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1. 질의내용 요약
사실관계
○회사는 비영리사업으로 기독문화창달을 위한 국내외 방송선교사업과 영리사업으로 방송광고사업을 영위중으로 회사가 보유중인 유형자산에 대하여 기업회계기준에 따라 감가상각비를 계상하고 있음
○ 비영리법인의 고유목적사업에 사용된 사원용주택(직원에 무상으로 제공하는 숙소로 무상제공기간이 처분일 현재 10년을 경과하지 아니함)을 처분하였는 바,
질의요지
○사원용주택에 해당하는 토지 등 양도소득에 대한 법인세 계산 시 법인세법 제55조의 2 규정을 적용함에 있어 양도금액에서 차감하는 “양도당시의 장부가액”을 어떻게 해석할 것인지에 대하여 질의
갑설) “양도당시 장부가액”은 해석상 세무상 장부가액이지만, 회계상 감가상각을 실시하였다 하더라도 이를 세무상 적용한 적이 없으므로 감가상각비가 반영되지 않은 취득가액을 적용한다
을설) 사원용주택에 대한 감가상각비를 세법상 손금으로 인정받지 아니하였으나, 법인세 신고시 제출된 공익법인 세무확인서와 결산서상 가액에는 감가상각비가 반영되어 있으므로, 이를 세무상 장부가액으로 보아야하며, 따라서 감가상각비가 차감된 장부가액을 적용한다
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
□ 법인세법 제55조 의2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】
① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. <개정 2003.12.30 부칙, 2005.12.31 부칙, 2006.12.30 부칙, 2008.2.29 부칙>
1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제125조의 규정에 의하여 국토해양부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액
2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② ∼⑤ (이하생략)
⑥ 토지등양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다. <개정 2005.12.31 부칙>
□ 법인세법 제62조 의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】
① 비영리내국법인(제3조제2항제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제2항제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. <개정 2006.12.30 부칙>
1. 「소득세법」 제94조제1항제3호의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다. <개정 2006.12.30 부칙>
③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 「소득세법」 제95조제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. <개정 2006.12.30 부칙>
④ 「소득세법」 제96조ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. (～이하생략)
□ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산 <개정 2006.12.30>】
① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. <개정 1995.12.29 부칙, 1999.12.28 부칙, 2000.12.29 부칙, 2002.12.18 부칙, 2005.12.31 부칙>
1. 취득가액
가. 제94조제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가
나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것
3. 삭제 <2000.12.29 부칙>
4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것
② 양도자산 보유기간중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 년도의 부동산임대소득금액 또는 사업소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 것을 그 취득가액으로 한다. <개정 2006.12.30 부칙>
舊 법인세법 제99조 【과세표준】(2001.12.31삭제)
① 특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 "토지등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.<개정 2000.2.3 부칙, 2000.12.29 부칙>
1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다)
2. 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
3. 부동산에 관한 권리로서 다음 각목의 1에 해당하는 것
가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
나. 지상권
다. 전셋권과 등기된 부동산임차권
4. 주식 또는 출자지분으로서 다음 각목의 1에 해당하는 것
가. 비영리내국법인이 양도하는 주식 또는 출자지분으로서 소득세법 제94조제1항제3호의 규정에 해당하는 것(제103조의 규정에 의한 비영리내국법인의 부동산등 양도소득에 대한 특례의 경우에 한한다)
나. 주식 또는 출자지분의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성·특정자산의 보유현황 또는 사업의 종류등을 감안하여 대통령령이 정하는 것
② 갱략
③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다.<개정 2000.12.29 부칙>
1. 취득가액. 다만, 상속세및증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 법인이 대통령령이 정하는 토지등을 양도하는 경우에 있어서는 당해 토지등을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동법 동조동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.
2. 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용
□ 공익법인의 설립․운영에 관한 법률 제12조 【예산 및 결산 등】
① 공익법인의 회계연도는 정부의 회계연도에 따른다.
② 공익법인은 주무 관청에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 매 회계연도가 시작되기 전에 다음 해에 실시할 사업계획 및 예산을 제출하고 매 회계연도가 끝난 후에 사업실적과 결산을 보고하여야 한다. 이 경우 결산보고에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공인회계사의 감사증명서를 첨부하게 할 수 있다.
③ 공익법인은 결산상 잉여금을 기본재산에 전입하거나 다음 해에 이월하여 목적사업에 사용하여야 한다.
④ 공익법인의 재산관리, 예산편성, 회계 등에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.
□ 동법 시행령 제22조 【회계원칙】
① 공익법인의 회계는 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 그 사업의 경영성과와 수지상태를 정확하게 파악하기 위하여 모든 회계거래를 발생의 사실에 의하여 기업회계의 원칙에 따라 처리한다.
② 공익법인의 회계조직은 재무제표규칙을 준용한다.
□ 동법 시행령 제24조 【재산의 평가】
공익법인의 모든 재산의 평가는 취득당시의 시가에 의한다. 다만, 재평가를 실시한 재산은 재평가액으로 한다.
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
사업인수로 취득한 토지가 저당권의 실행 그 밖에 채권을 변제받기 위하여 취득한 토지에 해당하는 지 여부는 사실판단 할 사항이며, 토지 등 양도소득은 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 하는 것임
□ 서면2팀-1693, 2005.10.21
법인세법 제55조의 2 규정을 적용함에 있어 토지 등 양도소득은 양도금액에서 양도당시의 장부가액을 차감한 금액으로 계산하는 것인 바, 양도금액은 토지 등의 양도로 인하여 발생한 익금을 말하며 장부가액이라 함은 세무상 장부가액으로 세무상 취득가액에 세무상 감가상각충당금과 세무상 평가차액을 가감한 금액으로 하는 것임
□ 서면2팀-2192, 2005.12.28
“같은 내용임”