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질의회신
일반주거지역에 편입된 농지의 장기보유 특별공제 방법
부동산거래관리과-487생산일자 2010.03.30.
AI 요약
요지
도시지역에 편입된 날부터 2년의 기간을 경과하여 양도하는 농지가 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 경우 장기보유특별공제액은 농지의 취득일부터 양도일까지의 보유기간에 대하여 적용하는 것임
회신
1.「소득세법 시행령」제168조의8제5항에서 규정하는 농지의 소유자가 농지 소재지에 거주하여 스스로 경작하던 농지로서 같은 법제104조의3제1항제1호 나목 단서의 규정에 의한 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 2년의 기간을 경과하여 양도하는 경우, 당해 편입된 날부터 2년이 되는 날까지의 기간은 비사업용 토지에서 제외하여 같은 법제104조의3 제1항 각호 외의 본문의 규정에 의하여 비사업용 토지여부를 판정하는 것입니다. 2. 1.을 적용하여 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 경우로서 장기보유특별공제액은「소득세법」제95조제2항 및 제4항의 규정에 의하여 양도하는 농지의 취득일부터 양도일까지의 보유기간에 대하여 적용하는 것입니다.
질의내용

※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

 ○사실 관계

  - 1998.02.04. 갑은 부천시 오정구 소재 답 248㎡을 아버지로부터 증여받아 자경을 하였음

  - 2007.03.19. 위 토지가 제1종 일반주거지역으로 편입됨

  - 2010.03.11. 갑이 위 토지를 양도함

  * 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 규정을 적용하여 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득세 한하여 감면을 적용하고, 주거지역 편입일부터 2년이 경과하여 주거지역 편입일부터 양도일까지의 기간에 대해서는 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 신고․납부하려고 함

○ 질의 내용

  - 주거지역 편입 전․후의 장기보유특별공제액 안분 방법

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

소득세법 제104조의 3 【비사업용 토지의 범위】

  ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2009. 12. 31. 개정)

  1. 논ㆍ밭 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (2009. 12. 31. 개정)

  가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다. (2009. 12. 31. 개정)

  나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」 제3조 제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다. (2009. 12. 31. 개정)

  2. ~ 7. 생략

  ② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2009. 12. 31. 개정)

  ③ 제1항과 제2항을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2009. 12. 31. 개정)

소득세법 시행령 제168조의 6 【비사업용 토지의 기간기준】

  법 제104조의 3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. (2010. 2. 18. 개정)

  1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

  가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

  나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

  다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (2005. 12. 31. 신설)

  2. 3. 생략

 ○ 소득세법 시행령 제168조의 8 【농지의 범위 등】

  ① 법 제104조의 3 제1항 제1호에서 “농지”라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다. (2005. 12. 31. 신설)

  ② 법 제104조의 3 제1항 제1호 가목 본문에서 “소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지”라 함은 농지의 소재지와 동일한 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 “재촌”이라 한다)하는 자가 「농지법」 제2조 제5호의 규정에 따른 자경(이하 “자경”이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. (2008. 2. 22. 개정)

  ③ 법 제104조의 3 제1항 제1호 가목 단서에서 “「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지의 경우를 말한다. (2010. 2. 18. 개정)

  1. 「농지법」 제6조 제2항 제2호ㆍ제3호ㆍ제9호ㆍ제10호 가목 또는 다목에 해당하는 농지 (2008. 2. 22. 개정)

  2. 「농지법」 제6조 제2항 제4호에 따라 상속에 의하여 취득한 농지로서 그 상속개시일부터 3년이 경과하지 아니한 토지 (2008. 2. 22. 개정)

  3. 「농지법」 제6조 제2항 제5호에 따라 이농당시 소유하고 있던 농지로서 그 이농일부터 3년이 경과하지 아니한 토지 (2008. 2. 22. 개정)

  4. 「농지법」 제6조 제2항 제7호에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 자가 소유한 농지 또는 같은 법 제6조 제2항 제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지 (2008. 2. 22. 개정)

  5. 「농지법」 제6조 제2항 제10호 라목부터 바목까지의 규정에 따라 취득한 농지로서 당해 사업목적으로 사용되는 토지 (2008. 2. 22. 개정)

