※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

 ○사실 관계

  - 2009.10. A사(코드닥 등록법인)는「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 ‘공정거래법’이라 함)상의 지주회사로 전환을 목표로 인적분할 하였고, 그 결과 분할신설법인 B사(코스닥 등록법인)가 설립

  - 분할 후 A사의 B사에 대한 지분율은 약 10%로서 공정거래법 제8조의2 제2항 제2호에 따른 ‘자회사 주식보유기준’ 20%에 미달하여 A사는 장외에서 B사 주주들을 대상으로 공개매수방식에 의한 현물출자^*를 실하였음

   * A사가 공개매수에 참여한 B사 주주로터 B사 주식을 현물출자 받고 이에 대한 대가로 B사 주주들에게 A사 주식을 교부함

  - 상기 거래단계를 거쳐 A사는 공정거래법상 지주회사로 전환될 예정이며, 이러한 전환과정은 조세특례제한법 제38조의 2(주식의 현물출자 또는 교환․이전에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례)의 요건 충족

  - 공개매수방식에 의한 현물출자에 참여한 B의 주주(개인)는 현물출자로 발생한 B사 주식의 양도차익(이하 ‘과세이연금액’이라 함)에 대하여 조세특례제한법 제38조의 2 제2항의 규정에 따라 양도소득세 과세이연을 신청함

  - 추후 상기 현물출자에 참여한 주주들은 현물출자로 취득한 A사 주식을 증권시장에서의 거래에 의하여 매각하고자 함

○ 질의 내용

  - 현물출자로 취득한 A사 주식을 증권시장에서의 거래에 의하여 양도하는 경우로서 양도시점에 소득세법 시행령 제157조 제4항의 대주주에 해당하지 아니하는 경우, 양도하는 A사 주식에 대한 주식과세이연금액을 포함한 전체 양도차익에 대한 양도소득세가 과세여부

  * 질의자 의견 : 조세특례제한법 제52조의 2와 같은 법 제38조의 2는 규정 내용면에서 동일하므로 제52조의 2와 관련된 해석사례와 같이 과세 되지 아니함(재재산-165, 2007.2.7.)

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제38조의 2 【주식의 현물출자 또는 교환ㆍ이전에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】

  ① 생략

  ② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(「법인세법」 제46조 제2항 각 호 또는 같은 법 제47조 제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 “분할”이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “전환지주회사”라 한다)에 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2012년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 “자기주식교환”이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. (2010. 1. 1. 개정)

  1. 전환지주회사의 주식소유비율이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의 2 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 “지분비율미달자회사”라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것 (2010. 1. 1. 개정)

  가. 전환지주회사가 될 당시 해당 전환지주회사가 출자하고 있는 다른 내국법인 (2010. 1. 1. 개정)

  나. 전환지주회사의 분할로 신설ㆍ합병되는 법인 및 분할 후 존속하는 법인 (2010. 1. 1. 개정)

  2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것 (2010. 1. 1. 개정)

  3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것 (2010. 1. 1. 개정)

  ③ 제1항 또는 제2항에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다. 이 경우 제3호 및 제4호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 양도소득세 또는 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다. (2010. 1. 1. 개정)

  1. 제1항의 지주회사 또는 제2항의 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다. (2010. 1. 1. 개정)

  2. 양도소득세의 과세를 이연받은 주주가 현물출자 등 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우 (2010. 1. 1. 개정)

  3. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의 2 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우 (2010. 1. 1. 개정)

  4. 전환지주회사의 발행주식총수 중 해당 주주 및 그 친족이 소유한 주식 수의 합계가 자기주식교환일(자기주식교환이 여러 차례에 걸쳐 이루어진 경우에는 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날부터 2년이 되는 날) 현재 가장 많은 경우 그 주주 및 그 친족(이하 이 항에서 “최대주주”라 한다)이 자기주식교환을 한 경우로서 그 최대주주가 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 자회사의 임원으로 취임하게 된 경우 (2010. 1. 1. 개정)

  ④ 제1항에 따라 주식을 다른 금융지주회사의 지배를 받는 금융지주회사(이하 이 항에서 “중간지주회사”라 한다)에 이전하거나 중간지주회사의 주식과 교환함에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주가 2012년 12월 31일까지 그 주식교환 또는 주식이전의 대가로 받은 중간지주회사의 주식을 그 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환하는 경우 당초 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 제1항에도 불구하고 해당 주주가 그 주식교환의 대가로 받은 금융지주회사의 주식을 양도할 때까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다. (2010. 1. 1. 개정)

  ⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2010. 1. 1. 개정)

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의 3 【지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례】 (2010. 2. 18. 제목개정)

  ① 내국법인의 주주인 거주자 또는 비거주자(이하 이 조에서 “거주자등”이라 한다)가 법 제38조의 2 제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자 또는 이전하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 “주식과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자 등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자 등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. (2010. 2. 18. 개정)

  ② 거주자등은 법 제38조의 2 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 주식과세이연금액 중 해당 사유가 발생한 날 현재 양도하지 아니한 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식에 상당하는 금액에 현물출자 또는 자기주식교환 당시의 「소득세법」 제104조 제1항의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다. 이 경우 법 제38조의 2 제3항 제1호 단서를 적용할 때 이 영 제35조의 2 제6항을 준용한다. (2010. 2. 18. 개정)

  ③ 거주자등이 법 제38조의 2 제3항 각호 외의 부분 후단의 규정에 의하여 양도소득세에 가산하여 납부하여야 하는 이자상당액은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. (2010. 2. 18. 개정)

