1. 질의내용 요약

□ 사실관계 및 질의요지

1) 조특법 제104조의18(’08.12.26신설)제2항에 의하면 법인이 학교에 연구 및 인력개발을 위한 시설을 기부하는 경우 같은 법 제11조를 준용하도록 되어 있음.

- 동법 제146조에서 제11조에 의한 세액공제를 받은 자가 투자완료일로부터 2년 이내 해당 자산을 처분할 경우 세액공제액 및 세액공제액에 대한 이자상당액을 가산하여 납부하도록 되어 있음

- 이 경우, 조특법 제104조의18제2항에 의하여 세액공제 받은 경우 동법 제146조의 감면세액 추징규정 적용여부

2) 조특법 제39조에서 내국법인의 주주등이 당해 내국법인의 채무를 인수 또는 변제하는 경우 양도등대상법인은 손금에 산입하고, 이를 인수한 주주법인 등은 이연하여 익금에 산입하도록 되어 있음

- 손금에 산입한 양도등대상법인이 부채비율이 기준부채비율보다 증가하거나, 채무를 인수․변제한 날로부터 3년이내 해당 사업을 폐지할 경우 이자상당액을 포함하여 익금에 산입하여야 함(조특법§39③)

- 동조 제3항 후단(제1항에 따라 주주 등이 감면받은 법인세액 및 이자상당액을 법인세에 가산)의 규정을 적용함에 있어

- 당해 규정의 적용대상이 제2항의 양도대상법인에 한정하는지, 채무를 변제한 주주등도 적용되는지 여부

【關聯法令】

□ 조세특례제한법 제104조의 18 【대학 맞춤형 교육비용 등에 대한 세액공제】

① 「고등교육법」 제2조에 따른 학교(이하 이 조에서 “학교”라 한다)가 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」 제8조에 따라 내국인과 계약으로 직업교육훈련과정 또는 학과 등을 설치ㆍ운영하고, 해당 내국인이 그 운영비로 비용(이하 이 조에서 “맞춤형 교육비용”이라 한다)을 지급하는 경우에는 제10조를 준용한다. 이 경우 “연구ㆍ인력개발비”를 “맞춤형 교육비용”으로 본다. (2010. 1. 1. 개정)

② 내국인이 학교에 대통령령으로 정하는 연구 및 인력개발을 위한 시설을 기부하는 경우에는 제11조를 준용한다. (2010. 1. 1. 개정)

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 내국인이 수도권에 있는 학교에 지급하거나 기부하는 경우에는 해당 금액의 100분의 50을 곱한 금액을 지급하거나 기부한 것으로 본다. (2010. 1. 1. 개정)

□ 조세특례제한법 제11조 【연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제】

① 내국인이 2012년 12월 31일까지 연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. (2010. 1. 1. 개정)

② 제1항에서 “연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. (2010. 1. 1. 개정)

1. 연구시험용 시설로서 대통령령으로 정하는 시설 (2010. 1. 1. 개정)

2. 직업훈련용 시설로서 대통령령으로 정하는 시설 (2010. 1. 1. 개정)

3. 대통령령으로 정하는 신기술을 기업화하기 위한 사업용자산 (2010. 1. 1. 개정) (이하생략)

□ 조세특례제한법 시행령 제10조 【연구시험용시설의 범위 등】

① 법 제11조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 시설”이란 연구개발을 위한 연구ㆍ시험용시설로서 기획재정부령이 정하는 것을 말한다. (2010. 2. 18. 개정)

② 법 제11조 제2항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 시설”이란 인력개발을 위한 직업훈련용 시설로서 기획재정부령이 정하는 것을 말한다. (2010. 2. 18. 개정)

□ 조세특례제한법 제146조 【감면세액의 추징】

제5조, 제11조, 제24조부터 제26조까지, 제94조 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 같은 조에 따라 투자완료일부터 2년이 지나기 전에 해당 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 해당 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. (2010. 1. 1. 개정)

