1. 사실관계

○ 고속도로운영업자인 󰁥󰁥󰁥(주)(이하 “신청인”이라 한다)는 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따른 고속도로 사업시행자로 지정받음에 따라 동 시설물의 건설 및 운영을 목적으로 설립되었으며

 - 해당 고속도로 건설 완료 후 소유권은 실시협약에 따라 국가에 귀속되고, 운영개시일부터 30년간 관리운영권을 가짐

○ 신청인은 고속도로 이용자로부터 통행료를 징수하면서 ｢부가가치세법 시행규칙｣ 제25조의2에 따라 영수증을 발급하고 있으며

 - 같은 시행규칙 제17조에 따라 세금계산서 발급의무가 면제되는 사업자이지만 ｢부가가치세법 시행령｣ 제79조의2제3항에 따라 공급을 받는 사업자가 세금계산서의 발급을 요구하는 때에는

 - 사업자등록증, 통행료영수증 또는 전자카드 사본을 제출한 경우 그 사용내역에 대하여 같은 시행령 제54조에 따라 매월 말일자를 발행일자로 하여 다음달 10일까지 월합계세금계산서를 발급하고 있음

○ 신청인은 2010년 1월 ~ 3월 고속도로 통행료에 대하여 2010년 1기 예정 부가가치세 신고 및 납부시 세금계산서 발급분과 미발급분으로 구분하여 신고·납부함

○ 과세사업을 영위하는 이용자가 신청인에게 2010년 1월과 2월 고속도로 이용분에 대하여 다음달 10일까지 세금계산서 발급을 요구하지 아니하였고 사업자등록증, 통행료영수증 등을 제출하지도 아니하여 신청인은 세금계산서를 발급하지 아니하였으나

 - 해당 이용자는 2010년 4월에 2010년 1월분과 2월분에 대한 이용내역에 대한 매입자발행세금계산서 발급을 관할세무서에 요청함

2. 신청내용

【질의 1】

｢조세특례제한법｣상 매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제특례는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 ｢부가가치세법｣에 따른 세금계산서 발급시기에 발급하지 아니하는 경우에 그 공급을 받는 자는 매입자발행세금계산서를 발급할 수 있음

고속도로운영업자가 고속도로 이용자에게 도로 및 관련시설 운영용역을 제공하면서 해당 거래시기에 이용자가 세금계산서 발급요구를 하지 아니한 경우 해당 이용자가 매입자발행세금계산서를 고속도로운영업자에게 발급할 수 있는지 여부

【질의 2】

질의 1에서 이용자가 매입자발행세금계산서를 발급할 수 있는 경우 매출처별세금계산서합계표에 대하여 수정신고 대상인지 여부

3. 관련법령

조세특례제한법 제126조의 4 【매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례】