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1. 질의내용 요약

○ 사실관계

자동차 부품 판매/수리업을 영위하는 중소법인으로 부품의 판매/수리를 위해 “자가물류시설”을 운영하던 중 '08년 하반기 사업장 소재지 일대가 토지수용지역으로 고시되어 토지보상을 받는 대가로 인근 지역으로 이전하여 영업활동을 계속할 계획임

○ 질의내용

당사가 운영하던 “자가물류시설”이 수용되어 대체 물류시설을 재취득하는 경우, 수용된 “자가물류시설”에 대하여 조세특례제한법 제46조의 4【자가물류시설의 양도차익에 대한 법인세 과세특례】규정을 적용할 수 있는지?

-갑설) 물류산업 경쟁력 강화라는 동 법의 취지 상, 매각 후 대체 물류사업부지를 재 취득하는 경우에는 동 과세특례가 적용되지 않음.

-을설) 동 법에서 규정한 요건을 충족하는 경우, 물류시설 양도 후 대체 물류시설을 재 취득하더라도 동 과세특례 적용 가능함

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제46조 의4 【자가물류시설의 양도차익에 대한 법인세 과세특례】

① 1년 이상 계속하여 사업을 영위한 중소기업에 해당하는 내국법인이 대통령령이 정하는 자가물류시설(이하 이 조에서 "자가물류시설"이라 한다)을 2009년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당사업연도의 소득금액계산의 경우 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당금액은 양도일이 속하는 사업연도종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도의 기간 동안 균등액 이상을 익금에 산입하여야 한다.

② 제1항의 규정을 적용받은 내국법인이 자가물류시설의 양도일 이후 3년 이내에 해당사업을 폐지하거나 해산한 경우 또는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하지 못한 경우에는 해당사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산의 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 익금에 산입할 금액에 대하여는 제33조제3항 후단의 규정을 준용한다. <개정 2007.12.31 부칙>

1. 자가물류시설을 양도한 후 대통령령이 정하는 기간 동안 각 사업연도에 지출한 물류비용 중 「법인세법」 제52조제1항의 규정에 따른 특수관계자 외의 자에게 지출한 물류비용(이하 이 조 및 제104조의14에서 "제3자물류비용"이라 한다)이 100분의 70이상일 것

2. 대통령령이 정하는 기간 동안 각 사업연도의 제3자물류비용이 자가물류시설의 양도차익에 가목 및 나목의 율을 곱하여 계산한 금액 이상일 것

가. 「법인세법」 제55조의 규정에 따른 세율

나. 금융기관의 이자율을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용하는 경우 물류비용의 범위, 양도차익명세서의 제출 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○제43조 의4 【자가물류시설의 양도차익에 대한 법인세 과세특례】

① 법 제46조의4제1항 전단에서 "대통령령이 정하는 자가물류시설"이라 함은 「화물유통촉진법」 제2조제5호에 따른 물류시설 중 해당 법인이 소유하며 직접 사용하는 물류시설을 말한다.

② 법 제46조의4제1항 전단에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 해당 자가물류시설의 양도가액에서 장부가액과 직전 사업연도종료일 현재 「법인세법」 제13조제1호에 따른 이월결손금의 합계액을 차감한 금액을 말한다.

③ 법 제46조의4제2항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 법 제46조의4제1항에 따라 익금에 산입하지 아니한 금액 전액을 말한다.

④ 법 제46조의4제2항제1호 및 제2호에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 양도일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 이후의 3개 사업연도의 기간을 말한다.

⑤ 법 제46조의4제2항제2호 나목에서 "대통령령이 정하는 이자율"이라 함은 금융기관의 정기예금이자율을 참작하여 기획재정부령이 정하는 이자율을 말한다. <개정 2008.2.29 부칙>

⑥ 법 제46조의4제1항 및 제2항을 적용하는 경우 물류비용은 제1호 및 제2호에 따른 물류비용의 합계액으로 한다. <개정 2008.2.29 부칙>

1. 물자가 조달처로부터 운송되어 물자의 보관창고에 입고, 관리되어 생산공정 또는 공장에 투입되기 직전까지의 물류활동에 따른 물류비용

2. 판매가 확정되어 물자의 이동이 개시되는 시점부터 소비자에게 인도 또는 반품되거나 재사용 또는 폐기까지의 물류활동에 따른 비용으로서 기획재정부령이 정하는 물류비용

⑦ 법 제46조의4제1항을 적용받으려는 내국법인은 자가물류시설의 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 양도차익명세 및 분할익금산입조정명세서를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 제33조 【사업전환 무역조정지원기업에 대한 과세특례】

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용받은 내국인이 사업전환을 하지 아니하거나 전환사업 개시일부터 3년 이내에 당해 사업을 폐지 또는 해산한 경우에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 감면 또는 과세이연받은 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 당해 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 법인세 또는 양도소득세로 납부하여야 하며, 당해 세액은 「법인세법」 제64조 또는 「소득세법」 제111조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다.

○ 제30조 【사업전환 무역조정지원기업에 대한 과세특례】

⑧ 법 제33조제3항 전단에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 제4항의 규정에 따라 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액 전액

2. 제5항의 규정에 따라 양도소득세를 감면받은 경우에는 감면받은 세액 전액

3. 제6항의 규정에 따라 과세이연을 받은 경우에는 과세이연금액에 상당하는 세액(과세이연금액에 「소득세법」 제104조의 규정에 따른 세율을 곱하여 계산한 세액을 말하며, 이하 이 항 및 제9항에서 "과세이연세액"이라 한다) 전액

4. 제7항의 규정에 따른 예정가액에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 세액감면 또는 과세이연을 받은 경우에는 실제 가액을 기준으로 제4항 내지 제6항의 규정에 따라 계산한 금액을 초과하여 적용받은 금액

⑨ 법 제33조제3항 후단에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액"이란 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 제8항제1호 및 제4호에 따른 금액을 익금에 산입하는 경우: 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 사업연도에 제8항제1호 및 제4호에 따른 금액을 익금에 산입하지 않음에 따라 발생한 법인세액의 차액에 대하여 가목에 따른 기간과 나목에 따른 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

가. 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 사업연도 종료일의 다음 날부터 제8항제1호 및 제4호에 따른 금액을 익금에 산입하는 사업연도의 종료일까지의 기간

나. 1일 1만분의 3

2. 제8항제2호부터 제4호까지에 따른 세액을 납부하는 경우 : 제8항제2호부터 제4호까지에 따라 납부하여야 할 감면세액 또는 과세이연세액에 대하여 가목에 따른 기간과 나목에 따른 율을 곱하여 계산한 금액

가. 감면 또는 과세이연을 받은 과세연도 종료일의 다음 날부터 납부사유가 발생한 과세연도 종료일까지의 기간

나. 1일 1만분의 3