※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 갑은 성남시 ㅇㅇ구 ㅁㅁ동에서 20년 이상 농사를 지으면서 재촌․자경하였음

- 2005.5. 주거지역으로 편입

- 2006.7.21. 택지개발예정지구 지정고시

- 2008.8.5. 사업인정고시(토지소유자가 1천명 이상인 지역이고 사업시행면적이 100만㎡ 이상인 대규모개발사업지역)

- 2009.2. 보상금 수령 예정

○ 질의내용

- 주거지역 편입일로부터 3년이 지난 후 대규모개발사업지역에 편입된 경우 감면대상 농지에 포함되는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

○ 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 29. 제목개정)

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다)「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 의한 한국농촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2005. 12. 31. 개정)

② 이하 생략

○ 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 31. 제목개정)

① ~ ③ 생략

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. (2008. 2. 22. 개정)

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. (2008. 2. 22. 단서개정)

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지 (1998. 12. 31. 개정)

⑤ ~ ⑥ 생략

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 소득”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. (2005. 2. 19. 개정)

               (주거지역 등에 편입되거나 (취득당시의

                환지예정지 지정을 받은 － 기준시가)

                날의 기준시가)

양도소득금액 × ──────────────────────

               (양도당시의 기준시가)―(취득당시의 기준시가)

⑧ 이하 생략

○ 조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위 등】

① ~ ② 생략

③ 영 제66조 제4항 제1호 가목 및 제67조 제6항 제1호 가목에서 “기획재정부령으로 정하는 규모”란 100만 제곱미터로 하되, 「택지개발촉진법」에 의한 택지개발사업 또는 「주택법」에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만 제곱미터로 한다. (2008. 4. 29. 개정)

④ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제6항 제1호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 공공기관”이란 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 지정된 공공기관과 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방직영기업ㆍ지방공사ㆍ지방공단을 말한다. (2008. 4. 29. 신설)

⑤ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제6항 제1호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유”란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다. (2008. 4. 29. 신설)

○ 택지개발촉진법 제9조 【택지개발사업실시계획의 승인등】

① 시행자는 대통령령이 정하는 바에 따라 택지개발사업실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 작성하여 국토해양부장관의 승인을 얻어야 한다. 승인된 실시계획을 변경하고자 할 때에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항의 변경은 그러하지 아니하다. <개정 1997.12.13 부칙, 2008.2.29 부칙>

② 제1항의 규정에 의한 실시계획에는 국토의계획및이용에관한법률 제52조의 규정에 따라 작성된 제1종지구단위계획 및 택지의 공급에 관한 계획이 포함되어야 한다. <신설 1999.1.25 부칙, 2002.2.4 부칙, 2007.4.20 부칙>

③ 국토해양부장관이 제1항의 규정에 의하여 실시계획을 승인한 때에는 이를 고시하고, 시행자 및 관할시장 또는 군수에게 그 뜻을 통지하여야 한다. <개정 1997.12.13 부칙, 2008.2.29 부칙>

④ 국토해양부장관이 제12조제1항의 규정에 의한 토지등의 수용을 요하는 실시계획을 승인한 때에는 시행자의 성명, 사업의 종류와 수용할 토지등의 세목을 관보에 고시하고 그 토지등의 소유자 및 권리자에게 이를 통지하여야 한다. 다만, 시행자가 실시계획승인신청시까지 토지등의 소유자 및 권리자와 미리 협의한 때에는 그러하지 아니하다. <개정 1997.12.13 부칙, 2008.2.29 부칙>

⑤ 시행자는 택지개발사업을 시행함에 있어서 대통령령이 정하는 특별한 사유가 있는 때에는 「도시개발법」에 따른 도시개발사업을 실시할 수 있다. <개정 2007.4.20 부칙>

