의 사업장이 1개의 사업장으로 통합되는 경우, 1개의 사업자번호만 남고 다른 사업자번호는 모두 폐지되는 것이며, 사업자번호를 폐지하는 것은 실질적인 폐업에 해당되어 폐업신고를 하여야 함

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제111조 【사업자등록】

 ① 신규로 사업을 개시하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 등록하여야 한다.

 ② 「부가가치세법」에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다. <개정 2006.12.30>

 ③「부가가치세법」 제5조의 규정은 이 법의 규정에 의하여 사업자등록을 하는 법인에 관하여 이를 준용한다. <개정 2006.12.30>

 ④ 제109조의 규정에 의한 법인설립신고를 한 경우에는 사업자등록신청을 한 것으로 본다.

○ 법인세법 시행령 제154조 【사업자등록】

 ① 법 제111조제1항의 규정에 의하여 등록을 하고자 하는 법인은 사업장마다 당해 사업의 개시일부터 20일내에 사업자등록신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ②「부가가치세법 시행령」 제7조 내지 제13조의 규정은 제1항의 등록에 관하여 이를 준용한다. <개정 2005.2.19>

 ③ 국세청장은 사업자등록번호를 교부하지 아니하는 법인에 대하여는 고유번호를 부여하여야 한다.

○ 부가가치세법시행령 제11조 【등록정정】

 ① 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 지체없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 정정사항과 기타 필요한 사항을 기재한 사업자등록정정신고서에 사업자등록증 및 임차한 상가건물의 해당 부분의 도면(제8호에 해당하는 경우로서 임대차의 목적물 또는 그 면적의 변경이 있거나 상가건물임대차보호법 제2조 제1항의 규정에 의한 상가건물의 일부분을 새로이 임차하는 경우에 한한다)을 첨부하여 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 제8호는 상가건물임대차보호법 제2조 제1항의 규정에 의한 상가건물의 임차인이 사업자등록정정신고를 하고자 하는 경우, 임차인이 동법 제5조 제2항의 규정에 의한 확정일자를 신청하고자 하는 경우 및 확정일자를 받은 임차인에게 제8호의 변경 등이 있는 경우에 한한다.

 5. 사업장(사업자단위 신고·납부의 승인을 얻은 경우에 종된 사업장을 포함한다)을 이전하는 때

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 부가가치세과-2091 (2008. 07. 18)

사업자가 본점을 지점의 소재지로 이전하여 사업장을 하나로 통합한 경우 본점은 사업장 이전으로 사업자등록 정정신고를 하여야 하며, 지점은 사업자등록번호 말소를 위한 폐업신고(사유:본지점통합)를 하여야 합니다.

○ 서면3팀-2226, 2005.12.08

둘 이상의 사업장이 있는 사업자가 그 중 한 사업장을 다른 사업장으로 이전 및 통합하고자 하는 경우에는 부가가치세법 시행령 제11조 제1항의 규정에 의한 사업장이전 및 업종을 추가하는 사업자등록정정신고를 하는 것이며,

사업자가 재화의 보관ㆍ관리시설만을 갖추고 부가가치세법 시행령 제4조 제2항 규정에 의하여 하치장설치신고서를 하치장 관할세무서장에게 제출한 장소는 사업장에 해당하지 아니하는 것입니다.

○ 부가46015-1846, 1997.08.11.

 서로 다른 지역에 2개의 사업장을 가지고 별도 사업자등록을 한 사업자가 하나의 사업장을 다른 하나의 사업장으로 이전하여 통합하는 경우에는 부가가치세법시행령 제11조의 규정에 의하여 사업자등록정정신고를 하는 것이며, 이 경우 이전된 사업장으로 반출되는 재화(기계장치, 재고재화, 비품 등)에 대하여는 과세하는 재화공급으로 보지 아니하는 것임.