사실관계 및 질의요지

○ 질의교회는 아래의 부동산 처분에 대하여 관할세무서에 소명을 하였으나, 아래의 토지 중 ① 경기 양주 옥정 ○번지 임야(640㎡)(이하 ‘쟁점토지’임)의 처분으로 인한 수입은 수익사업에 해당 된다고 함

○ 상기 부동산은 신도시 개발사업에 따라 부득이하게 수용된 것이며, 쟁점토지는 증여받은 것으로 당해 교회가 증여받기 전에도 **교회가 교회로 사용하고 있었음

□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (2008. 12. 26. 개정)

1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정)

2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정)

3. 제55조의 2 및 제95조의 2에 따른 토지등 양도소득 (2008. 12. 26. 신설)

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (2008. 12. 26. 개정)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)

□ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (2009. 2. 4. 개정)

○ 서면2팀-1700(2004.08.17)

【질의】

○○공단이 고유목적사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지를 부지정지사업 중 정부의 매각 권고에 따라 부지정지사업이 중단되어 토지를 매각한 경우 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

【회신】

귀 질의의 경우 기질의회신사례(서이 46012-11076, 2003.5.29.)를 참고하기 바람

○ 서이46012-11076(2003.05.29)

【질의】

종교법인이 1961. 9월 취득한 임야를 1976. 10월부터 군부대가 무단 점유하고(국방부도 무주부동산으로 보아 소유권등기필. 소유권이 종교법인과 이중등기 국방부 등기는 1994.3월 재단과의 소송으로 말소등기됨), 단독 등기된 이후에도 당해 군부대가 점유ㆍ사용 중(종교법인에서는 토지 인도요구 및 점유에 따른 사용료 상당액 수차례 요구)

당해 군부대가 동 부동산을 수용(2001. 12월)한 경우에 법인세법 제3조 제2항 제5호의 규정 및 조세특례제한법 제82조 제1항 제2호(2001. 12. 29 개정전)의 규정에 의한 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 토지로 볼 수 있는지

〈갑설〉 고유목적사업에 사용하지 못한 이유에 불구하고, 토지 사용료를 받았고, 실제 고유목적사업에 사용한 사실이 없으므로 고유목적사업에 사용한 부동산에 해당하지 않음.

〈을설〉 고유목적사업에 사용하지 못한 것은 당해 재단의 승낙이 없는 가운데 국가의 무단 점유로 인하여 부득이하게 사용하지 못한 것이고, 토지 사용료의 징수는 무단 점유로 인한 사후 부당이득의 청구에 의하여 징수한 것이므로 고유목적사업에 사용한 것으로 봄.

【회신】

비영리법인이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 정당한 사유 존재여부에 불구하고 동 토지의 처분으로 인한 수입은 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 해당하는 것이고,

종교법인이 고유목적에 사용하기 위하여 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 동 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 정당한 사유 존재여부에 불구하고 조세특례제한법(2001. 12. 29 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제82조 “사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제” 규정을 적용받을 수 없는 것임.

○ 법인-50(2010.01.15)

【질의】

(사실관계)

- 질의교회는 부목사 사택(아파트)을 취득하여 부목사 및 그 가족이 거주하는 등 사택을 종교 교화업무에 전업하여 사용하고 있었음.

- 사용하던 아파트가 재건축조합에 신탁등기되고 이후 아파트 단지 전체가 재건축 중에 있으며, 재건축 사업이 완료되어 입주예정임.

- 질의교회는 아래 사택 중 A동과 B동의 사택(입주권)을 매각하여 매각대금으로 부속 교육관을 매입하고자 함.구분 사용자 취득일 관리처분계획 인가일 가사용 승인예정일 양도일

A동 부목사(A) 1990.11.5. 2005.10.21. 2009.7.15. 2009.5.31.

B동 부목사(B) 1994.3.15. 〃 〃 〃

C동 부목사(C) 1983.1.20. 〃 〃 계속사용

(질의내용)

- 재건축조합의 사용승인일 이전에 “아파트를 취득할 수 권리”를 매각한 경우 재건축으로 인하여 고유목적사업에 사실상 사용이 불가능한 경우 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

【회신】

비영리내국법인이 고정자산을 처분하여 생기는 수입은 수익사업에 해당하는 것이나, 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업은 제외)에 직접 사용한 것은 수익사업에 해당되지 않는 것임.

위에서 “3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용”이라 함은 처분일로부터 소급하여 3년 이상 중단 없이 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우를 말하는 것이므로, 보유기간 중 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 부득이한 사유발생은 동 규정 적용의 고려요소가 아님.

○ 재법인-29(2005.01.12)

【질의】

(사실관계)

□ 당해 종교법인은 1993.6.21. 부동산을 취득하여 장로명의로 소유권이전등기를 경료하고 예배당으로 사용

ｏ 2003.3.18. 동 부동산에 대하여 당해 법인명의로 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 하였음

                        【고유목적사업에 사용한 기간】

│ (A) │

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│ │ (B) │

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1993.6.21. 2003.3.18. 토지처분일

(질의요지)

□ 법인세법 시행령 제2조 제2항의 규정에 의하여 당해 토지를 고유목적사업에 사용한 기간의 기산일은 언제인지.

〈갑설〉 장로명의로 소유권이전등기를 하여 예배당으로 사용한 날(질의자 의견)

〈을설〉 법인명의로 소유권이전등기를 한 날(국세청 의견)

【회신】

귀 질의의 경우 당해 부동산이 법인세법 제3조 제1항 제5호 및 동법 시행령 제2조 제2항의 규정에 의하여 고정자산의 처분일 현재 고유목적사업에 사용된 기간은 당해 법인이 그 고정자산을 취득한 날부터 기산하는 것인데, 당해 고정자산을 증여로 취득한 경우에는 소유권이전 등기일이 취득한 날이 되는 것임.