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1. 질의내용 요약

○ 사실관계

제조업을 영위하는 중소기업으로서 기술개발촉진법에 의해 인정받은 기업부설연구소를 운영하고 있으며

 - 연구개발만 전담하여 근무하는 인원중 1명이 당 법인의 임원이면서 총발행주식중 주식비율 10%를 초과하여 소유하고 있음

○ 질의내용

조특법 시행령 제13조는 2009.2.4 삭제되었고 이후 발생된 인건비에 대하여 연구‧인력개발비 세액공제 대상이 되는지 여부

시행령 제13조의 삭제로 2009.2.4-2009.4.6까지의 연구원이면서 주식비율 10% 초과하여 소유한 주주의 인건비에 대해서 연구‧인력개발비 세액공제 대상인지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】

② 영 제8조제1항에 따른 영 별표 6의 제1호가목①에서 "기획재정부령이 정하는 자"란 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다. <개정 2008.4.29 부칙, 2009.4.7 부칙>

1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

2. 당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」 제87조제1항에 따른 특수관계에 있는 자. 이 경우 「법인세법 시행령」 제87조제1항제6호를 적용함에 있어서 같은 호 중 "100분의 50"은 각각 "100분의 30"으로 보며, 「법인세법 시행령」 제87조제1항제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

○ 시행규칙 부칙 <제70호, 2009.4.7>

제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

제2조(사업용자산의 범위에 관한 적용례) 제3조제1항제1호 및 별표 1의 개정규정은 이 규칙 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.

제3조(연구 및 인력개발비의 범위에 관한 적용례) 제7조 제11항 제4호 및 제5호의 개정규정은 이 규칙 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】<개정 2008.4.29>

②영 제9조제2항에 따른 영 별표 6의 제1호가목①에서 "기획재정부령이 정하는 자"라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제13조 【주식매수선택권에 대한 과세특례】<2009.2.4 삭제 전>

⑧법 제15조제1항·제2항 및 제4항에 따른 종업원등에는 임원을 포함하되, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다. <개정 2000.12.29, 2003.12.30, 2005.2.19, 2007.2.28, 2008.2.22>

1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

2. 당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」 제87조제1항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자. 이 경우 「법인세법 시행령」 제87조제1항제6호의 규정을 적용함에 있어서 동호중 "100분의 50"은 각각 "100분의 30"으로 보며, 「법인세법 시행령」 제87조제1항제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

○ 시행령 부 칙 <제21307호,2009.2.4>

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조의9제6항의 개정규정은 2009년 4월 1일부터 시행하고, 제106조의9제1항 및 제7항의 개정규정은 2009년 7월 1일부터 시행하며, 제6조제5항제2호의 개정규정은 2010년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제9272호 조세특례제한법 일부개정법률(이하 "개정법률"이라 한다) 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

○ 법 부칙 <제9272호,2008.12.26>

제1조(시행일) 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다.

제3조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.