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1. 질의내용 요약

○ 사실관계

-경기 화성 중리에서 물류센터 및 공장을 운영하고 있으나, 동 물류센터 및 공장이 화성/동탄2택지개발사업 시행자인 한국토지주택공사 및 경기도시공사에 수용

-동 물류센터 및 공장은 택지개발사업인정고시일로부터 소급하여 5년 이상 운영하였으며, 화성시내 일반산업단지로 이전할 예정임

○ 질의내용

- 물류센터를 화성시내 산업단지로 이전하는 경우 공익사업을 위한 수용 등에 따른 물류시설 이전에 대한 과세특례 적용 여부

- 공익사업으로 수용되는 공장을 이전하는 경우 공익사업 수용 등에 따른 공장이전에 대한 과세특례 적용 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○조세특례제한법 제85조의9【공익사업을 위한 수용 등에 따른 물류시설 이전에 대한 과세특례】

①「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 공익사업지역에서 그 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이상 사용한 대통령령으로 정하는 물류시설(이하 이 조에서 "물류시설"이라 한다)을 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하기 위하여 그 물류시설의 대지 또는 건물을 그 공익사업의 사업시행자에게 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 구분에 따른 방법으로 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있다.

 1. 내국법인: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.

 2. 거주자: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세를 분할납부하는 방법. 이 경우 해당 세액은 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한 종료일 이후 3년이 되는 날부터 3년의 기간 동안 균분한 금액 이상을 납부하여야 한다.

② 제1항을 적용받은 내국인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 물류시설을 이전하지 아니하거나 그 물류시설의 양도일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 분할납부할 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입할 금액 또는 납부할 세액에 대해서는 제33조제3항 후단을 준용한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출이나 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특레제한법 시행령 제79조 의10【공익사업을 위한 수용 등에 따른 물류시설 이전에 대한 과세특례】

① 법 제85조의9제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 물류시설"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설로서 기획재정부령으로 정하는 것을 말한다.

 1. 제조업자가 생산한 제품(제품생산에 사용되는 부품을 포함한다)의 보관·조립 및 수선 등을 위한 시설

 2.「물류정책기본법」 제2조에 따른 물류사업을 하는 자가 보유한 물류시설

② 법 제85조의9제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 해당 공익사업 시행지역 밖의 지역으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 지역(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)을 말한다.

 1. 수도권과밀억제권역

 2. 부산광역시(기장군은 제외한다)·대구광역시(달성군은 제외한다)·광주광역시·대전광역시 및 울산광역시의 관할 구역. 다만, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지는 제외한다.

 3. 행정중심복합도시등

③ 법 제85조의9제1항제1호 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 제1호의 금액에 제2호의 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

 1. 해당 공익사업 시행지역에 소재하는 물류시설(이하 이 조에서 "기존물류시설"이라 한다)의 양도가액에서 장부가액과 직전 사업연도 종료일 현재 「법인세법」 제13조제1호에 따른 이월결손금의 합계액을 뺀 금액

 2. 기존물류시설의 양도가액 중 지방에 소재하는 물류시설(이하 이 조에서 "지방물류시설"이라 한다)의 취득(지방에서 물류시설을 준공하여 취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

④ 법 제85조의9제1항제2호 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세"란 제1호의 금액에 제2호의 비율을 곱하여 계산한 양도소득세를 말한다.

 1.「소득세법」 제95조제1항에 따른 양도차익

 2. 기존물류시설 양도가액 중 지방물류시설의 취득가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

⑤ 제3항 및 제4항을 적용할 때 기존물류시설의 양도일이 속하는 과세연도 종료일까지 지방물류시설을 취득하지 아니한 경우 지방물류시설의 취득가액은 이전(예정)명세서상의 예정가액으로 한다.

⑥ 법 제85조의9제1항이 적용되는 지방이전은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다.

 1. 지방물류시설을 취득하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존물류시설을 양도하는 경우

 2. 기존물류시설을 양도한 날부터 3년(공사의 허가 또는 인가의 지연 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 6년) 이내에 지방물류시설을 취득하여 사업을 개시하는 경우

⑦ 법 제85조의9제2항 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다.

