1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 질의법인은 A사의 주주인 B사 및 C사와 2008년 10월 31일자로 합병을 실시함. 합병전 B사와 C사는 A사의 지분을 각각 58%, 42% 소유하고 있었음.

〈상법상 합병구조〉

- A사를 합병법인, B․C사를 피합병법인으로 하여 A사가 B․C사를 흡수합병함. 즉, 상법상 A사가 존속법인이며, B․C사가 소멸법인임.

- 재무제표 작성시 “기업인수․합병 등에 관한 회계처리 준칙”에 의해 A사를 실질적으로 지배하는 B사가 A사와 C사를 매수합병하는 형식으로 회계처리 함.

- 즉, 기업회계기준에 의한 손익계산서는 합병전 B사 손익계산서에 A사의 합병이후 기간의 손익계산서를 합산하였으며, 대차대조표도 합병시점 B사 대차대조표에 A사와 C사의 장부가액을 승계하여 작성함.

- 기업회계기준에 의한 동 재무제표는 정기주총에서 승인을 득하였음.

〈합병회계처리〉

- 합병등기일이 속하는 사업연도 법인세 신고는 관련예규(서면2팀-990, ’05.7.4)에 의해 상법상 합병법인(A사)의 합병등기일까지의 실적과 합병등기일 이후 사업연도 종료일까지의 실적을 합산 신고함.

○ 질의요지

- 기업회계상 매수회사와 상법상 합병법인이 상이한 경우 합병법인이 합병등기일이 속한 사업연도 법인세 신고시 제출하여야 할 재무제표는

(갑설) 기업회계기준에 의해 작성된 재무제표를 제출함

(을설) 상법상 합병법인을 기준으로 작성된 재무제표를 제출함

(병설) 갑설과 을설에서 작성된 재무제표를 모두 제출함

【關聯法令】

□ 법인세법 제60조 【과세표준등의 신고】

① 납세의무있는 내국법인은 각 사업년도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표·손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 "세무조정계산서"라 한다)

3. 기타 대통령령이 정하는 서류 (중략)

④ 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서 그 신고서에 제2항제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에는 이를 이 법에 의한 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조제2항제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다. (이하생략)

□ 법인세법 시행령 제97조 【과세표준의 신고】

③ 법 제60조제2항제2호의 규정에 의한 세무조정계산서는 기획재정부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액조정계산서로 한다. <개정 2008.2.29 부칙>

④ 법 제60조제2항제3호에서 "대통령령이 정하는 서류"란 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서 부속서류 및 기업회계기준에 따라 작성한 현금흐름표(「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 법인에 한정한다)를 말한다. 다만, 「국세기본법」 제2조제19호에 따른 전자신고로 법 제60조제1항의 신고를 한 법인의 경우에는 부속서류 중 기획재정부령으로 정하는 서류를 제출하지 아니할 수 있다. (중 략)

⑥ 법 제60조제4항의 규정을 적용함에 있어서 합병 또는 분할로 인하여 소멸하는 법인의 최종사업연도의 과세표준과 세액을 신고함에 있어서는 동조제2항제1호의 서류중 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)를 제출하지 아니한 경우에도 법에 의한 신고를 한 것으로 본다. (이하생략)

□ 기업인수ㆍ합병등에관한회계처리준칙 [기업결합의 구분 (4-1)]

가. 기업결합은 거래의 실질에 따라 매수와 지분통합으로 구분할 수 있으며 매수기업결합에 대해서는 매수법, 지분통합기업결합에 대해서는 지분통합법을 적용하여 회계처리하여야 한다.

나. 결합참여회사 중 매수회사를 파악할 수 있는 기업결합은 매수기업결합으로, 매수회사를 파악할 수 없는 기업결합은 지분통합기업결합으로 한다.

(4-1) 한 회사가 다른 회사 지분을 취득하는 대가로 상당한 수의 의결권 있는 보통주식을 발행함으로써 실질적으로 지분을 매수당한 회사의 주주가 매수회사를 지배하는 결과를 초래할 수 있다. 법적으로는 주식을 발행한 회사가 매수회사이지만 실질적인 매수회사는 의결권 등을 행사하여 결합된 실체를 현재 지배하고 있는 주주가 속한 회사이다. 이런 경우에는 경제적 실질에 따라 지분을 매수당한 회사가 매수회사로 되어 주식을 발행한 회사의 자산ㆍ부채에 대하여 매수법을 적용하여야 한다.

