※ 붙임 : 관련 참고자료
1. 질의내용 요약
○사실 관계
- 2001.08. 갑은 나대지 위에 다가구주택 건축허가를 받아 착공
- 2002.03. 갑은 위 다가구주택의 준공검사를 받고 임대
- 2002.07. 갑은 을에게 다가구주택을 590백만원에 양도하고 검인계약서를 작성하였으나, 확정신고 기한내에 신고를 못함
- 2005.06. 갑은 양도가액을 330백만원으로 하여 기한 후 신고하면서 양도소득세 및 주민세 납부
- 2010.01. 관할세무서에서 실지 양도가액이 590백만원이므로 수정신고하라는 안내문을 받음
※ 그러나, 위 건을 당초 조세특례제한법 제99조의3의 규정에 의한 양도소득세 100% 감면대상이며 농어촌특별세만 납부하면 되는 것을 알았음
○ 질의 내용
- 이 경우 수정신고를 하면서 양도소득세를 감면받고 농어촌특별세만 납부하면 되는지
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 조세특례제한법 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】
① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2010. 1. 1. 개정)
1. 생략
2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2010. 1. 1. 개정)
② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (2010. 1. 1. 개정)
③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2010. 1. 1. 개정)
④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2010. 1. 1. 개정)
○ 조세특례제한법 시행령 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 (2001. 8. 14. 제목개정)
① 법 제99조의 3 제1항 각 호 외의 부분 본문에서“대통령령으로 정하는 지역”이란 서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다. (2009. 2. 4. 개정)
② ③ 생략
④ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택”이란 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다. (2010. 2. 18. 개정)
⑤ 생략
⑥ 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의 3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다. (2001. 12. 31. 항번개정)
○ 조세특례제한법 시행령 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】
① ～ ③ 생략
④ 법 제99조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준 확정신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 1에 해당하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)
1. 법 제99조 제1항 제1호의 주택 (1999. 10. 30. 개정)
가. 사용승인일 또는 사용검사일(임시사용승인일을 포함한다)을 입증할 수 있는 증빙서류 (1999. 10. 30. 개정)
나. 건축물관리대장 (1999. 10. 30. 개정)
(이하 생략)
○ 국세기본법 (2000.12.29. 법률6303) 제45조 【수정신고】
① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다. (1994. 12. 22. 개정)
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때 (1994. 12. 22. 개정)
(이하 생략)
○ 국세기본법 (1999.08.31. 법률5993) 제45조의 3 【기한후 신고】
① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자로서 세법에 의하여 납부하여야 할 세액(세법에 의한 가산세를 제외한다)이 있는 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 자산재평가법 제15조의 규정에 의한 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다. (1999. 8. 31. 신설)
② 제1항의 규정에 의하여 기한후 과세표준신고서를 제출한 자는 기한후 과세표준신고액에 상당하는 세액과 세법에서 정하는 가산세를 기한후 과세표준신고서의 제출과 동시에 납부하여야 한다. (1999. 8. 31. 신설)
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 기한후 과세표준신고서를 제출하고 해당 세액을 납부한 경우 관할세무서장은 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다. (1999. 8. 31. 신설)
④ 기한후 과세표준신고서의 기재사항 및 신고절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1999. 8. 31. 신설)
○ 소득세법 시행령 (2000.12.29. 대통령령17032) 제156조 【고급주택의 범위】
법 제89조 제3호에서 “거주용건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다. (1998. 12. 31. 개정)
1. 다음 각목의 1에 해당하는 단독주택으로서 그 주택에 대한 법 제99조 제1항 제1호 나목의 규정에 의한 기준시가가 4천만원 이상인 것 (2000. 12. 29. 개정)
가. 주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 264제곱미터 이상이고 그 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액이 6억원을 초과하는 것 (1999. 9. 18. 개정)
나. 주택에 부수되는 토지의 연면적이 495제곱미터 이상이고 그 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액이 6억원을 초과하는 것 (1999. 9. 18. 개정)
2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 165제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것 (1999. 9. 18. 개정)
3. 엘리베이터ㆍ에스컬레이터 또는 67제곱미터 이상의 수영장 중 1개 이상의 시설이 설치된 주택
나. 관련사례 (예규, 해석사례, 심사례, 심판례, 판례)
○ 법규과-2045, 2006.05.25
귀 자문의 경우 조세특례제한법 제99조(신축주택의 취득자에 대한 양도 소득세 감면)의 규정에 의한 감면요건에 해당하면 양도소득세를 감면 받을 수 있으며, 당해 세액감면은「농어촌특별세법」제2조의 규정에 의하여 농어촌특별세가 과세되는 감면에 해당되는 것임
○ 제도46014-11383, 2001.06.08
국민주택이란 주택의 단위규모가 1호 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 것으로, 귀 질의의 신축주택이 다가구주택인 경우 당해 다가구주택을 하나의 매매단위로 1인에게 양도하거나 1인으로부터 취득(자기건설의 경우 포함)하는때 에는 이를 단독주택으로 보아 조세특례제한법 제99조의 3의 규정을 적용하는 것입니다.
「조세특례제한법」 제99조의3의 규정을 적용함에 있어서 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합의 조합원이 취득하는 주택을 포함)의 경우 당해 거주자가 신축주택취득기간(2001.5.23.부터 2003.6.30.까지) 중에 당해 신축주택의 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함)를 받은 경우에 한하여 동조의 규정에 의한 양도소득세의 과세특례를 적용받을 수 있는 것임.
1. 생략
2. 귀 질의의 신축 양도자가 조세특례제한법 제99조의3 제1항의 주택건설사업자에 해당하는지 여부는 그 규모·횟수·태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는 것인지 등의 사정을 고려하여 사실 판단하여야 할 사항이며, 반드시 사업자등록을 한 사업자만을 의미하는 것은 아닌 것입니다.
○ 서면인터넷방문상담4팀-3575, 2006.10.30
조세특례제한법 제99조의 3 규정에 의하여 ' 양도소득세가 감면되는 신축주택' 에서 제외되는 고가주택 해당여부를 판정함에 있어, 다가구주택을 가구별로 분양하지 아니하고 당해 다가구주택을 하나의 매매단위로 하여 1인에게 양도하는 경우에는 소득세법 시행령 제155조 제15항 및 같은법 시행령 제156조 제3항의 규정에 의거 그 전체를 하나의 주택으로 보아 고가주택 여부를 판정하는 것입니다.