□ 조세특례제한법 시행령 제104조의 17 【학교에 기부하는 연구 및 인력개발을 위한 시설의 범위】

법 제104조의 18 제2항에서 “대통령령으로 정하는 연구 및 인력개발을 위한 시설”이란 연구개발을 위한 연구ㆍ시험용시설로서 기획재정부령으로 정하는 것과 인력개발을 위한 직업훈련용 시설로서 기획재정부령으로 정하는 것을 말한다. (2009. 2. 4. 신설)

□ 조세특례제한법 시행규칙 제46조의 4 【학교에 기부하는 연구 및 인력개발을 위한 시설의 범위】

① 영 제104조의 17에서 “연구ㆍ시험용시설로서 기획재정부령으로 정하는 것”이란 연구ㆍ시험용시설로서 제8조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 다만, 대상시설이 중고품이거나 기부 이후 운휴 중에 있는 것은 제외한다. (2009. 4. 7. 신설)

② 영 제104조의 17에서 “직업훈련용시설로서 기획재정부령으로 정하는 것”이란 직업훈련용시설로서 제8조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 다만, 대상시설이 중고품이거나 기부 이후 운휴 중에 있는 것은 제외한다. (2009. 4. 7. 신설)

□ 조세특례제한법 시행규칙 제8조 【연구시험용시설 등의 범위】

① 영 제10조 제1항에서 “기획재정부령이 정하는 것”이란 전담부서, 「국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법」에 따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업 및 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합에서 직접 사용하기 위한 연구시험용시설로서 다음 각 호의 것을 말한다. 다만, 운휴 중에 있는 것은 제외한다. (2008. 4. 29. 개정)

1. 공구 또는 사무기기 및 통신기기, 시계ㆍ시험기기 및 계측기기, 광학기기 및 사진제작기기 (1999. 4. 26. 개정)

2. 「법인세법 시행규칙」 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산 (2005. 3. 11. 개정)

□ 조세특례제한법 제39조 【채무의 인수ㆍ변제에 대한 과세특례】

① 내국법인의 주주 또는 출자자(법인인 경우에 한정한다. 이하 이 조에서 “주주등”이라 한다)가 해당 법인의 채무를 인수ㆍ변제하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 갖춘 경우에는 해당 법인의 채무금액 중 해당 주주등이 인수ㆍ변제한 금액은 해당 연도 주주등의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 금액을 한도로 손금에 산입한다. (2010. 1. 1. 개정)

1. 대통령령으로 정하는 재무구조개선계획(대통령령으로 정하는 자가 승인한 것에 한정한다. 이하 이 조에서 “재무구조개선계획”이라 한다)에 따라 2010년 12월 31일까지 해당 내국법인의 지배주주ㆍ출자자 및 그 특수관계자(이하 이 조에서 “지배주주등”이라 한다)의 소유주식 또는 출자지분을 대통령령으로 정하는 특수관계자 외의 자에게 전부 양도할 것 (2010. 1. 1. 개정)

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 법인청산계획서를 해당 내국법인의 납세지 관할세무서장에게 제출하고 2011년 12월 31일까지 해당 내국법인의 청산을 종결할 것 (2010. 1. 1. 개정)

② 제1항에 따라 채무가 인수ㆍ변제되어 채무가 감소한 법인(이하 이 조에서 “양도등대상법인”이라 한다)은 소득금액을 계산할 때 채무의 감소액(대통령령으로 정하는 결손금을 초과하는 금액에 한정한다. 이하 이 조에서 “채무감소액”이라 한다)을 해당 사업연도와 해당 사업연도의 종료일 이후 3개 사업연도의 기간 중 익금에 산입하지 아니하고 그 다음 3개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입한다. 다만, 제1항 제2호의 요건에 해당되는 양도등대상법인의 경우에는 해산하는 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 채무감소액을 익금에 산입한다. (2010. 1. 1. 개정)

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 제2항을 적용받은 양도등대상법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 해당 사유가 발생한 과세연도에 양도등대상법인의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하지 아니한 금액을 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제1항에 따라 주주등이 감면받은 법인세액 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 법인세에 가산하여 납부하여야 하며 해당 세액은 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. (2010. 1. 1. 개정)

