※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

 ○사실 관계

   < 울산 남 삼산 : 토지 : 305.2㎡, 건물 : 연면적 1,248.68㎡(6층 202㎡) >

   - 취득 : 2003.6.30 토지․건물 일괄취득(26억원)

   - 양도 : 2009.12.15 토지․건물 일괄양도(37억원)

    ․ 2009.11.27 6층 사무실을 단독주택으로 용도변경(기준시가 1억원미만)

    ․ 양도시점에 아파트 1채 보유 중

 ○ 질의 내용

    - 6층 주택

     ․ 취득시기가 언제인지

     ․ 1세대 2주택(단기보유양도) 중과세율 적용여부 및 장기보유특별공제 가능 여부

    - 6층 주택에 대한 취득가액 및 양도가액 안분계산방법

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. (1998. 12. 31. 개정)

   1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 (2001. 12. 31. 개정)

   2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

   (이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제154조【1세대 1주택의 범위】

  ① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. (2008. 2. 22. 단서개정)

   1. ～ 3. 생략

  ② 생략

  ③ 법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 부수되는 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 면적이 주택외의 면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

 ④ 제3항 단서의 경우에 주택에 부수되는 토지는 전체 토지면적에 주택부분의 면적이 건물면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다.

 ⑤ ～ ⑥ 생략

 ⑦ 법 제89조 제1항 제3호에서 “지역별로 대통령령이 정하는 배율”이라 함은 다음의 배율을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

    1. 도시지역안의 토지 5배 (2003. 12. 30. 개정)

    2. 도시지역밖의 토지 10배 (2003. 12. 30. 개정)

  ⑧ ～ ⑨ 생략

 ○ 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2003. 12. 30. 후단신설)

   1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 (2008. 12. 26. 개정)

      제55조 제1항에 따른 세율

   2. 생략

   2의 2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 (2003. 12. 30. 신설)

      양도소득과세표준의 100분의 50

   2의 3. 생략

   2의 4. 생략

   2의 5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 (2005. 12. 31. 신설)

          양도소득과세표준의 100분의 50

   2의 6. ～ 5. 생략

  ② 제1항 제2호ㆍ제2호의 2 및 제4호 가목의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 각각 그 정한 날을 당해 자산의 취득일로 본다. (2003. 12. 30. 개정)

   1. ～ 3. 생략

  ③ ～ ⑤ 생략

  ⑥ 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지에 해당하는 자산을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 제1항 제2호 또는 제2호의 2에 따른 세율)을 적용한다. (2009. 5. 21. 개정)

○ 소득세법 시행령 제167조의 5 【양도소득세가 중과되는 1세대2주택에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 5에서“대통령령이 정하는 1세대2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (2009. 2. 4. 개정)

   1. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역 및 수도권 밖의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2008. 10. 7. 개정)

    가. 광역시에 소속된 군 및 「지방자치법」 제3조 제3항ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 (2008. 10. 7. 개정)

    나. 해당 지역의 주택보급률ㆍ주택가격 및 그 동향 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 지역 (2008. 10. 7. 개정)

   2. 제167조의 3 제1항 제2호 내지 제8호 및 제8호의 2 중 어느 하나에 해당하는 주택 (2005. 12. 31. 신설)

   3. 생략

   3의 2. 제155조 제8항에 따른 수도권 밖에 소재하는 주택 (2008. 11. 28. 신설)

   4. ～ 7. 생략

   8. 주택의 가액 및 면적 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 주택 (2008. 2. 29. 직제개정)

   9. 생략

  ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제167조의 3 제2항부터 제8항까지의 규정을 준용한다. (2008. 10. 7. 개정)

○ 소득세법 시행규칙 제82조【소형주택 등의 범위】 (2005. 12. 31. 제목개정)

