※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

○ 질의내용

- 경정청구시 적용할 예정신고납부세액공제금액이 당초 신고시 적용한 15,000,000원 혹은 경정후 산출세액의 10%인 5,000,000원인지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 법령

○ 소득세법 제108조 【예정신고납부세액공제】 (1999.12.28. 제목개정)

① 예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다. (2000.12.29. 단서삭제)

② 제1항의 규정에 의한 공제는 이를 예정신고납부세액공제라 한다. (1999. 12.28. 개정)

○ 소득세법시행령 제171조 【예정신고납부세액공제】(1999.12.31. 제목개정)

법 제106조의 규정에 의한 예정신고자진납부를 하지 아니한 자가 그 신고기간 경과후 다른 자산의 양도로 인하여 예정신고자진납부를 하는 경우에 그 예정신고자진납부를 하지 아니한 자산의 양도소득금액에 상당하는 세액을 함께 납부하는 때의 예정신고납부세액공제는 예정신고에 따라 자진납부할 세액의 100분의 10으로 한다. (1999.12.31. 개정)

○ 소득세법시행규칙 제84조 【예정신고납부세액공제】 (2000. 4. 3. 제목개정)

① 법 제108조의 규정에 의한 예정신고납부세액공제는 그 신고하는 금액에 대하여 납부할 세액에서 당해 예정신고납부세액공제를 한 금액을 전액 자진신고납부(법 제112조 및 법 제112조의 2의 규정에 의한 분납 및 물납하는 경우를 포함한다)하는 경우에 한한다. 다만, 일부 자진신고납부하는 경우에는 그 납부하는 금액에 상당하는 양도소득금액에 대한 산출세액에 법 제108조 제1항에서 규정하는 율을 곱하여 예정신고납부세액공제액을 계산한다. (2000. 4. 3. 개정)

② 제1항에서 납부할 세액이라 함은 산출세액에서 조세특례제한법에 의하여 감면되는 세액과 법률 제5586호 토지초과이득세법 폐지법률에 의하여 폐지되기 전의 토지초과이득세법 제26조의 규정에 의하여 양도소득세의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세를 차감한 것을 말한다. (1999. 5. 7. 개정)

③ 영 제171조에 규정하는 세액공제액의 계산은 다음 산식에 의한다. (2000. 4. 3. 개정)

        ┌ 납부할 세액의 합계액 - ┐

        │ 예정신고기간이 경과한 │ 10

        │ 양도소득금액에 대한 │ × ── = 예정신고납부세액공제액

        └ 납부할 세액 ┘ 100

나. 관련 예규․판례

○ 서면4팀-376, 2005.03.14

1. 소득세법 제105조에서 규정하는 예정신고기한내에 예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제하는 것이며, 그 후 법률의 개정에 따라 같은법 제110조에 의한 과세표준확정신고를 함에 있어 산출세액이 변경되는 경우에는 그 변경된 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제함

2. 적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 인한 국세환급금에 있어서는 국세기본법 제52조 제5호에 의거 그 법률의 시행일의 다음날이 환급가산금 기산일이 되는 것으로서 조세특례제한법 제85조(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례) 규정의 시행일은 2005.1.1.(2004.12.31. 법률 제7322호, 부칙 제1조)임.

○ 서면4팀-2079, 2006.07.05

「상속세 및 증여세법」제69조제1항에 의한 상속세 신고세액공제는 상속세 신고기한내에 신고한 과세표준에 대한 산출세액에서 공제·감면세액 등을 차감한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제하는 것이며, 이 경우 신고한 과세표준에 포함되어 있는 상속재산의 평가가액의 차이 및 각종 공제액의 적용상 오류 등으로 인한 과다신고금액은 신고한 과세표준에서 제외하는 것입니다.