1. 양도등대상법인의 부채비율이 채무 인수ㆍ변제 후 3년 이내의 기간 중 기준부채비율보다 증가하게 된 경우(제1항 제1호에 해당되는 양도등대상법인에 한정한다) (2010. 1. 1. 개정)

2. 채무를 인수ㆍ변제한 날부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우로서 합병법인, 분할로 인하여 신설되는 법인 또는 분할합병의 상대방 법인이 해당 사업을 승계한 경우가 아닌 경우(제1항 제1호에 해당되는 양도등대상법인에 한정한다). 다만, 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제1항에 따라 주주등이 감면받은 법인세액 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하지 아니한다. (2010. 1. 1. 개정)

3. 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하지 못한 경우 (2010. 1. 1. 개정)

④ 제1항 제1호에 따른 법인의 양도ㆍ양수에 있어서 양도등대상법인의 자산부족액을 익금에 산입하여 이를 「법인세법」 제67조에 따라 처분하는 경우 해당 양도등대상법인은 「소득세법」에도 불구하고 그 처분금액에 대한 소득세를 원천징수하지 아니한다. (2010. 1. 1. 개정)

⑤ 제1항에 따라 법인의 채무가 인수ㆍ변제됨에 따라 해당 법인의 다른 주주등이 얻는 이익에 대해서는 「상속세 및 증여세법」에 따른 증여로 보지 아니한다. 다만, 채무를 인수ㆍ변제한 주주등과 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자에 대해서는 그러하지 아니하다. (2010. 1. 1. 개정)

⑥ 제1항 제1호에 따른 재무구조개선계획을 승인한 자는 재무구조개선계획의 내용 및 그 이행실적을 매년 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2010. 1. 1. 개정)

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 채무의 범위, 재무구조개선계획의 내용 및 승인기준, 지배주주등의 범위, 자산부족액의 요건 및 신고의 방법, 법인양도ㆍ양수에 관한 명세서의 제출, 법인의 청산계획서 제출, 세액감면의 신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2010. 1. 1. 개정)

□ 조세특례제한법 시행령 제36조 【채무의 인수ㆍ변제에 대한 과세특례】

① 법 제39조 제1항 각 호 외의 부분에 따른 채무의 인수ㆍ변제(이하 이 조에서 “채무인수ㆍ변제”라 한다)는 같은 조 제1항 각 호 외의 부분에 따른 주주등(이하 이 조에서 “주주등”이라 한다)이 단독 또는 공동으로 하나의 계약에 의하여 일시에 인수ㆍ변제하는 것에 한정한다. (2009. 6. 19. 신설)

② 법 제39조 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 채무의 범위는 제4항에 따른 재무구조개선계획에 채무의 내용 및 주주등의 채무인수ㆍ변제 계획이 명시되어 있는 것으로서 제34조 제5항 각 호의 금액(이하 이 조에서 “금융기관채무”라 한다)으로 한다. (2009. 6. 19. 신설)

③ 법 제39조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 다음 산식에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “채무인수ㆍ변제액”이라 한다)을 말한다. (2009. 6. 19. 신설)

  [법 제39조 제2항 본문에 따른 양도등대상법인(이하 이 조에서 “양도등대상법인”이라 한다)의 직전 사업연도 종료일 현재의 「법인세법 시행령」 제18조 제1항에 따른 이월결손금(이하 이 조에서 “이월결손금”이라 한다). 이 경우 양도등대상법인이 「법인세법」 제18조 제8호에 따라 무상으로 받은 자산의 가액이나 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액(채무인수ㆍ변제를 받은 금액은 제외한다)으로 먼저 이월결손금을 보전하는 경우에는 이월결손금에서 그 보전액을 뺀 금액으로 한다] × (해당 주주등이 채무인수ㆍ변제를 한 금액/채무인수ㆍ변제에 참여한 모든 주주등이 채무인수ㆍ변제를 한 금액 합계)

