※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

  - 2000.2월 창원시 상남동 대우아파트 10-301호 취득

  - 2004.4.2. 창원시 동읍 화양리 150-14번지 소재 농어촌주택 취득

  - 2008.4.30. 창원시 상남동 대우아파트 10-301호 양도

   * 비과세 대상으로 판단하여 양도소득세 무신고

  - 2009.9.29. 창원시 동읍 화양리 150-14번지 소재 농어촌주택 양도

   * 과세관청에서 일반주택과 행정구역상 같은 시에 소재하는 경우로서 조특법 제99조의 4 농어촌주택 규정이 적용되지 않아 과세대상이 된다는 의견

○ 질의내용

  - 조세특례제한법 제99조의 4 제3항 개정규정의 적용시기

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

부 칙 <제9272호,2008.12.26>

제22조(농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제99조의4의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 농어촌주택 또는 고향주택을 취득하는 분부터 적용한다.

조세특례제한법[2009.06.09]일부개정

조세특례제한법 제99조 의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 <개정 2008.12.26>】

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2011년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다)중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 해당 농어촌주택등 취득전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 해당 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용한다. <개정 2005.12.31, 2007.12.31, 2008.12.26>

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)

가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 소재할 것

(1) 수도권지역. 다만, 「접경지역지원법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 지역을 제외한다.

(2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 및 같은 법 제117조에 따른 도시지역 및 허가구역

(3) 「소득세법」 제104조의2제1항에 따른 지정지역

(4) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

나. 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것

다. 주택 및 이에 부수되는 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원을 초과하지 아니할 것

2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "고향주택"이라 한다)

가. 대통령령으로 정하는 고향에 소재하는 주택일 것

나. 취득 당시 인구 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 시 지역 (다음의 지역을 제외한다)에 소재할 것

(1) 수도권지역

(2) 「소득세법」 제104조의2제1항에 따른 지정지역

(3) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

다. 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것

라. 주택 및 이에 부수되는 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원을 초과하지 아니할 것

3. 삭제 <2008.12.26>

② 삭제 <2007.12.31>

③ 1세대가 취득한 농어촌주택등과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면ㆍ시 또는 연접한 읍ㆍ면ㆍ시에 소재하는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. <개정 2008.12.26>

④ 1세대가 제1항의 규정에 의한 농어촌주택등의 3년 이상 보유요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항의 규정을 적용한다. <개정 2008.12.26>

⑤ 제4항의 규정에 의한 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액을 그 보유하지 아니하게 된 과세연도의 과세표준신고시 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률에 의한 수용 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2008.12.26>

⑥ 제1항 및 제4항의 규정에 의한 과세특례를 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 과세특례신청을 하여야 한다.

⑦ 농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유기간의 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2008.12.26>