  1. 법 제38조의 2 제3항 제3호 또는 제4호에 해당되는 사유로 제2항에서 정하는 바에 따라 계산하여 납부하여야 하는 세액 (2000. 12. 29. 신설)

  2. 과세의 이연을 받은 과세연도의 종료일 다음날부터 법 제38조의 2 제3항 제3호 또는 제4호의 사유가 발생한 과세연도 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율 (2000. 12. 29. 신설)

  ④ 법 제38조의 2 제4항에 따른 양도소득세의 과세의 이연에 관하여는 제1항을 준용한다. 이 경우 과세의 이연을 받는 금액은 제1항에 따라 과세의 이연을 받은 금액과 그 과세의 이연을 받은 중간지주회사의 주식을 해당 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환함으로써 발생한 양도차익의 합계액으로 하고, 그 중간지주회사의 주식과 교환함으로써 취득한 금융지주회사의 주식을 양도하는 때에 양도소득세를 과세한다. (2009. 2. 4. 개정)

  ⑤ 법 제38조의 2 제1항, 제2항 및 제4항을 적용받으려는 거주자등은 해당 현물출자등을 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 현물출자등에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2010. 2. 18. 개정)

○ 조세특례제한법 제52조의 2 【금융지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】(2007.12.31. 법률8827) (삭제, 2008. 12. 26.)

  ① 내국법인 중 「금융지주회사법」 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 금융기관 및 금융업의 영위와 밀접한 관련이 있는 회사(이하 이 조와 제117조에서 “금융기관 등”이라 한다)의 주주가 2010년 12월 31일까지「상법」제360조의 2의 규정에 의하여 당해 금융기관등의 주식을 「금융지주회사법」에 의한 금융지주회사(이하 이 조와 제117조ㆍ제119조 및 제120조에서 “금융지주회사”라 한다)의 주식과 교환하거나 「상법」 제360조의 15의 규정에 의하여 금융지주회사에 이전하는 경우 그 주식교환 또는 주식이전의 대가로 받은 금융지주회사의 주식가액 중 그 주식교환 또는 주식이전으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 금융기관등의 주주가 당해 금융지주회사의 주식을 양도할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. (2007. 12. 31. 개정)

  ② 금융지주회사로 설립된 내국법인이 당해 사업을 폐지하거나 그 인가가 취소된 경우에는 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 과세를 이연받은 주식양도차익상당액에 대한 소득세 또는 법인세를 대통령령이 정하는 바에 따라 추징한다. (2000. 10. 21. 신설)

  ③ 제1항의 규정에 의하여 금융기관등의 주식을 다른 금융지주회사에 의하여 지배를 받는 금융지주회사(이하 이 항에서 “중간지주회사”라 한다)의 주식과 교환하거나 중간지주회사에 이전함에 따라 소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 금융기관등의 주주가 그 주식교환 또는 주식이전의 대가로 받은 중간지주회사의 주식을 다시 그 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환하는 경우 당초 과세를 이연받은 소득세 또는 법인세에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 이를 과세하지 아니하고, 금융기관등의 주주가 그 주식교환의 대가로 받은 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식을 양도할 때까지 대통령령이 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다. (2000. 10. 21. 신설)

  ④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 양도차익의 계산, 주식이전 또는 주식교환에 관한 명세서의 제출 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2000. 10. 21. 신설)

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

  ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. (2009. 12. 31. 개정)

  1. 2. 생략

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득 (2009. 12. 31. 개정)

  가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 (2009. 12. 31. 개정)

  나. 생략

  4. 생략

  ② 제1항 제3호 및 제4호에 모두 해당되는 경우에는 제4호를 적용한다. (2009. 12. 31. 개정)

 ○ 소득세법 시행령 제157조 【대주주의 범위】 (2000. 12. 29. 제목개정)

  ① ～ ③ 생략

  ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다. (2009. 2. 4. 개정)

  1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함하며, 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 「국세기본법 시행령」 제20조에 따른 친족, 그 밖의 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 “기타 주주”라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3(코스닥시장상장법인의 주식등과 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조 제1항에 따라 거래되는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 5. 이하 이 조에서 같다) 이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타 주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타 주주를 포함한다. (2009. 2. 4. 개정)

  2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타 주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 100억원(코스닥시장상장법인의 주식등과 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조 제1항에 따라 거래되는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 50억원) 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타 주주 (2009. 2. 4. 개정)

  (이하 생략)

나. 관련사례 (예규, 해석사례, 심사례, 심판례, 판례)

○ 재재산-165, 2007.02.07

   1. 조세특례제한법 제52조의 2의 규정에 의하여 금융기관 주주가 금융기관 주식을 금융지주회사 주식과 교환하면서 당해 주식교환으로 발생한 양도차익에 대한 양도소득세를 과세이연 받은 후 당해 주식교환으로 취득한 금융지주회사 주식을 양도하는 경우 당초의 주식교환으로 발생한 양도차익에 대하여 양도소득세가 과세되는 것이나, 당해 주식교환으로 취득한 금융지주회사 주식을 양도할 당시 양도소득세가 비과세되는 상장법인 소액주주에 해당되는 경우에는 당초의 주식교환으로 발생한 양도차익에 대하여도 양도소득세가 과세되지 않는 것임.

   2. 위 1.의 내용은 이 해석의 시행일 이후 결정(경정을 포함하다) 또는 신고하는 분부터 적용됨.