  ① 생략

  ② 영 제167조의 5 제1항 제8호 및 제167조의 6 제3항 제8호에서 “기획재정부령이 정하는 주택”이라 함은 주택의 양도당시 법 제99조의 규정에 따른 기준시가가 1억원 이하인 주택을 말한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(종전의「주택건설촉진법」에 따라 설립인가를 받은 재건축조합의 사업부지를 포함한다)으로 지정ㆍ고시된 지역에 소재하는 주택(주거환경개선사업의 경우 해당 사업시행자에게 양도하는 주택은 제외한다)은 제외한다. (2008. 4. 29. 개정)

  (이하 생략)

○ 소득세법 제95조【양도소득금액】

  ① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (1994. 12. 22. 개정)

  ② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2008. 12. 26. 개정)

   표1 보유기간 공제율

   3년 이상 4년 미만 100분의 10

   4년 이상 5년 미만 100분의 12

   5년 이상 6년 미만 100분의 15

      6년 이상 7년 미만 100분의 18

      7년 이상 8년 미만 100분의 21

      8년 이상 9년 미만 100분의 24

      9년 이상 10년 미만 100분의 27

      10년 이상 100분의 30

   표2 생략

  ③ 생략

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다. (1996. 12. 30. 단서신설)

  ⑤ 양도소득금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22. 개정)

○ 소득세법 제102조 【양도소득금액의 구분계산 등】 (1999. 12. 28. 제목개정)

  ① 양도소득금액은 다음 각호의 소득별로 구분하여 계산한다. 이 경우 소득금액을 계산함에 있어서 발생하는 결손금은 이를 다른 호의 소득금액과 통산하지 아니한다. (2003. 12. 30. 개정)

   1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 소득 (2000. 12. 29. 개정)

   2. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 소득 (2000. 12. 29. 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 양도소득금액을 계산함에 있어서 양도차손이 발생한 자산이 있는 경우에는 제1항 각호별로 당해 자산외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손(讓渡差損)을 공제한다. 이 경우 공제방법은 양도소득금액의 세율 등을 감안하여 대통령령으로 정한다. (2003. 12. 30. 신설)

○ 소득세법 제100조【양도차익의 산정】 (2006. 12. 30. 제목개정)

  ① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항의 규정에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. (2006. 12. 30. 개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (2000. 12. 29. 개정)

  ③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22. 개정)

○ 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】

  ① ～ ⑤ 생략

  ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제48조의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (2007. 2. 28. 항번개정)

  ⑦ 생략

○ 부가가치세법 시행령 제48조의 2【과세표준의 안분계산】

  ① ～ ③ 생략

  ④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. (2000. 12. 29. 개정)

   1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. (2006. 2. 9. 개정)

   2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다. (2000. 12. 29. 개정)

   3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다. (2000. 12. 29. 개정)

  ⑤ 생략

나. 관련사례 (예규, 해석사례, 심사례, 심판례, 판례)

○ 재산-73, 2009.09.01.

부동산의 양도 또는 취득시기는「소득세법」 제98조 및 동법 시행령 제162조 규정에 의하여 당해 자산의 대금을 청산한 날이며, ‘대금을 청산한 날’이라 함은 실제로 잔대금을 지급받아 사실상의 소유권을 양도한 시점을 말하는 것이고, 대금청산일이 불분명하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일이 되는 것임

 ○ 재산-1743, 2009.07.17.

양도소득세가 중과세되는 1세대2주택에 해당하는 주택의 범위 판정시「수도권정비계획법」 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권 및 광역시(군 및 읍 ㆍ 면 지역 제외)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그 밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택은 주택수에 포함하지 않는 것임.

 ○ 재산-890, 2009.03.12

국내에 주택을 2개 소유하고 있는 1세대가 그 중 1주택을 양도하는 경우 장기보유특별공제가 배제되나 「소득세법 시행령」 제167조의5 제1항 각호에 해당하는 경우에는 그러하지 않는 것임.

 ○ 서면인터넷방문상담5팀-1511, 2007.05.10

「소득세법」 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 동법 시행령 제166조 제6항 및 「부가가치세법 시행령」 제48조의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산하는 것입니다.