【관련 참고자료】

1. 사실관계 및 질의내용

O 사실관계

- 당 법인은 공익법인의 설립, 운영에 관한 법률에 의거 2006년 12월에 주무관청의 허가에 따라 재단법인으로 설립되었음

- 정관에 규정된 목적사업은 각종 학술연구 및 활동사업, 의료지원사업, 장학사업, 사회기여사업이며 재원조달을 위한 수익사업으로 출연주식의 운용 및 출연금의 운용을 규정하고 있음

- 당사는 성실공익법인으로 주요재산은 상장회사인 A법인의 주식임

- 2007년도와 2008년도는 매년 약 20억원의 A법인 주식배당수익을 재원으로 고유목적사업을 영위하였지만 A법인의 영업실적 악화로 2009년도 배당금이 없으므로 향후 재단운영에 많은 어려움이 예상됨

- 따라서 이사회 결의와 주무관청의 승인을 얻어서 안정적인 배당이 가능하고 주가상승 가능성이 높다고 판단한 B법인 주식을 취득하고 A법인 주식을 매각하였음

- A법인 주식 매각대금은 전액 B법인 주식취득에 사용되었고 A법인 주식매각시 발생한 증권거래세 약2억9천만원을 당 법인의 운용소득으로 지급하였음

O 질의내용

- 위와같이 운용소득으로 지급한 증권거래세가 상증법 제16조 제2항과 동 시행령 제13조 제3항 제1호 및 제38조 제6항에서 규정한 직접공익목적사업에 사용한 실적에 포함되는지 여부를 질의함

2. 질의 내용에 대한 자료

 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙)

O 상속세 및 증여세법 시행령 제13조 【공익법인 출연재산에 대한 출연방법 등】

 (중간생략)

③ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다. (2008. 2. 22. 신설)

1. 해당 공익법인등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인등 (2010. 2. 18. 개정)

2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그와 특수관계에 있는 자(제19조 제2항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 “주주등 1인”은 “출연자”로 본다)가 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니하는 공익법인등 (2008. 2. 22. 신설)

O 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】

  (중간생략)

⑤ 법 제48조 제2항 제5호에서 운용소득과 관련된 “대통령령으로 정하는 기준금액”이란 제1호에 따라 계산한 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액(이하 이 항에서 “운용소득”이라 한다)의 100분의 70에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “사용기준금액”이라 한다)을 말한다. 이 경우 직전 과세기간 또는 사업연도에서 발생한 운용소득을 사용기준금액에 미달하게 사용한 경우에는 그 미달하게 사용한 금액(법 제78조 제9항에 따른 가산세를 뺀 금액을 말한다)을 운용소득에 가산한다. (2010. 2. 18. 개정)

1. 당해 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(법 제48조 제2항 제4호의 규정에 의한 출연재산 매각금액을 제외하고, 「법인세법」 제29조 제1항의 규정에 의한 고유목적사업준비금과 당해 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액

2. 당해 소득에 대한 법인세 또는 소득세ㆍ농어촌특별세ㆍ주민세 및 이월결손금

⑥ 법 제48조 제2항 제5호에 따른 운용소득의 사용은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적(제5항 제1호에 따라 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 실적 및 기준금액은 각각 해당 과세기간 또는 사업연도와 직전 4과세기간 또는 사업연도와의 5년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있으며 사업개시 후 5년이 경과되지 아니한 경우에는 사업개시 후 5년이 경과한 때부터 이를 계산한다. (2010. 2. 18. 개정)

O 상속세 및 증여세법 기본통칙 48-38…3 【직접공익목적사업에 사용한 금액의 범위】

영 제38조 제2항, 제4항 및 제6항에 규정하는 직접공익목적사업 사용금액의 범위는 다음 각호의 1에 의한다. (2008. 7. 25. 개정)

1. 공익법인등이 그 공익법인등의 정관상의 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 자산을 취득하는데 소요된 금액은 이를 직접공익목적사업 사용금액에 포함한다.

2. (삭제, 2008. 7. 25.)

3. 공익법인등이 운용소득으로 수익용재산을 취득한 금액은 직접공익목적사업 사용금액에 포함하지 아니한다.

 나. 관련 예규(판례, 심판례, 심사례, 예규)

O 서면4팀-1899, 2006.06.21

【질의】

ｏ 학교법인을 2005년 6월 교육청 인가를 받아 법인등기를 완료하였고, 2005년 7월 수익용기본재산 10억원(2년 이상 정기예금), 교육용기본재산 50억원(1년 이하 정기예금 등, 학교신설 토지 매입 및 교사신축 등의 용도로 사용하기 위하여 출연한 재산)을 학교법인 명의로 예치하였음.

