1. 질의내용 요약

○ 비영리법인 A는 비상장법인인 B주식회사의 발행주식 △△주를 ○○억원에 취득하고, 수차례에 걸쳐 총 ○○○억원 (원금 ○○○억원, 미수이자 ○○억원)의 자금을 대여함

  - 비상장법인 B사는 지속적인 결손으로 경영정상화를 위해 노력하였으나 실패하여 비영리법인 A는 C사에게 B사의 주식과 채권을 ○○억원에 일괄 양도함

  - 쟁점거래시 주식과 채권의 가치를 별도로 평가하지 아니하였으며 양수도계약서상 주식 및 채권의 가액은 구분되어 있지 아니함

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 증권거래세법 제7조 【과세표준】

 ① 증권거래세의 과세표준은 다음 각호에 의한다. <개정 2008.1.9 부칙>

  1. 제3조제1호 각목의 규정에 의한 주권을 양도하는 경우에는 당해 주권의 양도가액

  2. 제1호외의 주권등을 양도하는 경우에는 다음 각목의 구분에 의한 가액

  가. 주권등의 양도가액을 알 수 있는 경우 : 해당 주권등의 양도가액. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음에 규정하는 가액으로 한다.

   (1) 「소득세법」 제101조, 「법인세법」 제52조 또는 「상속세 및 증여세법」 제35조에 따라 주권등이 시가액보다 낮은 가액으로 양도된 것으로 인정되는 경우(「국제조세조정에 관한 법률」 제4조의 규정이 적용되는 경우를 제외한다)에는 그 시가액

   (2) 「소득세법」 제126조, 「법인세법」 제92조 또는 「국제조세조정에 관한 법률」 제4조에 따라 주권등이 정상가격보다 낮은 가액으로 양도된 것으로 인정되는 경우에는 그 정상가격

  나. 주권등의 양도가액을 알 수 없는 경우 : 대통령령이 정하는 양도가액평가방법에 의하여 평가한 가액

 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 시가 및 정상가격의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2008.1.9 부칙>

○ 증권거래세법 시행령 제4조 【양도가액평가방법】

 ① 법 제7조제1항제2호가목(1)에 따른 시가액 또는 같은 목 (2)에 따른 정상가격은 다음 각 호의 가액을 말한다. <개정 2008.2.22 부칙>

  1. 시가액 : 「소득세법 시행령」제167조, 「법인세법 시행령」제89조 또는 「상속세 및 증여세법 시행령」 제26조에 따라 시가로 인정된 해당 주권등의 가액

  2. 정상가격 : 「소득세법 시행령」제183조의2, 「법인세법 시행령」제131조 또는 「국제조세조정에 관한 법률」 제5조 및 같은 법 시행령 제4조에 따라 정상가격으로 인정된 해당 주권등의 가액

 ② 법 제7조제1항제2호 나목에서 "대통령령이 정하는 양도가액평가방법"이라 함은 다음 각 호의 가액에 양도된 당해 주권등의 거래수량을 곱하여 계산하는 것으로 한다.

  1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 상장법인의 주권등을 유가증권시장 및 코스닥시장 밖에서 양도하는 경우: 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제373조에 따른 한국거래소가 공표하는 양도일의 매매거래 기준가액

  2. 삭제 <2009.2.3 부칙>

  3. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제283조에 따른 한국금융투자협회(이하 "금융투자협회"라 한다)가 같은 법 시행령 제178조제1항에 따른 기준에 따라 거래되는 종목으로 지정한 주권등을 같은 항에 따른 기준 외의 방법으로 양도하는 경우: 금융투자협회가 공표하는 양도일의 매매거래 기준가액

  4. 제1호 및 제3호 외의 방식으로 주권등을 양도하는 경우 : 「소득세법 시행령」 제165조에 따라 계산한 가액

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

 ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

  가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

  나. 삭제 <2008.12.26 부칙>

  다. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등

○ 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

 ① 제96조제2항, 제97조제1항제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조제7항의 규정에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다.

  3. 제94조제1항제3호 가목의 규정에 의한 주식등

  「상속세 및 증여세법」 제63조제1항제1호 가목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 동목중 "평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월"은 각각 "양도일ㆍ취득일 이전 1월"로 본다.

  4. 제94조제1항제3호 나목의 규정에 의한 주식등중 대통령령이 정하는 것

  「상속세 및 증여세법」 제63조제1항제1호 나목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 동목에서 준용하는 동호 가목의 규정중 "평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월"은 각각 "양도일ㆍ취득일 이전 1월"로 본다.

  5. 제94조제1항제3호 나목의 규정에 의한 주식등 중 제4호의 규정에 해당하지 아니하는 것과 제94조제1항제3호 다목의 규정에 의한 주식등

  「상속세 및 증여세법」 제63조제1항제1호 다목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기 및 평가액은 대통령령이 정하는 바에 의하되, 장부분실 등으로 인하여 취득 당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득당시의 기준시가로 한다.

