1. 질의내용 요약

□ 사실관계 및 질의내용

- 의료법인이 우수한 의료인력을 확보하기 위하여 사택을 제공하고자 함. 동 의료법인은 국민주택 규모 이하의 주택을 취득하여 진료의사에게 사택으로 제공하고자 함

- 이 경우 임원이 아닌 진료의사에게 제공되는 사택의 취득이 법인세법 시행령 제56조에 규정되어 있는 고유목적사업의 지출 또는 사용에 해당되는지 여부

【關聯法令】

□ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호부터 제10호까지의 이자소득의 금액 (2009. 12. 31. 개정)(이하생략)

□ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다. (1998. 12. 31. 개정)

⑥ 법 제29조 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. (2000. 12. 29. 개정)

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 (2006. 2. 9. 개정) (중략)

3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 “의료법인”이라 한다)이 의료기기 등 기획재정부령이 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) (이하생략)

⑩ 제6항 제3호의 규정을 적용받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 기획재정부령이 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

□ 법인세법 시행규칙 제29조의 2 【의료기기 등의 범위】

① 영 제56조 제6항 제3호에서 “의료기기 등 기획재정부령이 정하는 고정자산”이라 함은 다음 각 호의 자산을 말한다. (2008. 3. 31. 직제개정)

1. 병원 건물 및 부속토지 (2001. 3. 28. 신설)

2. 「의료기기법」에 따른 의료기기 (2007. 3. 30. 개정)

3. 「보건의료기본법」에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비 (2007. 3. 30. 신설)

② 영 제56조 제10항에서 “기획재정부령이 정하는 의료발전회계”라 함은 고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계를 말한다. (2008. 3. 31. 직제개정)

【關聯例規】

○ 재법인-197(2003.12.10)

【질의】

국방과학연구소법에 의하여 설립된 비영리법인인 국방과학연구소가 종사직원의 복리후생을 목적으로 동 연구소의 소재지와 다른 장소에 소재하는 아파트를 취득하여 연구원에게 제공하다가 양도하는 경우, 당해 아파트가 법인세법시행령 제2조 제2항의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당되는지 여부에 대하여 다음과 같은 양설이 있어 질의하니 회신바람.

가. 갑설 : 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당됨.

ｏ “고유목적사업”이란 당해 비영리법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말하는 바(법령 제56조 제5항)

- 당해 연구소는 수익사업을 영위하지 않는 비영리법인으로서 총아파트는 고유목적업무를 수행하는 연구원의 주거용도로 사용되었으며, 연구원의 연구능률을 향상시키는 복리후생시설로서 고유목적사업에 부수되는 자산에 해당되므로 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 볼 수 있음.

ｏ 만일, 고유목적사업준비금을 손금산입한 비영리법인이 당해 질의와 동일한 목적으로 고유목적사업에 종사하는 직원의 사택용 아파트를 취득할 경우 이를 법인세법시행령 제56조 제6항의 규정에 의하여 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 것이므로

- 이와 동일한 “고유목적사업”의 범위(법령 제56조 제5항)를 적용받는 고정자산의 처분에 있어서도 달리 취급할 수 없는 것임.

나. 을설 : 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당되지 않음.

【회신】

귀 질의의 경우, 당해 비영리법인의 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하는 종업원의 주거용도로 사용된 사택은 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당되는 것임.