(질의1) 그 수익금을 학교운영비로 사용하기 위하여 수익용기본재산을 은행에 예치하는 경우 은행에 예치한 출연금도 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것인지 여부

(질의2) 공익법인이 운용소득으로 수익용 재산(정기예금)을 취득하는 때에는 직접 공익목적사업 사용금액에 포함하지 아니한다고 하는데 공익목적사업외에 사용한 것으로는 보지 아니하나 운용소득의 사용실적을 계산할 때에만 직접공익목적사업실적에는 포함하지 아니한다는 것인지 여부

【회신】

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항 제1호의 규정에 의하여 직접공익목적사업 등에 사용하는 것으로 보는 것이며,

2. 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항 제3호ㆍ제4호의 2의 규정에 의하여 공익법인 등이 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접공익목적사업 외에 사용하는 경우에는 증여세를 부과하는 것이며, 그 운용소득을 직접공익목적사업에 사용한 실적이 같은법 시행령 제38조 제5항의 기준금액에 미달하는 경우에는 같은법 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 부과하는 것임. 귀 질의의 경우 이자소득금액을 다시 정기예금으로 적립한 금액을 직접공익목적사업 외에 사용한 것으로 보아 증여세를 부과하지는 않으나, 같은법 제48조 제2항 제3호ㆍ제4호의 2 및 같은법 시행령 제38조 제5항의 규정을 적용함에 있어 정기예금으로 다시 적립한 금액은 직접공익목적사업에 사용한 금액에는 포함하지 아니하는 것임.

O 서면4팀-1973, 2007.06.25

【질의】

(사실관계)

- 본 환경운동연합이 임야를 기증받아 주무부서인 환경부로부터 기증지를 매각하고 그 매각대금으로 “환경교육장 설치 운영 및 환경관련자료 구입 등의 공익목적사업”에 사용토록 하는 “기증지 목적사업 기간연장” 승인을 받아 2007년 5월 매각하고 계약금 5천만원을 수령함.

(질문내용)

1. 공익법인이 출연받은 재산을 매각하는 경우에는 매각한 날이 속하는 사업연도의 종료일로부터 3년내에 90％에 상당하는 금액 이상을 직접공익목적사업에 사용하도록 규정된 것으로 알고 있으며, 다음의 경우도 직접공익목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부를 질의함.

1) 수익사업용 또는 수익용재산 취득을 위한 지출과 회원(기부자) 확대를 위한 비용지출

2) 공익법인에 종사하는 인건비로 지출하는 금액

3) 계약금으로 수령한 5천만원을 타기관에 대여하여 이후 이자와 함께 상환받는 경우

4) 환경연합 부설기관인 시민환경연구소 소유의 건물을 사용하면서 임차료를 지불하는 경우

2. 위와같은 기증지 매각에 따른 세무신고와 절차 및 제출서류는 무엇인지.

【회신】

1. 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항 제4호ㆍ제4호의 2 및 「같은법 시행령」 제38조 제4항ㆍ제7항의 규정에 의하여 공익법인이 출연받은 재산을 매각한 경우 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세는 제외함)중 직접공익목적사업에 사용한 실적이 그 매각한 날이 속하는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 30％, 2년 이내에 60％에 미달하는 경우 「같은법」 제78조 제9항의 규정에 의하여 그 미달사용한 금액의 10％에 상당하는 금액을 가산세로 부과하는 것이며, 3년 이내에 90％에 미달하게 사용한 경우 그 미달사용한 금액에 대하여는 증여세가 부과되는 것임. 이 경우 공익법인이 출연받은 재산의 매각대금으로 정관상 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 자산을 취득하거나 운용기간 6월 이상인 수익용 또는 수익사업용 재산의 취득 및 운용에 사용하는 경우와 정관상 고유목적사업의 수행과 직접관련된 비용은 직접공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것임.

2. 「상속세 및 증여세법」 제48조 제5항 및 「같은법 시행령」 제41조 제1항의 규정에 따라 재산을 출연받은 공익법인 등은 사업연도 종료일부터 3월 이내에 납세지 관할 세무서장에게 「같은법 시행규칙」 제25조 제1항에서 정하는 서식에 의하여 「공익법인 출연재산 등에 대한 보고서」를 제출하여야 하는 것임.

3. 귀 질의와 관련된 유사사례(서면4팀-2342, 2006.7.19. ; 서면4팀-2016, 2004.12.10. ; 서면4팀-174, 2006.2.1.)를 참고하기 바람.