④ 법 제39조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 재무구조개선계획”이란 제34조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 금융기관채무의 총액, 내용, 주주등의 채무인수ㆍ변제 계획, 기업 양도 또는 청산 계획을 명시한 것(이하 이 조에서 “재무구조개선계획”이라 한다)을 말한다. (2009. 6. 19. 신설)

⑤ 법 제39조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 자”란 제34조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. (2009. 6. 19. 신설)

⑥ 법 제39조 제1항 제1호에 따른 “지배주주ㆍ출자자 및 그 특수관계자”란 「법인세법 시행령」 제43조 제7항 및 제8항에 따른 지배주주 등 및 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 “지배주주등”이라 한다)를 말한다. (2009. 6. 19. 신설)

⑦ 법 제39조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 특수관계자”란 해당 내국법인 또는 지배주주등과의 관계가 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. (2009. 6. 19. 신설)

⑧ 법 제39조 제2항 본문에서 “대통령령으로 정하는 결손금을 초과하는 금액”이란 채무인수ㆍ변제를 받은 금액에서 이월결손금을 뺀 금액(이하 이 조에서 “채무감소액”이라 한다)을 말한다. 이 경우 양도등대상법인이 「법인세법」 제18조 제8호에 따라 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액(채무인수ㆍ변제를 받은 금액은 제외한다)으로 먼저 이월결손금을 보전하는 경우에는 이월결손금에서 그 보전액을 제외한 잔액을 뺀 금액을 말한다. (2009. 6. 19. 신설)

⑨ 법 제39조 제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 양도등대상법인이 익금에 산입하여야 할 금액은 다음 각 호의 방법으로 계산한 금액을 말한다. (2009. 6. 19. 신설)

1. 법 제39조 제3항 제1호에 해당하는 경우: 다음 산식에 따라 계산한 금액 (2009. 6. 19. 신설)

  채무감소액 × 부채비율에서 기준부채비율을 뺀 비율이 기준부채비율에서 차지하는 비율(이 비율이 1을 초과하는 경우에는 1로 본다)

2. 법 제39조 제3항 제2호에 해당하는 경우: 채무감소액 중 익금에 산입하지 아니한 금액 전액 (2009. 6. 19. 신설)

3. 법 제39조 제3항 제3호에 해당하는 경우: 채무감소액 전액 (2009. 6. 19. 신설)

⑩ 법 제39조 제3항 각 호 외의 부분 후단 중 법인세에 가산하여 납부하여야 할 주주등이 감면받은 법인세액은 다음 각 호의 방법에 따라 계산한다. (2009. 6. 19. 신설)

1. 법 제39조 제3항 제1호에 해당하는 경우: 다음 산식에 따라 계산한 금액 (2009. 6. 19. 신설)

 채무인수ㆍ변제액을 손금에 산입한 사업연도에 채무인수ㆍ변제액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세 차액 × 부채비율에서 기준부채비율을 뺀 비율이 기준부채비율에서 차지하는 비율(이 비율이 1을 초과하는 경우에는 1로 본다)

2. 법 제39조 제3항 제2호 본문 및 같은 항 제3호에 해당하는 경우: 채무인수ㆍ변제액을 손금에 산입한 사업연도에 채무인수ㆍ변제액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세 차액 (2009. 6. 19. 신설)

⑪ 법 제39조 제3항 각 호 외의 부분 후단 및 같은 항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액”이란 각각 다음 각 호의 금액을 합산한 금액을 말한다. (2009. 6. 19. 신설)

1. 채무인수ㆍ변제를 받은 날이 속하는 사업연도에 제9항에 따라 익금에 산입하여야 할 금액을 익금에 산입하지 아니함에 따라 발생한 법인세액의 차액에 가목에 따른 기간과 나목에 따른 율을 곱하여 계산한 금액 (2009. 6. 19. 신설)

가. 채무인수ㆍ변제를 받은 날이 속하는 사업연도의 종료일의 다음 날부터 제9항에 따라 익금에 산입하여야 할 금액을 익금에 산입하는 사업연도의 종료일까지의 기간 (2009. 6. 19. 신설)