  6. 제94조제1항제3호의 규정에 의한 신주인수권

   양도자산의 종류ㆍ규모ㆍ거래상황 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액

  7. 제94조제1항제4호의 규정에 의한 기타자산

   양도자산의 종류ㆍ규모ㆍ거래상황 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액

 ② 제1항제1호 가목 단서에서 "배율방법"이라 함은 양도ㆍ취득당시의 개별공시지가에 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액에 의하여 평가하는 방법을 말한다.

 ③ 제1항의 규정에 의하여 산정한 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가가 동일한 경우에 있어서의 양도당시의 기준시가, 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의하여 개별공시지가ㆍ개별주택가격 또는 공동주택가격이 공시 또는 고시되기 전에 취득한 토지 및 주택의 취득당시의 기준시가 또는 제1항제1호 나목의 규정에 의한 기준시가가 고시되기 전에 취득한 건물의 취득당시의 기준시가 등 기준시가의 산정에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ④ 제1항제1호 다목의 규정에 의하여 국세청장이 기준시가를 산정한 때에는 이를 고시하기 전에 인터넷을 통한 게시 등 기획재정부령이 정하는 방법에 따라 이를 공고하여 20일 이상 소유자 그 밖의 이해관계인의 의견을 들어야 한다. <신설 2005.7.13 부칙, 2008.2.29 부칙>

 ⑤ 국세청장은 제4항의 규정에 의하여 소유자 그 밖의 이해관계인으로부터 의견을 제출받은 때에는 의견제출기간이 만료된 날부터 30일 이내에 그 처리결과를 통지하여야 한다. <신설 2005.7.13 부칙>

 ⑥ 제4항의 규정에 의한 공고에는 기준시가열람부의 열람장소, 의견제출기간 등 대통령령이 정하는 사항이 포함되어야 한다.

○ 소득세법 시행령 제165조 【토지ㆍ건물외의 자산의 기준시가 산정】

 ④ 법 제99조제1항제5호 후단에 따른 평가기준시기 및 평가액은 다음 각 호에 정하는 바에 따른다. <개정 2007.2.28 부칙, 2008.2.22 부칙>

  1. 1주당 가액의 평가는 가목의 산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 "순손익가치"라 한다)과 나목의 산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 "순자산가치"라 한다)을 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 제158조제1항제1호가목에 해당하는 법인의 경우에는 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.

  가. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 1주당 순손익액 ÷ 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율

  나. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액(토지의 경우는 법 제99조제1항제1호가목에 따른 기준시가) ÷ 발행주식총수

  2. 제1호를 적용하는 경우 법 제99조제1항제5호의 주식등(이하 이 호에서 "비상장주식등"이라 한다)을 발행한 법인이 다른 비상장주식등을 발행한 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이하의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식등의 평가는 제1호에 불구하고 「법인세법 시행령」 제74조제1항제1호마목에 따른 취득가액에 의할 수 있다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 경우에는 제1호 각 목 외의 부분에 불구하고 제1호나목의 산식에 따라 평가한 가액으로 한다.

  가. 법 제110조에 따른 양도소득과세표준 확정신고기한 이내에 청산절차가 진행 중인 법인과 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식등

  나. 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 1년 미만의 법인과 휴ㆍ폐업 중에 있는 법인의 주식등

  다. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 결손금(「법인세법」상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액을 말한다)이 있는 법인의 주식등

  4. 제1호나목을 적용하는 경우 "발행주식총수"는 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재의 발행주식총수에 의한다.

 ⑨ 법 제99조제1항제3호 내지 제5호의 규정에 의하여 산정한 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가가 동일한 경우에는 법 제99조제1항제3호 내지 제5호의 규정에 불구하고 당해 자산의 보유기간과 기준시가의 상승률을 참작하여 기획재정부령이 정하는 방법에 의하여 계산한 가액을 양도당시의 기준시가로 한다.

  <개정 2008.2.29 부칙>

○ 상속세 및 증여세법 제63조 【유가증권등의 평가】

 ① 유가증권등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

  1. 주식 및 출자지분의 평가

  가. 한국증권선물거래소에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일이전ㆍ이후 각 2월간에 공표된 매일의 한국증권선물거래소 최종시세가액(거래실적의 유무를 불문한다)의 평균액. 다만, 평균액계산에 있어서 평가기준일이전ㆍ이후 각 2월의 기간중에 증자ㆍ합병등의 사유가 발생하여 당해 평균액에 의하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월의 기간중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액에 의한다.

  나. 「증권거래법」에 따른 코스닥상장법인의 주식 및 출자지분중 대통령령이 정하는 주식 및 출자지분에 대하여는 가목의 규정을 준용한다.

  다. 나목외의 한국증권선물거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다.

  2. 제1호외의 국ㆍ공채등 기타 유가증권의 평가는 당해 재산의 종류ㆍ규모ㆍ거래상황등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다.