□ 기업인수ㆍ합병등에관한회계처리준칙[15. 재무제표의 작성 (15-1)]

가. 매수연도의 재무제표는 당기와 전기를 비교하는 형식으로 작성한다.

나. 매수회사는 매수일로부터 피매수회사의 사업성과를 손익계산서에 포함시키며 피매수회사로부터 취득한 자산과 부채 및 매수에 따른 영업권 혹은 부의 영업권을 대차대조표에 인식한다.

(15-1) 비교목적으로 작성되는 전기의 재무제표에는 피매수회사의 재무상태 및 영업성과를 포함하지 않는다.

□ 상법 제449조【재무제표 등의 승인ㆍ공고】

① 이사는 제447조 각호에 규정한 서류를 정기총회에 제출하여 그 승인을 요구하여야 한다. (84.4.10. 개정)

② 이사는 제447조의 2의 서류를 정기총회에 제출하여 그 내용을 보고하여야 한다. (84.4.10. 신설)

③ 이사는 제1항의 서류에 대한 총회의 승인을 얻은 때에는 지체없이 대차대조표를 공고하여야 한다

□ 상법 제447조【재무제표의 작성】

이사는 매결산기에 다음의 서류와 그 부속명세서를 작성하여 이사회의 승인을 얻어야 한다. (84.4.10. 개정)

1. 대차대조표

2. 손익계산서

3. 이익잉여금처분계산서 또는 결손금처리계산서

【關聯例規】

○ 서이46012-10307(2003.02.11)

【질의】

 (갑)은행과 (을)은행이 합병을 함에 있어서 법률상 갑은 피합병법인으로 을을 합병법인으로 하여 합병을 하는 경우, "기업인수ㆍ합병회계처리준칙"에 의하여 (갑)은행이 (을)은행을 매수합병하는 형식으로 회계처리하게 되는바, 이 경우 법인세법 제60조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 기업회계기준을 준용하여 작성한 손익계산서가 어떤 것인지에 대하여 양설이 있어 질의함.

 <갑설> 법인세과세표준 및 세액신고를 위한 손익계산서는 법률상 합병법인의 사업연도 손익계산서에 피합병법인의 합병 후 기간에 대한 손익계산서를 합한 기간에 대한 손익계산서로 한다.

 <을설> 갑설에 의하여 작성된 손익계산서는 회계감사 및 주주총회의 승인절차를 거치지 아니한 것이므로 기업회계기준을 준용하여 작성한 손익계산서로 볼 수 없다.

 【회신】

 법인이 사업연도중에 합병이 있는 경우 법인세법 제60조 규정에 의하여 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득에 대한 법인세과세표준 및 세액을 신고함에 있어서 동조 제2항 제1호 규정에 의하여 제출하는 재무제표는 상법상 합병법인의 사업연도 기간에 대하여 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표ㆍ손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)로서 상법 규정에 의하여 당해 법인의 정기주주총회의 승인을 얻은 것을 말하는 것임.(←법인46012-92, 2003.2.6)

○ 법인46012-1896(1999.05.20.)

법인이 법인세법 제60조의 규정에 의해 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 때에는 그 신고서에 재무제표를 첨부하여 제출하여야 하는 것이며, 동 재무제표는 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표ㆍ손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서) 등으로서 상법규정에 의해 정기주주총회에서 승인한 것을 말하는 것임.

○ 법인46012-3035(1996.10.30.)

