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1. 질의내용 요약

가. 사실관계

- 질의법인은 2005년에 경기도 여주군 소재에서 창업한 농업회사법인으로 개업 후 2년이 경과한 시점에 당초 본점에 지점을 설치하고 본점은 수도권과밀억제권역인 경기도 하남으로 이전함

-｢조세특례제한법｣ 제68조 제1항 규정에 의해 농업회사법인은 2009.12.31. 이전에 종료하는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고, 농업소득 외의 소득 중 대통령령이 정하는 소득에 대한 법인세를 같은 법 제6조 제1항을 준용하여 감면하고 있음

- ｢조세특례제한법｣ 제6조 제1항의 내용은 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업 등에 대해 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일로부터 3년 이내 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대해 법인세 등을 50% 감면하도록 규정

나. 질의요지

- 농업회사법인이 수도권과밀억제권역 안으로 본점을 이전하는 경우에도 ｢조세특례제한법｣ 제68조 제1항 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특레제한법 제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일이전에 종료하는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득 중 대통령령이 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조제1항의 규정을 준용하여 감면한다. <개정 2000.12.29 부칙, 2003.12.30 부칙, 2006.12.30 부칙, 2009.4.1 부칙>

② 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우에 한한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다. 이 경우 제66조제5항 내지 제8항의 규정을 준용한다. <개정 2000.12.29 부칙, 2003.12.30 부칙, 2006.12.30 부칙>

③ 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 농업회사법인에게 「농업ㆍ농촌기본법」 제3조제1호의 규정에 따른 농작물생산업, 축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제2항의 규정에 의한 농지 및 초지를 제외한다)을 현물출자하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있다. <개정 2004.12.31 부칙, 2006.12.30 부칙>

④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2009년 12월 31일까지 지급받는 배당소득 중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대하여는 소득세를 면제하고, 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득에 대하여는 「소득세법」 제14조제2항의 규정에 따른 종합소득과세표준계산의 경우 합산하지 아니한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령이 정하는 바에 따른다. <신설 2006.12.30 부칙>

⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항의 규정을 적용받으려는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. <개정 2006.12.30 부칙>

○ 조세특레제한법 시행령 제65조【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】

① 법 제68조제1항에서 "대통령령이 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득을 말한다. <개정 2008.2.22 부칙, 2008.6.20 부칙>

1. 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

2. 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제30조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득

3. 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

②법 제68조제4항 후단에 따른 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득은 각 배당시마다 다음 산식에 의하여 계산한 금액으로 하고, 농업소득에서 발생한 배당소득은 배당소득 총액 중 농업소득 외의 소득(제1항의 소득에 한한다)에서 발생한 배당소득을 차감한 금액으로 한다.

농업회사법인으로부터 지급받은 배당소득 × 배당확정일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 농업소득 외의 소득금액(제1항의 소득에 한한다) / 배당확정일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 총소득금액

③법 제68조제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 또는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29 부칙>

④법 제68조제4항에 따라 배당소득에 대한 소득세를 면제받으려는 자는 해당 배당소득을 지급받는 때에 기획재정부령이 정하는 세액면제신청서를 농업회사법인에 제출하여야 한다. 이 경우 농업회사법인은 배당금을 지급한 날이 속하는 달의 다음달 말일까지 조합원이 제출한 세액면제신청서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29 부칙>

○ 조세특레제한법 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

① 2009년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제6조제1항의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 1999.8.31 부칙, 2000.1.21 부칙, 2002.12.11 부칙, 2003.12.30 부칙, 2004.10.5 부칙, 2005.12.31 부칙, 2006.12.26 부칙, 2006.12.30 부칙, 2007.4.11 부칙>