※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 성남시에 아파트 1채를 소유하고 있음

- 시골(충북 진천군)에 주택을 신축하여 거주할 예정임

○ 질의내용

- 시골에 일정규모 이하의 주택을 신축하는 경우 일반주택 1세대 1주택 비과세 판정시 소유주택으로 보지 아니하는 바 그 요건은 어떻게 되는지(면적, 금액 등)

2. 질의내용에 대한 자료

○ 조세특례제한법 제99조의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2011년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다)중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 해당 농어촌주택등 취득전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 해당 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)

가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 소재할 것

(1) 수도권지역. 다만, 「접경지역지원법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 지역을 제외한다.

(2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 및 같은 법 제117조에 따른 도시지역 및 허가구역

(3) 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역

(4) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

나. 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것

다. 주택 및 이에 부수되는 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원을 초과하지 아니할 것

2. 이하 생략

② 삭제 <2007.12.31 부칙>

③ 1세대가 취득한 농어촌주택등과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면ㆍ시 또는 연접한 읍ㆍ면ㆍ시에 소재하는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

④ 1세대가 제1항의 규정에 의한 농어촌주택등의 3년 이상 보유요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항의 규정을 적용한다.

⑤ 제4항의 규정에 의한 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액을 그 보유하지 아니하게 된 과세연도의 과세표준신고시 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률에 의한 수용 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제1항 및 제4항의 규정에 의한 과세특례를 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 과세특례신청을 하여야 한다.

⑦ 농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유기간의 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제99조의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제99조의4 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대"란 제99조의2 제3항의 규정에 의한 1세대를 말한다.

② 법 제99조의4 제1항 제1호 가목(1) 단서에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 경기도 연천군, 인천광역시 옹진군 및 그 밖에 지역특성이 이와 유사한 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역을 말한다.

③ 법 제99조의4 제1항 제1호 가목(4) 및 같은 항 제2호나목(3)에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 「관광진흥법」 제2조에 따른 관광단지를 말한다.

④ 법 제99조의4 제1항제 1호 나목 및 같은 항 제2호 다목에서 "대통령령으로 정하는 기준 이내"란 주택의 연면적이 150제곱미터(공동주택의 경우에는 전용면적 116제곱미터) 이내를 말한다.

⑤ ～ ⑥ 생략

⑦ 법 제99조의4제5항 본문에서 "대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액"이라 함은 일반주택을 양도한 시점에서의 당해 일반주택에 대한 「소득세법」 제104조의 규정에 의하여 계산한 세액을 말한다.

⑧ 법 제99조의4 제5항 단서에서 "대통령령이 정하는 부득이한 사유"란 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다), 사망으로 인한 상속 또는 멸실의 사유로 인하여 당해 농어촌주택 또는 고향주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 3년 이상 보유하지 아니하게 되는 경우의 당해 사유를 말한다.

⑨ 법 제99조의4에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 과세특례신고서를 「소득세법」 제105조 또는 같은 법 제110조에 따른 양도소득세과세표준신고기한 내에 제출하여야 한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제21조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 하며, 신청인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 첨부하도록 하여야 한다.

1. 일반주택의 토지대장 및 건축물관리대장

2. 농어촌주택등의 토지대장 및 건축물관리대장

⑩ 법 제99조의4 제1항 제1호 나목ㆍ다목 및 같은 항 제2호 다목ㆍ라목에 따라 농어촌주택등의 면적 및 가액을 산정함에 있어서 일반주택의 양도일까지 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에는 당해 증가된 건물ㆍ토지의 면적 및 가액을 포함하여 계산한다.

⑪ 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의4제1항 및 같은 조 제4항에 따른 농어촌주택등의 보유기간은 당초 농어촌주택등의 취득일부터 기산하여 계산한다.

⑫ 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에 따른 농어촌주택등취득기간 이내의 취득 또는 같은 항 제1호가목 및 제2호가목ㆍ나목에 따른 지역에 해당하는 여부의 판정은 당초 농어촌주택등의 취득일을 기준으로 한다.