 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(이하 이 항 및 제3항에서 "주식등"이라 한다)에 대하여는 제1항제1호의 규정에 불구하고 당해 법인의 사업성ㆍ거래상황 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다.

  1. 기업공개를 목적으로 금융위원회에 대통령령이 정하는 기간 내에 유가증권신고를 한 법인의 주식 등

  2. 제1항제1호 다목에 규정된 주식등중 「증권거래법」에 따른 코스닥시장에서 주식등을 거래하고자 대통령령이 정하는 기간 내에 동법 제172조의2의 규정에 의하여 한국증권선물거래소에 상장신청을 한 법인의 주식등

  3. 한국증권선물거래소에 상장되어 있는 법인의 주식중 당해 법인의 증자로 인하여 취득한 새로운 주식으로서 평가기준일현재 상장되지 아니한 주식

 ③ 제1항제1호, 제2항 및 제60조제2항을 적용함에 있어서 대통령령이 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 "최대주주등"이라 한다)의 주식등(평가기준일이 속하는 사업년도전 3년이내의 사업년도부터 계속하여 「법인세법」 제14조제2항의 규정에 의한 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령이 정하는 주식등을 제외한다)에 대하여는 제1항제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주등이 당해 법인의 발행주식총수등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산은 대통령령으로 정한다.

 ④ 예금ㆍ저금ㆍ적금등의 평가는 평가기준일 현재 예입총액과 같은 날 현재 이미 지난 미수이자 상당액의 합계액에서 「소득세법」 제127조제1항의 규정에 의한 원천징수세액 상당금액을 차감한 가액으로 한다.

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 【비상장주식의 평가】

 ① 법 제63조제1항제1호 다목의 규정에 의한 한국증권선물거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 산식에 의하여 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의한다. 다만, 부동산과다보유법인(「소득세법 시행령」제158조제1항제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.

  1주당 가액 ＝ 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율(이하 "순손익가치환원율"이라 한다)

 ② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

  1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)

 ③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 법 제63조제1항제1호 다목의 주식 또는 출자지분을 발행한 법인이 다른 비상장주식을 발행한 법인의 발행주식총수등의 100분의 10이하의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식의 평가는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 「법인세법 시행령」 제74조제1항제1호 마목의 규정에 의한 취득가액에 의할 수 있다. 다만, 법 제60조제1항에 따른 시가가 있으면 시가를 우선하여 적용한다.

 ④ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 순자산가치에 의한다.

  1. 법 제67조 및 법 제68조의 규정에 의한 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식 또는 출자지분

  2. 사업개시전의 법인, 사업개시후 3년 미만의 법인과 휴ㆍ폐업중에 있는 법인의 주식 또는 출자지분

  3. 평가기준일이 속하는 사업연도전 3년내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식 또는 출자지분

  ⑤ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 "발행주식총수"는 평가기준일 현재의 발행주식총수에 의한다. <개정 2000.12.29 부칙>

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례)

○ 서면3팀-1482, 2006.07.19.

 증권거래세 과세표준의 계산은 「증권거래세법」제7조 및 같은법 시행령 제4조의 규정에 의하며, 사채 및 증권을 일괄 양도하는 경우에 있어 주권 등의 가액을 알 수 있는지 여부는 당사자간의 계약내용에 의거 사실판단할 사항인 것입니다.

○ 서면3팀-2145, 2005.11.28.

 외국법인이 국내 비상장주식을 양도하는 경우의 증권거래세 과세표준은 주권 등의 양도가액을 알 수 있는 경우에는 당해 주권 등의 양도가액으로 하는 것이나, 상속세 및 증여세법 제35조의 규정에 의하여 주권 등이 시가액보다 낮은 가액으로 양도된 것으로 인정되는 경우에는 그 시가액(증권거래세법 시행령 제4조 제1항의 규정에 의한 방법으로 평가한 가액)으로 하는 것이며,

주식 양도의 대가로 금전이 아닌 외국법인의 주식으로 교환한 경우의 증권거래세 과세표준은 비상장법인의 주권평가방법인 증권거래세법 제7조 제1항 제2호 나목에서 규정한 주권 등의 양도가액을 알 수 없는 경우에 해당하여 증권거래세법 시행령 제4조 제2항 제4호 규정에 의한 방법(소득세법 시행령 제165조)으로 평가하여야 하는 것입니다.

○ 서면3팀-2383, 2004.11.25.

비상장주식을 다른 협회등록주식과 교환하는 경우에는 「증권거래세법」 제2조제3항에 의한 양도에 해당되어 증권거래세 과세대상이며, 증권거래세 과세표준은 증권거래세법 제7조 제1항 제2호 나목의 규정인 “주권 등의 양도가액을 알 수 없는 경우' 에 해당하므로 그 증권거래세 과세표준은 같은 법 시행령 제4조 제2항 제4호의 규정에 의하여 평가한 가액으로 하는 것입니다.