1. 사실관계

 ○ 2006.07.14 고유목적사업 수행에 필요한 전시관 건립을 위해 재단이사장으로부터 현금을 출연받아 부동산[상가(112㎡)와 주택(76㎡) 및 그 부속토지(상가는 234㎡, 주택은 196㎡)]을 취득

   * 상가부속토지는 별도과세 및 분리과세되었으며, 주택부속토지는 주택면적(76㎡)의 2.58배에 해당함

 ○ 2006.07.14 ∼ 2007.4.11까지 9개월간 기존 세입자들의 이전기간동안 부동산임대로 인한 임대수익 발생

 ○ 2007.05.10 건축물 멸실 등기

 ○ 2007.05.01 ∼ 2007.08.11 건축물공사(기초터파기) 진행 중 공사 중단

  - 당초 재단이사장 명의로 공사 진행 후 완공된 건축물을 재단에 기증할 목적이었으나 재단이사장의 사망에 따른 자금사정으로 공사 중단

 ○ 2008.11.28 토지 양도(잔금수령일)

2. 신청내용

 ○ 비영리법인(송암문화재단)이 토지·건물을 취득하여 임대부동산으로 사용하다가 건축물을 철거하고 건물 신축중에 토지를 양도한 경우 당해 토지의 비사업용토지에 해당 여부 판단

3. 관련법령

○ 법인세법 제55조의 2 【비사업용 토지의 범위】

 ① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

  3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

 ② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

  4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

   가. 「지방세법」 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

   나. 「지방세법」 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지

   다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것

  5. 「지방세법」 제182조 제2항의 규정에 의한 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

 ③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

 ○ 법인세법 시행령 제92조의 9 【주택부수토지의 범위】

   법 제55조의 2 제2항 제5호에서 “지역별로 대통령령이 정하는 배율”이라 함은 다음 각 호의 배율을 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

  1. 도시지역 안의 토지 5배 (2005. 12. 31. 신설)

  2. 도시지역 밖의 토지 10배 (2005. 12. 31. 신설)

 ○ 법인세법 시행령 제92조의 3 【비사업용 토지의 기간기준】

    법 제55조의 2 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

   3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

   가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

   나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

 ○ 법인세법 시행령 제92조의 11 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

  ① 법 제55조의 2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의 2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

   3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

  ③ 법 제55조의 2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

   5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

 ○ 법인세법 시행규칙 제46조의 2 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

  ① 영 제92조의 11 제1항 제3호의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의 2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용 부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

   9. 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 토지 : 당해 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 날부터 2년

 ○ 지방세법 제182조 【과세대상의 구분】

  ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다. (2005. 1. 5. 개정)

   2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다. (2005. 1. 5. 개정)

 ○ 지방세법 시행령 제131조의 2 【별도합산과세대상토지의 범위】

  ① 법 제182조 제1항 제2호 본문에서 “대통령령이 정하는 건축물의 부속토지”라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 「건축법」 등 관계 법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지를 제외한다. (2006. 12. 30. 단서신설)

   2. 건축물(제1호의 규정에 의한 공장용 건축물을 제외한다)의 부속토지 중 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건물외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위 안의 토지 (2005. 1. 5. 개정)

   가. 법 제182조 제1항 제3호 다목의 규정에 의한 토지 안의 건축물의 부속토지 (2005. 1. 5. 개정)

   나. 건축물의 시가표준액이 당해 부속토지의 시가표준액의 100분의 3에 미달하는 건축물의 부속토지 (2005. 1. 5. 개정)

 ② 제1항에 적용할 용도지역별 적용배율은 다음과 같다. (2005. 1. 5. 개정)

〔관련사례〕

 ○ 재재산-1117, 2008.12.30

   법인세법 제55조의 2에 따른 ‘토지등 양도소득에 대한 과세특례’를 적용함에 있어 사업에 사용하던 건축물과 그 부속토지를 취득한 후 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 토지를 양도하는 경우에는 같은 법 시행규칙 제46조의 2 제1항 제9호에 따라 당해 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 날부터 2년 동안은 같은법 제55조의 2 제2항 각호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정함

 ○ 서면2팀-1002, 2008.05.22

    귀 질의2)의 경우 내국법인이 토지와 건물을 경매로 낙찰 받아 새로운 건물의 신축을 목적으로 낙찰 받은 건축물을 멸실한 후 토지만을 양도하는 경우에는 당해 건축물이 멸실된 날로부터 2년 기간 동안은 법인세법 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 법 시행령 제92조의 3에 규정한 기간기준에 따라 비사업용토지에 해당하는지 여부를 판정하는 것임.