○ 택지개발촉진법 제11조 【다른 법률과의 관계】

① 시행자가 제9조의 규정에 의한 실시계획의 승인을 얻은 때에는 다음 각호의 결정ㆍ인가ㆍ허가ㆍ협의ㆍ동의ㆍ면허ㆍ승인ㆍ처분ㆍ해제ㆍ명령 또는 지정(이하 "인ㆍ허가등"이라 한다)을 받은 것으로 보며, 국토해양부장관이 실시계획의 승인을 고시한 때에는 관계법률에 의한 인ㆍ허가등의 고시 또는 공고가 있은 것으로 본다. <개정 1981.1.29 부칙, 1981.3.31 부칙, 1986.5.12 부칙, 1991.12.14 부칙, 1994.8.3 부칙, 1995.12.29 부칙, 1997.12.13 부칙, 1999.1.25 부칙, 1999.2.8 부칙, 2002.2.4 부칙, 2002.12.30 부칙, 2003.5.29 부칙, 2005.8.4 부칙, 2006.9.27 부칙, 2007.4.6 부칙, 2007.4.11 부칙, 2007.4.20 부칙, 2007.12.27 부칙, 2008.2.29 부칙, 2008.3.21 부칙, 2008.12.26 부칙>

1. 국토의계획및이용에관한법률 제30조의 규정에 의한 도시관리계획의 결정, 동법 제56조의 규정에 의한 개발행위의 허가, 동법 제86조의 규정에 의한 도시계획시설사업의 시행자의 지정, 동법 제88조의 규정에 의한 실시계획의 인가

2. 「도시개발법」 제17조에 따른 실시계획의 인가

3. 주택법 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인

4. (이하생략)

○ 서면5팀-1340, 2008.6.26

(사실관계)

- 울산시 고시 제2007-290호(2007.9.6)로 개발계획 승인 고시되고 한국토지공사에서 사업시행 중인 울산송정택지개발지구에 편입된 1종 주거지역 내 토지를 사업시행자에게 양도하는 경우 비사업용 토지 중과세 제외 여부에 대해 질의함.

- 송정택지개발사업 추진경위

2004.11.3. 택지개발예정지구 지정 공람공고

2004.12.31. 택지개발예정지구 지정

2005. 3.24. 집단취락지역 GB해제 → 제1종 일반주거지역

2007. 9. 6. 택지개발계획승인

2007. 5.30. GB 해제

2007. 12.27. 실시계획승인고시

2008. 4.14. 손실보상 협의요청

2008. 4.21. 보상계약 착수

- 동사업의 경우 예정지구 지정이후 사업(보상)착수를 위한 개발계획 및 실시계획 수립, 인ㆍ허가 협의, 현장조사, 감정평가 등을 거치는데 부득이 3년 이상의 기간이 소요됨

(질의내용)

- 소득세법 제104조의 3(비사업용 토지의 범위) 제2항에서 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지(1), 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유(2)가 있는 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우에 해당하는지 여부

- 주거지역에 편입되어 3년이 지난 경우 조세특례제한법 제69조 제1항에 의한 감면 적용 여부

(회신)

1. 생략

2. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지 및 환지처분 이전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 있는 농지의 경우 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지는「조세특례제한법」 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】규정을 적용받을 수 없는 것입니다. 다만, 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제4항 제1호 가목 및 나목에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말함) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역 ㆍ 상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외하는 것임.

○ 서면4팀-880, 2007.3.14

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지 및 환지처분 이전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 있는 농지의 경우 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지는 「조세특례제한법」 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】규정을 적용받을 수 없는 것임. 다만, 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제4항 제1호 가목 및 나목에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말함) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외하는 것임.

2. 생략

○ 재재산-1597, 2004.11.30

조세특례제한법시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 제4항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 양도일 현재 당해 농지가 동시행령 제4항 제1호 단서의 규정에 의한 대규모개발사업 시행 전에 주거ㆍ상업ㆍ공업지역에 편입되어 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우에는 적용하지 아니함

○ 재재산46014-130, 1999.04.19

조세특례제한법 제69조 및 동법시행령 제66조에 의한 자경농지가 도시계획법에 의하여 주거·상업 및 공업지역으로 편입된 후 양도소득세가 면제되는 기간(3년)내에 다시 대규모 개발사업시행지역으로 편입되어 3년이 지난 농지를 양도하는 경우에는 동법의 규정에 의하여 양도소득세가 면제됨.