※ 붙임 : 관련 참고자료
1. 질의내용 요약
질의요지
○ 주택과 그 부수토지의 취득시기가 다른 1세대 1주택자로 실지거래가액이 9억원이 초과하는 경우 장기보유특별공제 계산방법
사실관계
○ 2004.02. 농지 취득(6년 보유)
○ 2007.03. 위 농지를 대지로 용도변경하여 주택신축(3년 보유)
○ 2010. . 위 토지와 주택을 양도하는 경우 실지거래가액 9억원을 초과하여 양도예정(1세대 1주택에 해당)
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】
① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (2009. 12. 31. 개정)
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2009. 12. 31. 개정)
표 1
보유기간 공제율
3년 이상 4년 미만 100분의 10
4년 이상 5년 미만 100분의 12
5년 이상 6년 미만 100분의 15
6년 이상 7년 미만 100분의 18
7년 이상 8년 미만 100분의 21
8년 이상 9년 미만 100분의 24
9년 이상 10년 미만 100분의 27
10년 이상 100분의 30
표 2
보유기간 공제율
3년 이상 4년 미만 100분의 24
4년 이상 5년 미만 100분의 32
5년 이상 6년 미만 100분의 40
6년 이상 7년 미만 100분의 48
7년 이상 8년 미만 100분의 56
8년 이상 9년 미만 100분의 64
9년 이상 10년 미만 100분의 72
10년 이상 100분의 80
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. (2009. 12. 31. 개정)
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)한다. (2009. 12. 31. 개정)
⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2009. 12. 31. 개정)
○ 소득세법 시행령 제156조 【고가주택의 범위】 (2002. 12. 30. 제목개정)
① 법 제89조 제1항 제3호에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액[1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다]이 9억원을 초과하는 것을 말한다. (2010. 2. 18. 개정)
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다. (2002. 12. 30. 개정)
③ 생략
○ 소득세법 시행령 제159조의 2 【장기보유특별공제】 (2008. 2. 22. 제목개정)
법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의 2ㆍ제156조의 2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. (2008. 2. 22. 개정)
○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】
① 법 제98조에 따른 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우 외에는 해당 자산의 대금(해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. (2010. 2. 18. 개정)
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 (2001. 12. 31. 개정)
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일
3. 생략
4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축 허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.
(이하 생략)
나. 관련사례 (예규, 해석사례, 심사례, 심판례, 판례)
「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역에 나대지를 소유한 거주자가 정비조합에 나대지를 제공하고 청산금을 납부하여 관리처분계획에 따라 분양받은 신축주택과 부수토지를 양도하고 양도차익을 산정시 해당주택이 「소득세법」 제95조 제2항에서 정하는 1세대 1주택에 해당하는 경우 기존 건물분 양도차익 중 토지의 양도차익에서 공제할 장기보유특별공제액은 같은 항 표1과 주택의 보유기간에 따른 표2의 공제율 중 큰 공제율을 적용하여 계산하는 것임
○ 서면인터넷방문상담5팀-1289, 2008.06.20
거주자가 「소득세법 시행령」 제156조의 규정에 따른 고가주택(「같은법 시행령」 제159조의 2에서 정하는 1세대 1주택에 해당하는 경우에 한함) 및 그 부수토지를 양도하는 경우로서 당해 주택의 보유기간은 13년 이상이고 그 부수토지의 보유기간은 20년 이상인 경우 당해 부수토지(미등기양도자산은 제외함)에 대한 「소득세법」 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액은 같은항 표2의 규정에 따라 양도차익의 100분의 52로 하는 것임.