1. 질의내용 요약

○ 사실관계 및 질의요지

-도매업을 영위하는 甲법인은 제조업을 영위하는 乙법인을 ’09.12.30. 흡수합병하였으며, 합병으로 인한 과세이연요건(법法§44①)을 충족함

- 甲법인은 합병시 乙법인의 임시투자세액공제 이월액을 같이 승계하였으며, 합병 후 임시투자세액공제를 적용받은 자산을 乙법인으로부터 그대로 승계하여 계속 제조업에 사용할 예정임

- 합병후 도매업에서는 과세소득이, 제조업에서는 결손금이 발생한 경우(전체로는 과세소득) 승계받은 임시투자세액공제 이월액을 공제받을 수 있는지

  * 이월된 피합병법인의 세액공제금액 잔액을 승계받은 사업의 소득금액 한도내에서만 공제하여야 하는 것인지를 문의

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제44조 【합병평가차익상당액의 손금산입】

① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다. <개정 2001.12.31 부칙>

 1. 합병등기일 현재 1년이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것

 2. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동합병대가의 총합계액중 주식등의 가액이 100분의 95이상일 것

 3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업년도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것

② 제1항의 규정에 의하여 합병평가차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업년도의 다음 사업년도 개시일부터 3년이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 손금에 산입한 금액을 그 폐지한 날이 속하는 사업년도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 합병법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병평가차익에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 승계받은 사업의 계속 또는 폐지에 관한 판정기준, 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】

① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지등양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다. <개정 2001.12.31 부칙, 2003.12.30 부칙>

 1. 각 사업년도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)

 2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제

 3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업년도중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

 4. 제58조의3의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 당해 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

② 제1항제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지등양도소득에 대한 법인세액을 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다. <개정 2001.12.31 부칙>

③ 제1항 각호의 감면 및 세액공제를 적용받던 피합병법인등이 합병 또는 분할하는 경우의 적용방법등 제1항 및 제2항의 규정에 의한 감면 및 세액공제액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제96조 【감면 및 세액공제액의 계산】

① 법 제59조제2항의 규정에 의하여 감면 또는 면제세액을 계산함에 있어서 각 사업연도의 과세표준계산시 공제한 이월결손금ㆍ비과세소득 또는 소득공제액(이하 이 항에서 "공제액등"이라 한다)이 있는 경우 감면 또는 면제되는 소득은 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다.

 1. 공제액등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 경우에는 공제액 전액

 2. 공제액등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 것인지의 여부가 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액

② 법 제59조제1항 각호의 규정에 의한 감면 또는 세액공제를 적용받던 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우에는 다음 각호에 의하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다.

 1. 법 제59조제1항제1호의 규정에 의한 감면(일정기간에 걸쳐 감면되는 것에 한한다)의 경우에는 합병법인등이 승계받은 사업에서 발생한 소득에 대하여 합병 또는 분할당시의 잔존감면기간내에 종료하는 각 사업연도분까지 그 감면을 적용

 2. 법 제59조제1항제3호의 규정에 의한 세액공제(외국납부세액공제를 포함한다)로서 이월된 미공제액의 경우에는 합병의 경우에 한하여 합병법인이 승계받은 자산 등에 대한 미공제액의 범위안에서 이월공제잔여기간내에 종료하는 각 사업연도분까지 이를 공제

③ 제2항 각호의 규정은 법 제44조제1항 각호 또는 법 제46조제1항 각호 및 법 제47조제1항의 요건을 갖춘 경우에 한하여 이를 적용하며, 법 제44조제2항ㆍ법 제46조제2항 및 법 제47조제2항 전단에 해당하는 경우에는 당해 사유가 발생한 사업연도부터 이를 적용하지 아니한다. <개정 2001.12.31 부칙>

④ 제2항 각호의 규정을 적용함에 있어서 법 또는 다른 법률에 당해 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 합병법인등이 그 요건 등을 갖춘 경우에 한하여 이를 적용한다.

나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등)

【關聯例規】

○ 서면2팀-2215, 2005.12.29

조세특례제한법 제144조 제1항의 규정에 열거된 세액공제의 이월공제세액이 있는 내국법인이 다른 내국법인에 합병되는 경우, 피합병법인의 세액공제요건이 합병법인에 그대로 승계된 때에 한하여 법인세법 시행령 제96조 제2항 규정에 따라 합병법인이 이월된 미공제액의 범위 안에서 이월공제잔여기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 이를 공제 받을 수 있는 것으로 조세특례제한법 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 같은법 제144조 제1항에 열거된 세액공제에 해당하는 것임.

○ 법인46012-1905, 2000.09.09

조세특례제한법시행령 제2조 제2항 본문의 규정을 적용받는 법인이 다른 중소기업과 합병한 경우에는 합병일이 속하는 과세연도 개시일부터 중소기업에서 제외되는 것이므로, 중소기업에서 제외되는 합병일이 속하는 과세연도분부터는 조세특례제한법 제19조를 적용하지 않는 것이며,

합병시 피합병법인의 공제세액중 미공제된 이월공제 세액은 합병후 존속하는 법인이 피합병법인의 세액공제요건을 그대로 승계한 경우에 한하여 당해 법인이 조세특례제한법 제144조의 규정에 따라 세액공제의 이월공제를 적용하는 것임.