나. 1일 1만분의 3 (2009. 6. 19. 신설)

2. 제10항에 따라 납부하여야 할 세액에 가목에 따른 기간과 나목에 따른 율을 곱하여 계산한 금액 (2009. 6. 19. 신설)

가. 채무인수ㆍ변제를 한 날이 속하는 사업연도의 종료일의 다음 날부터 제10항에 따라 납부하여야 할 세액을 납부하는 사업연도의 종료일까지의 기간 (2009. 6. 19. 신설)

나. 1일 1만분의 3 (2009. 6. 19. 신설)

⑫ 법 제39조 제3항 제1호를 적용할 때 채무인수ㆍ변제를 한 날부터 해당 사업연도 종료일까지의 기간을 1년으로 보아 3년의 기간을 계산한다. (2009. 6. 19. 신설)

⑬ 법 제39조 제3항 제1호에 따른 부채비율 및 기준부채비율의 산정에 관하여는 제34조 제15항 및 제16항을 준용한다. 이 경우 “채무상환액”을 “채무인수ㆍ변제를 받은 금액의 합계”로 본다. (2009. 6. 19. 신설)

⑭ 법 제39조 제3항 제2호 단서에서 “파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유”란 제34조 제17항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. (2009. 6. 19. 신설)

⑮ 법 제39조 제4항에 따른 법인의 양도ㆍ양수에 있어서 양도등대상법인의 자산부족액은 해당 주식양도계약에 자산의 실사에 대한 내용이 포함되어 있는 경우로서 주식양도일 현재의 자산부족액을 양도등대상법인이 「금융위원회의 설치 등에 관한 법률」 제19조에 따라 설립된 증권선물위원회에 요청하여 지명을 받은 회계법인으로부터 확인받아 수정하여 회계처리한 것에 한정한다. (2009. 6. 19. 신설)

(16) 법 제39조 제5항 단서에서 “대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자”란 채무인수ㆍ변제를 한 주주등과의 관계가 「상속세 및 증여세법 시행령」 제19조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. (2009. 6. 19. 신설)

(17) 재무구조개선계획승인권자는 양도등대상법인의 그 승인일이 속하는 사업연도(이하 이 조에서 “사업연도”라 한다) 종료일까지 재무구조개선계획의 내용을 기획재정부령으로 정하는 재무구조개선계획서에 따라 양도등대상법인의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 하며, 다음 각 호에 해당하는 사업연도의 과세표준 신고기한 종료일까지 기획재정부령으로 정하는 재무구조개선계획이행보고서를 양도등대상법인의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 양도등대상기업이 재무구조개선계획승인권자의 확인을 받아 재무구조개선계획서 또는 재무구조개선계획이행보고서를 납세지 관할세무서장에게 제출하는 경우에는 재무구조개선계획승인권자가 제출한 것으로 본다. (2009. 6. 19. 신설)

1. 채무인수ㆍ변제를 한 날이 속하는 사업연도 (2009. 6. 19. 신설)

2. 법 제39조 제1항 제1호에 따라 주식 등을 양도한 날 또는 같은 항 제2호에 따라 법인의 청산을 종결한 날이 속하는 사업연도 (2009. 6. 19. 신설)

3. 법 제39조 제1항 제1호에 따라 주식 등을 양도한 날이 속하는 사업연도의 다음 3년간 (2009. 6. 19. 신설)

(18) 법 제39조 제1항을 적용받으려는 주주등은 채무인수ㆍ변제를 한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 법인양도ㆍ양수계획서 또는 법인청산계획서, 채무인수ㆍ변제명세서 및 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2009. 6. 19. 신설)

(19) 법 제39조 제2항을 적용받으려는 법인은 채무인수ㆍ변제를 받은 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 법인양도ㆍ양수계획서 또는 법인청산계획서, 채무인수ㆍ변제명세서 및 분할익금산입조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2009. 6. 19. 신설)