【관련 참고자료】
1. 질의내용 요약
사실관계
○ 甲 법인은 외국법인이 지분 100%를 소유하고 있는 외국인투자기업으로 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률」에 의해 지정된 인천경제자유구역내에 본사를 둔 물류업＊을 영위하는 법인이며, 구 재정경제부로부터 감면결정통보를 받았음
〔＊복합운송주선업, 창고업 등 → 조특법§6의 물류산업〕
○ 乙법인은 甲과 동일한 물류업을 경제자유구역 밖에서 영위(비감면사업 영위)하고 있는 외국인투자기업이며, 갑과 동일한 외국법인이 100% 지분을 보유하였음
○ 甲, 乙법인의 주주인 외국법인은 2007.12.1일자 甲(합병법인)법인과 乙(피합병법인)법인을 합병하였으며 동 합병대가로 甲 주식(합병신주)을 교부받고, 보유 乙 주식은 소멸됨
○ 합병 후, 피합병법인인 乙의 기존 본점은 소멸처리 되었고, 이의 역할을 포함한 모든 사업활동을 합병법인 甲사가 위치한 인천경제자유구역 내 본사 건물로 이전됨
- 甲 법인이 기 조세감면결정을 득하여 인천경제자유구역 내에 투자한 물류시설은 甲 법인의 기존물류사업과 더불어 乙 법인의 물류사업에도 동시에 사용됨
○ 합병 이후, 당해 경제자유지역 내의 감면대상 물류시설을 통하여 발생하는 물류소득은 기존 乙 법인의 소득분만큼 증가될 예정임
질의요지
○ 경제자유구역에 입주한 외국인투자기업(甲α)이 물류업을 영위하여 동 사업(조특법§121-2①2-2.)에 대한 외국인투자감면 적용을 받고 있던 중 동일한 물류업을 영위하고 있는 비감면법인(乙)을 합병한 후 을의 본점을 갑의 본점 소재지로 이전․통합하여 물류업을 계속 영위하는 경우
- 합병법인(甲b)이 영위하는 물류업에서 발생하는 소득 중 합병으로 인해 증가된 소득이 당해 경제자유지역 내의 감면대상 물류시설을 통하여 감면사업(물류업)을 영위함에 따라 발생하는 소득인 경우 감면대상 소득에 해당되는지 여부
甲α: 합병전 갑법인
甲 b : 합병후 갑법인
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 조세특례제한법 제121조의2【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세 및 재산세를 각각 감면한다. (2008. 12. 26. 개정)
1. 생략
2의 2.「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제2조 제1호의 규정에 의한 경제자유구역에 입주하는 외국인투자기업이 영위하는 사업 (2009. 1. 30. 개정 ; 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률 부칙)
② 「외국인투자촉진법」 제2조 제1항 제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 각호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항 제2호의 2ㆍ제2호의 3ㆍ제2호의 4 내지 제2호의 7 및 제3호의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 대하여는 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정함에 있어서 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업을 제외한다)과 합병하여 당해 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 때에는 합병전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다. (2005. 12. 31. 개정)
(“중략”)
⑥ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제5항 및 제12항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세년도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항의 규정에 의하여 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받고자 할 때에는 당해 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 기획재정부장관에게 조세감면내용변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 잔여기간에 한하여 적용된다. (2008.2.29. 개정)
○ 조세특례제한법 시행령 제116조 의2 【조세감면의 기준 등】
①～④ 생략
⑤ 법 제121조의2제1항제2호의2의 규정에 의하여 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률」 제2조제1호의 규정에 의한 경제자유구역안에서 새로이 시설을 설치하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다. (2008.2.22. 개정)
1. 외국인투자금액이 미화 1천만불 이상으로서 제조업을 영위하기 위하여 새로이 공장시설을 설치하는 경우
2. 외국인투자금액이 미화 1천만불 이상으로서 제3항제2호 각목의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 시설을 새로이 설치하는 경우
3. 외국인투자금액이 미화 5백만불 이상으로서 제3항제3호 가목 내지 라목의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 시설을 새로이 설치하는 경우
○ 조세특례제한법 제143조 【구분경리】
① 내국인은 제6조, 제7조, 제12조의 2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제33조의 2, 제55조의 2 제4항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제68조, 제102조, 제121조의 2, 제121조의 4, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항, 제121조의 17 제2항, 제122조와 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제4항의 규정을 적용받는 사업과 기타 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다. (2007. 12. 31. 개정)
② 소비성서비스업과 그 밖의 사업을 함께 영위하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 자산ㆍ부채 및 손익을 각각의 사업별로 구분하여 경리하여야 한다. (2002. 12. 11. 개정)19. 개정)
○ 법인세법 제113조 【구분경리】
① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.(1998. 12. 28. 개정)
② 「신탁업법」 및 「간접투자자산 운용업법」의 적용을 받는 법인은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 신탁재산에 귀속되는 소득과 기타의 소득을 구분하여 경리하여야 한다. (2006. 12. 30. 개정)
③ 제45조 제1항의 규정에 의하여 피합병법인의 이월결손금을 공제받고자 하는 합병법인은 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)
④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 구분경리의 방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정)
〔관련사례〕
○ 서면2팀-372, 2007.03.06.
비감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 유상증자를 통하여 추가로 감면사업을 영위하게 되어 「조세특례제한법」 제121조의 2 제1항 내지 제2항에 따라 법인세를 감면받는 경우 감면세액을 계산함에 있어서 적용되는 감면비율은 「법인세법 시행규칙」 별지 제8호 서식 부표4의 (35)란의 감면비율〔[(32)/(33)]*(34)〕을 적용하는 것이며,
외국인투자자가 원시투자를 하여 외국인투자기업을 별도로 설립하고 동 외국인투자기업이 감면사업을 영위하게 되어 조세특례제한법 제121조의 2 제1항 내지 제2항에 따라 법인세를 감면받는 경우 감면세액을 계산함에 있어서 적용되는 감면비율은 「법인세법 시행규칙」 별지 제8호 서식 부표4의 (21)란의 감면비율〔(19)/(20)〕을 적용하는 것임.
외국인투자기업이 「조세특례제한법」 제121조의 2의 규정에 따라 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업(비감면사업)을 겸업하고 있는 경우에는 「조세특례제한법」 제143조 및 「법인세법」 제113조의 규정에 의하여 감면사업에 속하는 것과 감면사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 하는 것임.