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1. 질의내용 요약

○ 사실관계

조특법 제68조에서 농업회사법인의 농업소득에 대해서 법인세를 전액 면제(이하 100% 감면), 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 조특법 제6조 제1항(이하 50% 감면)을 준용하여 감면함

 - 대통령령이 정하는 소득은 ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령｣ 제19조에 위임되어 있으며 종자생산업을 농업회사법인의 부대사업으로 언급하고 있음

○ 질의내용

농작물 종자생산을 주업으로 영위하는 농업회사법인의 경우 감면 적용 방법

 갑) 종자생산업에서 발생한 소득은 조특법 제68조의 농업소득에 해당하므로 100% 감면 가능

 을) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제19조에 종자생산업을 부대사업으로 규정하였으므로 50% 감면 적용

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조특법 제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조제1항을 준용하여 감면한다.

② 대통령령으로 정하는 농업인이 2012년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우만 해당한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제한다. 이 경우 제66조제5항부터 제8항까지의 규정을 준용한다.

③ 대통령령으로 정하는 농업인이 2012년 12월 31일 이전에 농업회사법인에 「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호가목에 따른 농작물재배업ㆍ축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제2항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다.

④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2012년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대해서는 소득세를 면제하고, 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득은 「소득세법」 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.

○ 조특법 시행령 제65조【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】

① 법 제68조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득을 말한다. <개정 2008.2.22 부칙, 2008.6.20 부칙, 2009.10.8 부칙, 2009.11.26 부칙, 2010.2.18 부칙>

1. 「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제19조제1항에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득

3. 농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

②법 제68조제4항 후단에 따른 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득은 각 배당시마다 다음 산식에 의하여 계산한 금액으로 하고, 농업소득에서 발생한 배당소득은 배당소득 총액 중 농업소득 외의 소득(제1항의 소득에 한한다)에서 발생한 배당소득을 차감한 금액으로 한다.

농업회사법인으로부터 지급받은 배당소득 × 배당확정일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 농업소득 외의 소득금액(제1항의 소득에 한한다) / 배당확정일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 총소득금액

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제19조 제1항

① 농업회사법인은 부대사업으로 다음 각 호의 사업을 할 수 있다.

1. 영농에 필요한 자재의 생산 및 공급사업

2. 영농에 필요한 종자생산 및 종균배양사업

3. 농산물의 구매 및 비축사업

4. 농업기계나 그 밖의 장비의 임대ㆍ수리 및 보관사업

5. 소규모 관개시설(관개시설)의 수탁 및 관리사업

○ 조특법 시행령제65조【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】[2007.02.28]

 ①법 제68조제1항에서 "대통령령이 정하는 소득"이라 함은 「농업·농촌기본법 시행령」 제21조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득을 말한다.

○ 조세특례제한법 제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

① 「농업ㆍ농촌기본법」에 따른 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 「지방세법」 제197조의 규정에 따른 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. (2006. 12. 30. 개정)

○ 지방세법 제197조 【정 의】

이 절에서 “농업소득”이라 함은 「통계법」 제22조의 규정에 의하여 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류표상의 농업중 대통령령이 정하는 작물(이하 이 절에서 “작물”이라 한다)의 재배로 발생하는 소득을 말한다. (2007. 4. 27. 개정 ; 통계법 부칙)

○ 지방세법 시행령 제147조 【농업의 범위】

법 제197조에서 “대통령령이 정하는 작물”이라 함은 작물재배업의 분류에 속하는 작물(곡물 및 기타 식량작물 재배업으로 분류되는 작물의 경우에는 벼에 한한다)을 말한다.

○ 한국표준산업분류

작품재배업 : 노지 또는 특정 시설내에서 식량작물, 과실, 음료용 및 향신용 작물, 채소 및 화훼작물, 공예작물 등의 각종 농작물을 재배하여 생산하는 산업활동을 말한다. 여기에는 임업 이외의 수목재배활동 및 산림용 이외의 묘목·종자생산과 버섯재배, 콩나물 재배활동이나 야생딸기 및 견과 등과 같은 식용의 야생식물 및 식물성 물질을 채취하는 활동이 포함된다.( 채소, 화훼작물 및 종묘 재배업 코드- 0112 )

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 해당없음