※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 甲은 A주택을 소유하던 중 2009년 9월 고향주택 요건을 갖춘 B주택을 취득함

  * B주택 : 서귀포시 소재, 대지 440㎡, 건물 52㎡, 취득가액 5천만원

- 甲은 제주시에서 출생하여 30세까지 거주하였음

○ 질의내용

(1) 2011년 후 B주택을 멸실하고 재건축하는 경우 고향주택으로 인정되는지 여부

(2) 고향주택 요건을 충족하는 C주택을 추가로 취득하여 고향주택을 2채 소유하게 되는 경우에도 특례가 적용되는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

○ 조세특례제한법 제99조의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2011년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 해당 농어촌주택등 취득전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 해당 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용한다.

1. 생략

2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "고향주택"이라 한다)

가. 대통령령으로 정하는 고향에 소재하는 주택일 것

나. 취득 당시 인구 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 시 지역 (다음의 지역을 제외한다)에 소재할 것

(1) 수도권지역

(2) 「소득세법」 제104조의2제1항에 따른 지정지역

(3) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

다. 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것

라. 주택 및 이에 부수되는 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원을 초과하지 아니할 것

3. 삭제 <2008.12.26 부칙>

② 삭제 <2007.12.31 부칙>

③ 1세대가 취득한 농어촌주택등과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면ㆍ시 또는 연접한 읍ㆍ면ㆍ시에 소재하는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

④ 1세대가 제1항의 규정에 의한 농어촌주택등의 3년 이상 보유요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항의 규정을 적용한다.

⑤ 제4항의 규정에 의한 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액을 그 보유하지 아니하게 된 과세연도의 과세표준신고시 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률에 의한 수용 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제1항 및 제4항의 규정에 의한 과세특례를 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 과세특례신청을 하여야 한다.

⑦ 농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유기간의 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제99조의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대"란 제99조의2 제3항의 규정에 의한 1세대를 말한다.

② 생략

③ 법 제99조의4제1항제1호가목(4) 및 같은 항 제2호나목(3)에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 「관광진흥법」 제2조에 따른 관광단지를 말한다.

④ 법 제99조의4제1항제1호나목 및 같은 항 제2호다목에서 "대통령령으로 정하는 기준 이내"란 주택의 연면적이 150제곱미터(공동주택의 경우에는 전용면적 116제곱미터) 이내를 말한다.

⑤ 법 제99조의4제1항제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 고향"이란 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 시 지역(이와 연접한 시지역을 포함하며, 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 군 지역에 연접한 시 지역을 포함한다)을 말한다. 이 경우 등록기준지등 또는 거주한 사실이 있는 지역의 시ㆍ군이 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니한 경우에도 같은 시ㆍ군으로 본다.

1. 「가족관계의 등록 등에 관한 법률」에 따른 가족관계등록부(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제4조에 따른 제적부 등을 포함하며, 이하 이 조에서 "가족관계등록부등"이라 한다)에 10년 이상 등재된 등록기준지(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제2조로 폐지되기 전의 「호적법」에 따른 본적지 또는 원적지를 포함하며, 이 조에서 "등록기준지등"이라 한다)

2. 10년 이상 거주한 사실이 있는 지역

⑥ 법 제99조의4제1항제2호나목 (1)에서 (3)까지의 규정 외의 부분에서 "취득당시 인구 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 시 지역"이란 별표 12에 따른 시 지역을 말한다.

⑦ 법 제99조의4제5항 본문에서 "대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액"이라 함은 일반주택을 양도한 시점에서의 당해 일반주택에 대한 「소득세법」 제104조의 규정에 의하여 계산한 세액을 말한다.

⑧ 법 제99조의4제5항 단서에서 "대통령령이 정하는 부득이한 사유"란 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다), 사망으로 인한 상속 또는 멸실의 사유로 인하여 당해 농어촌주택 또는 고향주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 3년 이상 보유하지 아니하게 되는 경우의 당해 사유를 말한다.

⑨ 법 제99조의4에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 과세특례신고서를 「소득세법」 제105조 또는 같은 법 제110조에 따른 양도소득세과세표준신고기한 내에 제출하여야 한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제21조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 하며, 신청인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 첨부하도록 하여야 한다.

1. 일반주택의 토지대장 및 건축물관리대장

2. 농어촌주택등의 토지대장 및 건축물관리대장

⑩ 법 제99조의4제1항제1호나목ㆍ다목 및 같은 항 제2호다목ㆍ라목에 따라 농어촌주택등의 면적 및 가액을 산정함에 있어서 일반주택의 양도일까지 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에는 당해 증가된 건물ㆍ토지의 면적 및 가액을 포함하여 계산한다.

⑪ 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의4제1항 및 같은 조 제4항에 따른 농어촌주택등의 보유기간은 당초 농어촌주택등의 취득일부터 기산하여 계산한다.

⑫ 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에 따른 농어촌주택등취득기간 이내의 취득 또는 같은 항 제1호가목 및 제2호가목ㆍ나목에 따른 지역에 해당하는 여부의 판정은 당초 농어촌주택등의 취득일을 기준으로 한다.

○ 재산세과-4285(2008.12.16), 서면4팀-1409(2004.09.10)

1세대가 2003년 8월 1일부터 2008년 12월 31일까지의 기간(이하 ‘농어촌주택취득기간’이라 한다)중에 「조세특례제한법」 제99조의4 제1항 각호의 요건을 갖춘 1개의 주택(이하 ‘농어촌주택’이라 한다)을 취득하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택을 양도하는 경우에는 당해 농어촌주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 1세대1주택 비과세 규정을 적용하는 것이며, 이 경우 농어촌주택에는 농어촌주택취득기간 내에 취득하여 당해기간 경과 후 멸실하고 재건축한 주택을 포함하는 것임.

○ 재산세과-1096, 2009.06.02.

「조세특례제한법」 제99조의4 “농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례”(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)를 적용함에 있어 “농어촌주택 취득기간” 중에 농어촌주택 2채를 취득하여 3년 이상 보유하다가 1채를 양도한 후에 보유하고 있는 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택을 양도하는 경우에는 해당 농어촌 주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 1세대1주택 비과세 규정을 적용하는 것임