○ 재산-2369, 2004.08.24

당해연도에 누진세율 적용대상 자산을 2회 양도하고 그에 대한 예정신고를 하는 경우로서 선 양도자산에서는 양도소득금액(즉, ＋소득)이 발생하고, 후 양도자산에서는 결손금(즉, －소득)이 발생하는 경우 합산신고한 산출세액에서 공제할 예정신고납부세액공제액은 선 양도자산에서 공제된 예정신고납부세액공제액을 공제하는 것이지만, 동 금액은 합산된 과세표준에 따른 결정세액(＝합산된 과세표준에 의한 산출세액－감면세액 등)을 한도로 공제하는 것임

○ 재일 46014-1496,1996,06.21.

【제목】

양도소득세 예정신고 시 오류가 있어 확정 신고를 하는 경우 공제할 기납부세액은 예정신고자진납부세액과 예정결정에 따른 고지세액이 됨

【질의】

본인은 1995년 자산양도차익예정신고를 하면서 산출세액 110,000,063원 자진납부세액 99,000,057원 중에서 분납신청을 하여 당해 월에 49,500,028원 45일 내에 49,500,029원을 추가 납부한 바 있음.

그 후 세액계산에 착오가 있어 1996. 5. 중에 양도소득세 확정 신고를 한 바, 환급세액이 발생하여 환급신고를 하고자 하는데 확정 신고 환급신청 시 기납부세액으로 자산양도 차익예정신고산출세액으로 하는지, 아니면 예정신고산출세액에서 예정신고납부세액 공제를 한 순수한 자진납부세액으로 하는지 여부를 질의함.

【회신】

소득세법 제105조 규정에 의한 자산양도 차익예정신고시 계산된 산출세액에 오류가 있어 동법 제110조 규정에 의하여 양도소득세 과세표준 확정 신고를 하는 경우 산출세액에서 공제할 기납부세액은 예정신고시 자진 납부한 세액과 예정결정에 따른 고지세액이 됨.

○ 재일46014-2526,1997.10.25.

【제목】

자산양도차익예정신고 자진납부 후 조세감면규제법상의 감면 적용되는 경우 그 산출세액에서 해당 감면율에 의한 감면세액과 예정신고납부세액공제액을 차감하여 징수 또는 환급함

○ 국심98서3146,1999.04.27

-----동일연도에 2회 이상 토지를 양도하고 2회 이후의 양도토지에서 양도차손이 발생하였을 경우에도 제1회 양도한 토지의 예정신고납부세액공제액을 그대로 인정할 수 있는 것인지 여부---중략

--- 이 건의 경우 위 소득세법 제107조 제2항에 규정되어 있는 󰡒이미 신고한 양도차익예정신고 산출세액󰡓을 어떻게 계산하여 양도소득세액에서 공제할 것인가에 다툼이 있다할 것인 바,

첫째, 소득세법 제107조와 제108조를 종합하여 보면 자산양도차익예정신고를 하고 자진납부를 하는 때에는 소정의 예정신고납부세액을 공제하도록 규정하고 있을 뿐 동일연도에 2회 이상 양도하였을 경우 동 양도소득을 합산하고 과세표준을 정산하여 예정신고납부세액 공제액을 조정하도록 규정하고 있지 아니하다는 점에서 자산양도차익예정신고납부세액 공제는 예정신고납부를 권장하기 위하여 예정신고시마다 인정되는 납세자의 권익을 규정한 규정이라 할 것이다.

둘째, 국세청장은 동일한 연도에 2회 이상 부동산을 양도한 경우로서 양도차익이 없는 경우 제1회 양도분에 대한 예정신고납부세액공제액을 그대로 인정한다면 납세자가 납부하지도 아니한 세액이 환급세액으로 될 수 있는 불합리가 초래되는 것으로 보았으나, 양도소득세 과세체계상 환급세액은 양도자가 납부한 세액의 범위 내에서 이루어지므로 위와 같은 불합리는 초래되지 아니한다 할 것이다.

따라서, 소득세법상 자산양도차익예정신고 납부자에게 예정신고 납부시마다 납부세액공제 혜택을 주도록 규정하고 있는데 근거하여 소정의 납부세액 공제를 받은 청구인에 대하여 처분청이 과세표준확정결정시 제1회분 예정신고납부세액 공제액을 재계산하여 환급세액을 결정한 것은 소득세법상 근거가 없는 부당한 처분으로 판단된다.----이하생략