 1. 법 제85조의9제1항제1호에 따라 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액 전액

 2. 법 제85조의9제1항제2호에 따라 분할납부를 적용받은 경우에는 분할납부할 세액 전액

⑧ 법 제85조의9제1항을 적용할 때 제5항에 따른 취득 예정가액에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 분할납부를 적용받은 경우에는 실제 취득가액을 기준으로 제3항 및 제4항에 따라 계산한 금액을 초과하여 적용받은 금액을 지방물류시설을 취득하여 사업을 개시한 날이 속하는 과세연도의 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대해서는 법 제33조제3항 후단을 준용한다.

⑨ 법 제85조의9제1항제1호를 적용받으려는 내국법인은 기존물류시설의 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 양도차익명세 및 분할익금산입조정명세서와 이전(예정)명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 법 제85조의9제1항제2호에 따라 분할납부를 적용받으려는 거주자는 기존물류시설의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 할 때 기획재정부령으로 정하는 분할납부신청서와 이전(예정)명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑪ 제5항을 적용받은 후 지방물류시설을 취득하여 사업을 개시하였을 때에는 그 사업개시일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 이전완료보고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제85조 의7 【공익사업을 위한 수용등에 따른 공장 이전에 대한 과세특례】

① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 공익사업지역에서 그 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일로 한다. 이하 이 조에서 같다)부터 소급하여 2년 이상 가동한 공장(공장을 사업인정고시일부터 소급하여 2년 미만 가동한 경우 양도일 현재 1년 이상 가동한 공장의 토지로서 사업인정고시일부터 소급하여 5년 이상 보유한 토지를 포함한다)을 공익사업 시행지역 밖의 지역(공익사업의 시행으로 조성한 공익사업 지역 안의 토지를 사업시행자로부터 직접 취득하여 해당 공장의 용지로 사용하는 경우에는 그 공익사업 시행지역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하기 위하여 그 공장의 대지와 건물을 그 공익사업의 사업시행자에게 2012년 12월 31일까지 양도(공장의 대지의 일부만 양도하는 경우를 포함한다)함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호에 해당하는 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있다.

 1. 내국법인: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.

 2. 거주자: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세를 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 납부하여야 할 양도소득세로 보지 아니하는 방법. 이 경우 해당 세액은 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한 종료일 이후 3년이 되는 날부터 3년의 기간 동안 균분한 금액 이상을 납부하여야 한다.

② 제1항을 적용받은 내국인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 이전하지 아니하거나 그 공장의 양도일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 분할납부할 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입할 금액 또는 납부할 세액에 대해서는 제33조제3항 후단을 준용한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출이나 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

○ 조세특레제한법 시행령 제79조의8【공익사업을 위한 수용등에 따른 공장이전에 대한 과세특례】

① 법 제85조의7제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 해당 공익사업 시행지역 외의 지역으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 지역(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)을 말한다.

 1. 수도권과밀억제권역

 2. 부산광역시(기장군은 제외한다)·대구광역시(달성군은 제외한다)·광주광역시·대전광역시 및 울산광역시의 관할 구역. 다만, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지는 제외한다.

 3. 행정중심복합도시등

② 법 제85조의7제1항제1호 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

 1. 해당 공익사업 시행지역에 소재하는 공장(이하 이 조에서 "기존공장"이라 한다)의 양도가액에서 장부가액과 직전 사업연도종료일 현재 「법인세법」 제13조제1호에 따른 이월결손금의 합계액을 뺀 금액

 2. 기존공장의 양도가액 중 지방에 소재하는 공장(이하 이 조에서 "지방공장"이라 한다)의 취득(지방에서 공장을 준공하여 취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

③ 법 제85조의7제1항제2호 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세"란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 양도소득세를 말한다.

 1. 「소득세법」 제95조제1항에 따른 양도차익

 2. 기존공장 양도가액 중 지방공장의 취득가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

④ 제2항 및 제3항을 적용할 때 기존공장의 양도일이 속하는 과세연도 종료일까지 지방공장을 취득하지 아니한 경우 지방공장의 취득가액은 이전(예정)명세서상의 예정가액으로 한다.

⑤ 법 제85조의7제1항이 적용되는 지방이전은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 기존공장 또는 지방공장의 대지가 기획재정부령으로 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 대해서는 법 제85조의7제1항을 적용하지 아니한다.

