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1. 질의내용 요약

○사실관계

조특법 제10조의 연구‧인력개발비에 대한 세액공제에는

 - 어떤 조항도 인정받은 기업부설연구소에서 발생한 금액만을 세액공제를 해 준다고 규정되어 있지 않음

질의자는 조특법 제10조의 연구‧인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어

 - 모법에 위임도 없이 제9조의 연구‧인력개발준비금의 손금산입에 대해서 위임된 규정인 조특법 시행규칙 제7조를 적용함

○ 질의요지

조특법 제10조의 연구‧인력개발비에 대한 세액공제를 인정받은 기업부설연구소로 축소해서 해석하는 것이 위법한 것인지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조특법 제9조 【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구ㆍ인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 때에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구ㆍ인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.

③ 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금이 있는 내국인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하면 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한 연구ㆍ인력개발준비금 전액을 익금에 산입한다.

1. 해당 사업을 폐지한 때

2. 법인이 해산한 때. 다만, 합병 또는 분할(분할합병을 포함한다)로 인하여 해산하는 경우로서 합병법인, 분할로 인하여 신설되는 법인 또는 분할합병의 상대방법인이 해당 연구ㆍ인력개발준비금을 승계한 때에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항 제2호 또는 제3항에 따라 연구ㆍ인력개발준비금을 익금에 산입하는 경우 해당 준비금 중 연구ㆍ인력개발에 사용하지 아니한 금액에 상당하는 준비금에 대하여는 해당 과세연도 과세표준신고 시에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

○ 조특법 시행령 제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】

① 법 제9조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

② 제1항의 연구개발활동에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동

5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

○ 조특법 시행령 [별표 6] <개정 2008.10.7>

○ 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 하며, 중소기업의 경우에는 100분의 25)을 곱하여 계산한 금액

○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】

① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다. (2008. 4. 29. 직제개정)

② 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목 ①에서 “기획재정부령이 정하는 자”라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다. (2008. 4. 29. 직제개정) ～

○ 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 【기업부설연구소의 신고 등】

① 영 제15조 제1항 제3호에서 “과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업”이라 함은 법 제7조 제1항 제1호ㆍ제5호 및 제7호의 규정에 의한 연구기관에 소속된 연구원이 퇴직한 후 3년 이내에 창업한 연구개발형 중소기업을 말한다. (2001. 7. 20. 개정)

② 영 제15조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호서식에 따른 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. (2006. 7. 5. 개정)

1. 연구사업개요서 1부 (2001. 7. 20. 개정)

2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부 (2001. 7. 20. 개정)

3. 연구시설명세서 1부 (2001. 7. 20. 개정)

4. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제13조 제2항에 따라 작성한 안전 및 유지관리비 내역서(연구원 총수가 10인 이상인 기업부설연구소에 한한다) 5. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제14조 제1항에 따라 가입한 보험의 가입증명서(연구원 총수가 10인 이상인 기업부설연구소에 한한다)

6. 중소기업자가 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류(중소기업자가 설립한 기업부설연구소에 한한다) (2006. 7. 5. 개정)

7. 벤처기업자가 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따른 확인서류를 말하며, 벤처기업자가 설립한 기업부설연구소에 한한다) (2006. 7. 5. 신설)

8. 제1항의 규정에 의한 연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소임을 입증하는 서류 1부(연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소에 한한다) (2006. 7. 5. 호번개정)

③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다.

(협회 - 한국산업기술진흥협회, 3460-9016)

④ 영 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 신고에 관하여 그 밖의 필요한 사항은 과학기술부장관이 따로 정하여 고시한다. (2001. 7. 20. 개정)

○ 조세특례제한법 제13조 【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다.

1.「중소기업창업 지원법」에 따른 중소기업창업투자회사(이하 "중소기업창업투자회사"라 한다)가 같은 법에 따른 창업자(이하 "창업자"라 한다) 또는 벤처기업에 2012년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2. 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)가 「기술신용보증기금법」에 따른 신기술사업자(이하 "신기술사업자"라 한다) 또는 벤처기업에 2012년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

3. 중소기업창업투자회사, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제4조의3제1항제3호에 따른 「상법」상 유한회사(이하 이 조에서 "벤처기업출자유한회사"라 한다) 또는 신기술사업금융업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 "창투조합등"이라 한다)을 통하여 창업자ㆍ신기술사업자 또는 벤처기업에 2012년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분