법인이 법인세과세표준 및 세액신고서에 첨부한 손익계산서가 기업회계기준을 준용하여 작성한 것으로서 법인세의 과세표준의 적정 여부를 검토하는데 지장이 없을 정도의 것인 경우에는 "손익계산서를 첨부하지 아니한 경우"로 볼 수 없으나 귀 질의의 경우가 이에 해당하는 지는 주주총회에서 확정된 손익계산서와 법인세신고시 첨부된 손익계산서를 비교하여 상이한 정도에 따라 사실판단할 사항임

○ 서면2팀-758(2006.05.04)

법인간 합병시 합병신주 교부에 의해 지분율이 변동됨에 따라 「기업인수ㆍ합병 등에 관한 회계처리준칙」(4-1)의 규정에 의하여 피합병법인을 매수회사로, 합병법인을 피매수회사로 회계처리하는 경우 법인세법상 납세의무는 상법에 의한 합병법인 또는 피합병법인을 기준으로 판단하는 것임.(이하생략)

○ 서면2팀-492(2006.03.15)

귀 질의의 경우, 「기업인수ㆍ합병 등에 관한 회계처리준칙」 문단17의 규정에 의해 지배ㆍ종속관계가 성립하는 모회사와 자회사간 합병시 자회사가 모자회사를 흡수합병 하는 경우 「법인세법」 제80조의 청산소득에 대한 법인세 납세의무자는 상법상 해산하는 모회사가 되는 것임.

○ 서이46012-11677(2002.09.06)

이 경우 기업회계기준상 매수회사인 피합병법인이 합병법인의 자산과 부채를 공정가액으로 평가함에 따라 계상한 주식발행초과금 또는 부의 영업권은 이를 합병법인의 임의평가로 보아 세무조정하고 피합병법인의 자산·부채와 구분하여 사후관리하여야 하는 것이며, (이하생략)

○ 서면2팀-990(2005.07.04)

【질의】

합병법인(갑법인)이 합병등기일이 속한 사업연도의 법인세신고시 피합병법인(을법인)의 손익을 기준으로 재무제표를 작성하여 법인세과세표준신고서의 부속서류로 제출한 경우 동 신고를 무신고로 볼 수 있는지.

1. 법적으로 갑법인이 합병법인이 되어 2003.12.1.(합병등기일)자로 매수법에 의해 을법인(피합병법인)을 흡수합병하였음. 양 법인은 특수관계자에 해당되지 않음.

2. 갑법인은 이월결손금이 많은 법인이며, 을법인은 이월결손금이 없음.

3. 합병에 대한 회계처리는 갑법인이 상법상 주식을 발행한 회사로서 매수회사이지만 실질적인 매수회사는 의결권 등을 행사하여 결합된 실체를 현재 지배하고 있는 주주가 속한 을법인이므로 경제적 실질에 따라 지분을 매수당한 을법인이 매수회사로 되어 주식을 발행한 갑법인의 자산 부채에 대하여 매수법을 적용하였음(기업인수 합병에 대한 회계처리준칙(4-1)).

4. 합병 후 존속법인인 갑법인의 2003사업연도 법인세신고시 제출한 재무제표에 의하며

 ① 을법인의 2003.1.1.부터 2003.11.30.까지의 실적을 합병 후 합병법인의 2003.12.1.부터 2003.12.31.까지의 실적에 가산하여 손익계산서 등을 작성하였음.

 ② 세무조정시 을법인의 매출액과 영업외수익을 손금산입하고, 갑법인의 매출액, 영업외수익을 익금산입하고 매출원가, 일반관리비, 영업외비용을 손금산입하는 세무조정을 하였음.

5. 상기 결과로 인하여 갑법인(합병법인)의 2003.1.1.부터 2003.11.30.까지의 실적에 대한 재무제표를 세무서에 제출하지 아니하였으며, 을법인을 피합병법인으로 재무제표를 작성 제출하였음.

 위의 내용과 같이 작성된 재무제표를 합병법인의 법인세과세표준신고시 첨부한 경우 적법한 재무제표 첨부로 보아 무신고에 해당하지 않는지.

【회신】

 귀 질의의 경우와 같이 매수법에 의하여 합병이 이루어진 경우 합병등기일이 속하는 사업연도의 법인세신고는 합병법인의 경우 합병법인의 사업연도개시일부터 합병등기일까지의 실적과 합병등기일 이후 사업연도종료일까지의 실적을 합산하여 신고하는 것이고, 피합병법인의 경우 피합병법인의 사업연도개시일부터 합병등기일까지를 의제된 사업연도로 보아 법인세과세표준신고를 하여야 하는 것이며, 재무제표도 각각의 법인의 사업연도를 기준으로 하여 작성된 재무제표를 첨부하여야 하는 것임.

