1. 사실관계

○ (재)한국OOOO(이하 “신청인”이라 한다)은 여성부 소관 재단법인으로 ｢성매매방지 및 피해자 보호 등에 관한 법률｣에 의거 여성부로부터 성매매방지 중앙지원센터 설치 및 행정지원 업무를 위탁받아 사업을 추진하는 기관임

 - 신청인은 2009.04.03일 ｢민법｣ 제32조 및 ｢여성부소관비영리법인의 설립 및 감독에 관한규칙｣ 제4조의 규정에 의하여 설립된 비영리재단법인이며

 - 2010.02.19일 ｢여성․아동폭력피해 중앙지원단 설치 및 행정지원 위탁 계약｣ 사업 입찰 참여와 사업영역 확대 등을 위하여 여성부로부터 신청인의 정관 제5조(수익사업)에 따라 수익사업을 승인 받음(조건: 수익사업이 정관 제2조의 설립목적에 반하지 아니하는 범위 안에서 추진)

○ 신청인은 조달청의 전자입찰을 통하여 ｢여성․아동폭력피해 중앙지원단 설치 및 행정지원 위탁 계약｣(이하 “쟁점 위탁사업”이라 한다)을 낙찰 받고, 여성부와 제안서 협상을 한 후 2010.03.10일 일반용역계약서를 작성함

 - 발주처: 서울지방조달청장, 수요기관: 여성부, 계약금액: 699백만원, 납품기한 : 2010.12.23, 품명: 공공기관관련용역

○ 2010년 3월 19일 여성부 용역사업인 ｢여성․아동폭력피해 중앙지원단｣ 설치 및 행정지원 위탁사업의 예산 중 70%를 선급금으로 교부받아 사업을 추진함

2. 신청내용

신청인이 고유의 사업목적을 위하여 여성부로부터 ｢여성․아동폭력피해 중앙지원단 설치 및 행정지원｣ 사업을 위탁받아 제공하는 용역의 면세 여부

3. 관련법령

 ○ 부가가치세법 제12조 【면세】

  ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   17. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

 ○ 부가가치세법 시행령 제37조 【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위】

  법 제12조 제1항 제17호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 것을 말한다.

   1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역