  6. ~ 9. 생략

  10. 「농지법」 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 기획재정부령이 정하는 농지 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

  ④ 법 제104조의 3 제1항 제1호 나목 본문에서 “대통령령으로 정하는 지역”이란 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 녹지지역 및 개발제한구역을 말한다. (2010. 2. 18. 개정)

  ⑤ 법 제104조의 3 제1항 제1호 나목 단서에서 “소유자가 농지소재지에 거주하여 자기가 경작하던 농지”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

  1. 법 제104조의 3 제1항 제1호 나목 본문의 규정에 따른 도시지역에 편입된 날부터 소급하여 1년 이상 재촌하면서 자경하던 농지 (2005. 12. 31. 신설)

  2. 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지 (2005. 12. 31. 신설)

  ⑥ 법 제104조의 3 제1항 제1호 나목 단서에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 2년을 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

  ⑦ 제3항 제7호를 적용받고자 하는 자는 법 제105조 또는 법 제110조의 규정에 의한 양도소득세 과세표준 신고기한 내에 기획재정부령이 정하는 서류를 제출하여야 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

소득세법 제95조 【양도소득금액】

  ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (2009. 12. 31. 개정)

  ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2009. 12. 31. 개정)

  표 1 보유기간 공제율

  3년 이상 4년 미만 100분의 10

  4년 이상 5년 미만 100분의 12

  5년 이상 6년 미만 100분의 15

  6년 이상 7년 미만 100분의 18

  7년 이상 8년 미만 100분의 21

  8년 이상 9년 미만 100분의 24

  9년 이상 10년 미만 100분의 27

  10년 이상 100분의 30

  표 2 생략

  ③ 생략

  ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)한다. (2009. 12. 31. 개정)

  ⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2009. 12. 31. 개정)

소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

  ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2009. 12. 31. 개정)

  1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 (2009. 12. 31. 개정)

     제55조 제1항에 따른 세율

  2. ~ 7. 생략

  8. 제104조의 3에 따른 비사업용 토지 (2009. 12. 31. 개정)

     양도소득 과세표준의 100분의 60

  9. ~ 11. 생략

  ② ~ ⑤ 생략

  ⑥ 제1항 제4호부터 제9호까지에 해당하는 자산을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 제1항 제4호부터 제9호까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(해당 보유기간이 2년 미만인 자산은 제1항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다. (2009. 12. 31. 개정)       

나. 관련사례 (예규, 해석사례, 심사례, 심판례, 판례)

서면인터넷방문상담5팀-937, 2008.04.30

 거주자가「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 규정에 따른 녹지지역에 해당하는 시지역에 소재하는 농지를 취득하여 취득일부터 양도일까지 계속하여 재촌하면서 자경하던 농지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 규정에 의한 도시지역 중 일반주거지역에 편입된 날부터 2년의 기간이 종료된 경우, 당해 편입된 날부터 2년이 되는 날까지의 기간을 비사업용 토지에서 제외하여 「소득세법」제104조의 3 제1항 본문의 규정에 따른 비사업용 토지의 범위를 판정하는 것입니다.

서면인터넷방문상담4팀-872, 2008.03.31

   1. 생략

 2.「소득세법」제104조 제1항 제2의7호에서 규정하는 “비사업용 토지“라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 같은법 시행령 제168조의 6에서 정하는 기간 동안 동법 제104조의 3 제1항 각호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말하며,

   3. 위2.의 농지를 소유하는 기간 중 농지의 소재지와 동일한 시ㆍ군ㆍ구 (자치구인 구를 말함.)와 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역안의 지역에 거주하지 아니하는 기간은 직접 경작한 경우에도 비사업용 토지의 보유기간으로 보는 것입니다.

   4. 위 2.3.에 의하여 비사업용 토지로 판단하는 농지는 2007.1.1. 이후에 양도하는 경우 양도세율은 중과세율(60%)이 적용되고, 「소득세법」 제95조 의하여 장기보유특별공제액 적용을 배제하는 것입니다.

   5. 생략