○ 서면2팀-1438(2004.07.12)

【질의】

법인이 주주총회 승인을 받지 아니한 재무제표를 첨부하여 신고기한내에 법인세를 신고한 경우 법인세법 제76조의 규정에 의한 무신고 가산세를 적용할 수 있는지.

〈갑설〉 법인세 신고시 주주총회 승인을 받은 재무제표를 제출하여야 하므로 무신고 가산세 적용함.

〈을설〉 무신고 가산세 적용하지 아니함.

【회신】

법인이 작성한 대차대조표 손익계산서 및 이익잉여금처분계산서 등을 주주총회 승인절차를 거치지 아니하고 법인세법 제60조 제1항의 신고기한 내에 법인세과세표준및세액신고서에 첨부하여 제출한 경우 당해 대차대조표 등이 기업회계기준을 준용하여 작성된 경우에는 이를 적법한 신고로 보는 것임. (←법인세과-1834, 2004.6.30.)

○ 법인46012-1229(1998.05.12)

【질의】

1) 정기주주총회에서 미확정된 재무제표를 작성하여 법인세 신고기한내에 제출한 경우 적법한 신고인지 여부

2) 신고기한 경과후 임시 주주총회에서 결산을 확정하고 감가상각비등 일부사항을 수정하여 통과시킨 B/S, I/S를 근거로 수정신고 가능여부

【회신】

질의1의 경우 결산확정전에 법인세법 제26조의 규정에 의한 과세표준 신고기한이 도래하여 같은법 같은조 제2항에서 규정하는 서류를 첨부하여 법인세 과세표준의 신고를 한 경우 적법한 신고로 보는 것이며

질의2의 경우 법인세 과세표준 신고서를 법정기한내에 제출한 법인이 당초 신고시 제출한 재무제표를 수정하거나, 재무제표에 계상되지 아니한 감가상각비 등을 추가로 손금산입하여 수정신고를 할 수는 없는 것임.

○ 국심97서457(1997.5.5.)

(2) 한편, 청구법인은 주주총회에서 확정된 손익계산서를 기초로 법인세 과세표준을 계산하고도 법인세 신고서의 편철과정에서의 실수로 주주총회에서 확정된 손익계산서가 아닌 결산과정중에 작성했던 손익계산서를 제출하였다고 주장하고 있는 바, 청구법인이 법인세 과세표준을 주주총회에서 확정된 손익계산서의 당기순이익을 기초로 법인세 과세표준을 산출한 사실에 비추어 청구법인이 고의로 주주총회에서 확정된 손익계산서와 내용이 다른 손익계산서를 제출한 것으로는 보여지지 아니한다.

(3) 처분청은 청구법인이 법인세 과세표준 신고시 제출한 손익계산서가 주주총회에서 확정된 손익계산서와 내용이 다른 허위의 손익계산서이어서 청구법인의 법인세 과세표준신고는 법인세법상 적법한 신고로 볼 수 없다는 이유로 이 건 무신고가산세를 부과하였으나, 청구법인이 주주총회에서 확정된 손익계산서와 내용이 다른 손익계산서를 제출했다하여 손익계산서를 제출하지 아니한 것으로 볼 수는 없다고 할 것이며, 법인세법 제26조 제6항에서 법인세 과세표준신고시 제출된 신고서 기타 서류에 미비 또는 탈루가 있을 때에는 이를 보정할 것을 요구할 수 있도록 규정하고 있으므로, 착오로 주주총회에서 확정된 손익계산서와 내용이 다른 손익계산서를 제출했다하더라도 보정요구에 의하여 정당한 손익계산서를 제출받아 과세표준 계산의 적정여부를 검토하는데 지장이 없다고 할 것이어서, 법정신고 기한내에 대차대조표, 손익계산서, 잉여금처분계산서, 세무조정계산서를 첨부하여 법인세 과세표준신고를 한 청구법인에 대하여 제출된 손익계산서가 주주총회에서 확정된 손익계산서와 내용이 달라 적법한 신고로 볼 수 없다는 이유로 무신고가산세를 부과함은 부당하다고 판단된다. (국심 89서 1276, 1989. 10. 26 같은 취지임)

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.