1. 질의내용 요약

□ 사실관계

- 질의교회는 부목사 사택(아파트)을 취득하여 부목사 및 그 가족이 거주하는 등 사택을 종교 교화업무에 전업하여 사용하고 있었음.

- 사용하던 아파트가 재건축조합에 신탁등기되고 이후 아파트 단지 전체가 재건축 중에 있으며, 재건축 사업이 완료되어 입주예정임.

- 질의교회는 아래 사택 중 A동과 B동의 사택(입주권)을 매각하여 매각대금으로 부속 교육관을 매입하고자 함.

□ 질의내용

- 재건축조합의 사용승인일 이전에 “아파트를 취득할 수 권리”를 매각한 경우 재건축으로 인하여 고유목적사업에 사실상 사용이 불가능한 경우 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

【關聯法令】

□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (중략)

 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (이하생략)

□ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】(중략)

② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (2009. 2. 4. 개정)

【關聯例規】

○ 서면2팀-1700(2004.08.17)

【질의】

○○공단이 고유목적사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지를 부지정지사업 중 정부의 매각 권고에 따라 부지정지사업이 중단되어 토지를 매각한 경우 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

【회신】

귀 질의의 경우 기질의회신사례(서이 46012-11076, 2003.5.29.)를 참고하기 바람

○ 서이46012-11076(2003.05.29)

【질의】

종교법인이 1961. 9월 취득한 임야를 1976. 10월부터 군부대가 무단 점유하고(국방부도 무주부동산으로 보아 소유권등기필. 소유권이 종교법인과 이중등기 국방부 등기는 1994.3월 재단과의 소송으로 말소등기됨), 단독 등기된 이후에도 당해 군부대가 점유ㆍ사용 중(종교법인에서는 토지 인도요구 및 점유에 따른 사용료 상당액 수차례 요구)

당해 군부대가 동 부동산을 수용(2001. 12월)한 경우에 법인세법 제3조 제2항 제5호의 규정 및 조세특례제한법 제82조 제1항 제2호(2001. 12. 29 개정전)의 규정에 의한 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 토지로 볼 수 있는지

〈갑설〉 고유목적사업에 사용하지 못한 이유에 불구하고, 토지 사용료를 받았고, 실제 고유목적사업에 사용한 사실이 없으므로 고유목적사업에 사용한 부동산에 해당하지 않음.

〈을설〉 고유목적사업에 사용하지 못한 것은 당해 재단의 승낙이 없는 가운데 국가의 무단 점유로 인하여 부득이하게 사용하지 못한 것이고, 토지 사용료의 징수는 무단 점유로 인한 사후 부당이득의 청구에 의하여 징수한 것이므로 고유목적사업에 사용한 것으로 봄.

【회신】

비영리법인이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 정당한 사유 존재여부에 불구하고 동 토지의 처분으로 인한 수입은 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 해당하는 것이고,

종교법인이 고유목적에 사용하기 위하여 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 동 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 정당한 사유 존재여부에 불구하고 조세특례제한법(2001. 12. 29 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제82조 “사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제” 규정을 적용받을 수 없는 것임.

○ 법인-3178(2008.10.31)

【질의】

□ 질의 대상 사안

o 우리교육청에서는 2006.3.13.부터 2006.5.31.까지 감사원으로부터 『사학지원 및 교육재정운용실태』 감사를 받았으며 그 결과 관내 사립학교법인인 ○○학원이 기존의 수익용 기본재산이 인천시의 개발로 인해 수용되자 그 보상금 등으로 아래와 같이 인천광역시 ○구 ○동 일대의 7필지 토지를 2005.9.경 금25,000,010,000원에 일괄 매입하였으며,

o 그 과정에서 토지 중 일부의 필지를 임의 교환하였고 학교법인 소유 토지가 사실상 맹지가 되는 결과를 초래 하여 “재교환 하라”는 처분을 한 바 있음.

□ 질의사항

o 당초 토지 등기를 할 때 이미 세금을 납부하였으나, 위와 같이 개인간의 거래 또는 증여, 교환 등이 아닌 국가 헌법기관인 감사원의 감사결과 처분으로 인해 재교환하게 되는 경우에도 관련 세금을 납부하여야 하는지 여부

o 이 경우 어떤 세금을 납부하게 되는지 세금의 종류, 과세기준액(시가, 공시지가 또는 감정가 등), 및 과세기준 시점(당초 매입시 가격기준인지 또는 현재가격 기준인지)은.

【회신】

고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 비영리내국법인의 수익사업에 해당되어 법인세 과세대상이나, 고정자산이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 경우에는 법인세 과세대상이 되지 않는 것임.

매각 대상 토지가 비사업용 토지에 해당되는 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 추가로 납부하여야 하는 것임.