 1. 지방공장을 취득하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존 공장을 양도하는 경우

 2. 기존공장을 양도한 날부터 3년(공사의 허가 또는 인가의 지연 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 6년) 이내에 지방공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우

⑥ 법 제85조의7제2항 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다.

 1. 법 제85조의7제1항제1호에 따라 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액 전액

 2. 법 제85조의7제1항제2호에 따라 분할납부를 적용받은 경우에는 분할납부할 세액 전액

⑦ 법 제85조의7제1항을 적용할 때 제4항에 따른 취득 예정가액에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 분할납부를 적용받은 때에는 실제 취득가액을 기준으로 제2항 및 제3항에 따라 계산한 금액을 초과하여 적용받은 금액을 지방공장을 취득하여 사업을 개시한 날이 속하는 과세연도의 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대하여는 법 제33조제3항 후단을 준용한다.

⑧ 법 제85조의7제1항제1호를 적용받으려는 내국법인은 기존공장의 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 양도차익명세 및 분할익금산입조정명세서와 이전(예정)명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑨ 법 제85조의7제1항제2호에 따라 분할납부를 적용받으려는 거주자는 기존공장의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령으로 정하는 분할납부신청서와 이전(예정)명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 제4항을 적용받은 후 지방공장을 취득하여 사업을 개시한 때에는 그 사업개시일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 이전완료보고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑪ 법 제85조의7에서 "공장"이란 제54조제1항의 공장을 말한다.

○ 조세특레제한법 시행령 제54조【공장의 범위등】

① 법 제60조·법 제63조 및 법 제63조의2에서 "공장"이라 함은 제조장 또는 기획재정부령이 정하는 자동차정비공장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말한다.

② 법 제60조·법 제63조 및 법 제63조의2의 규정에 의한 공장이전에는 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전전의 공장에서 영위하던 업종과 이전후의 공장에서 영위하는 업종이 동일하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제22조【자동차정비공장의 범위】

영 제54조제1항에서 "기획재정부령이 정하는 자동차정비공장"이라 함은 「자동차관리법 시행규칙」 제131조의 규정에 의한 자동차종합정비업 또는 소형자동차정비업의 사업장을 말한다.

○ 수도권정비계획법 시행령 제9조【권역의 범위】

법 제6조에 따른 과밀억제권역, 성장관리권역 및 자연보전권역의 범위는 별표 1과 같다.

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 법인-3036, 2008.10.23

「조세특례제한법」제85조의 7 규정을 적용함에 있어서, 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일) 현재 임대하는 공장의 대지와 건물을 사업시행자에게 양도하는 경우에는 상기 규정이 적용되지 않는 것임.

○ 법인-1883, 2008.08.07

귀 질의의 경우, 「조세특례제한법」 제85조의 7 제1항 규정의 “2년 이상 가동한 공장” 여부를 판단함에 있어, 공장을 운영하던 개인사업자가 동법 제32조의 규정에 의하여 법인으로 전환한 후 가동중인 당해 공장시설을 동법 시행령 제79조의 8 제1항에서 규정하는 지방으로 이전하는 경우에는 당해 개인사업자가 조업한 기간을 합산하여 2년 이상 가동한 공장 여부를 판단하는 것임.

○ 법인-2606, 2008.09.25

「조세특례제한법」 제85조의 7에서 “공장”이란 동법 시행령 제54조 제1항에서 규정하는 공장을 말하는 것으로, 물품의 제조 및 가공과 직접적으로 관련이 없는 도매 및 소매업, 운송업 등에 사용되는 창고시설은 포함되지 않는 것임.

○ 법인-567, 2009.05.12

대표이사 소유의 토지위에 공장건물을 보유하고 있는 내국법인이 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 공익사업지역 안에서 그 사업인정고시일 부터 소급하여 2년 이상 가동한 당해 공장 및 토지를 공익사업 사업시행자에게 2009.12.31.까지 양도하고, 「조세특례제한법 시행령」 제79조의 8 제1항에서 정한 지역으로 이전하여 당해 사업을 정상적으로 영위하는 경우, 동 내국법인은 공장건물 양도에 따라 발생하는 양도차익에 대하여 「조세특례제한법」 제85조의 7에 의한 과세특례를 적용받을 수 있는 것임.