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1. 질의내용 요약
○ 사실관계
미국에 본사를 둔 외국법인 甲은 내국법인인 乙과 丙에 각각 100% 투자함
- 乙 법인은 전자통신제품을 도소매하는 법인이며
- 丙 법인은 연구개발전담부서 및 공장시설을 갖추고 乙 법인이 도소매하는 전자통신제품의 연구개발 및 제조활동을 하고 있음
갑 법인은 2005년 1분기에 乙 법인이 병 법인을 흡수 합병함
- 乙과 丙은 합병등기일 현재 1년이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인이며, 합병대가는 100% 주식으로 이뤄짐
합병전 丙 법인은 연구개발전담부서에서 지출한 연구인력개발비에 대한 세액공제를 받아왔으며
- 결손금 발생으로 이월된 연구인력개발비가 남아 있음
합병후 2005년 4분기에 乙 법인은 합병전 丙 법인이 소유하고 있던 공장시설을 해외 이전 매각하였음. 그러나 乙 법인은 연구개발 전담부서를 그대로 유지 발전시키고 있음
乙 법인은 합병후 현재 甲 법인의 제품을 수입하여 판매함
- 乙 법인의 연구개발전담부서는 乙 법인이 국내에서 판매하기 위한 제품과 甲 법인이 해외시장에 판매하기 위한 제품개발을 함
- 乙 법인의 연구개발 성과물은 모법인인 甲 법인이 소유권을 가지며 乙 법인은 지출한 연구개발비에 대한 가산금을 더해 甲 법인으로부터 수령함. 청구하는 대가는 시장제품 생산에 실패한 연구개발비용도 포함하고 있음
- 합병전 丙 법인은 연구개발 성과물로 제품을 생산하여 수익창출하였으며, 타 법인에게 연구용역을 제공하여 수익창출하지는 않음
○ 질의내용
피합병 법인인 丙 법인의 연구개발사업관련 이월공제받을 세액을 합병법인인 乙 법인이 이월공제받을 수 있는 지 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 조세특례제한법 제144조【세액공제액의 이월공제】
① 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다.
○ 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】
① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지등양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다. <개정 2001.12.31 부칙, 2003.12.30 부칙>
1.각 사업년도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)
2.이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제
3.이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업년도중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.
4. 제58조의3의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 당해 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.
② 제1항제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지등양도소득에 대한 법인세액을 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다. <개정 2001.12.31 부칙>
③ 제1항 각호의 감면 및 세액공제를 적용받던 피합병법인ㆍ분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(이하 "피합병법인등"이라 한다)이 합병 또는 분할하는 경우의 적용방법등 제1항 및 제2항의 규정에 의한 감면 및 세액공제액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2009.12.31 부칙>
○ 법인세법 시행령 제96조 【감면 및 세액공제액의 계산】
① 법 제59조 제2항의 규정에 의하여 감면 또는 면제세액을 계산함에 있어서 각 사업연도의 과세표준계산시 공제한 이월결손금ㆍ비과세소득 또는 소득공제액(이하 이 항에서 "공제액등"이라 한다)이 있는 경우 감면 또는 면제되는 소득은 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다.
1. 공제액등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 경우에는 공제액 전액
2. 공제액등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 것인지의 여부가 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액
② 법 제59조제1항 각호의 규정에 의한 감면 또는 세액공제를 적용받던 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우에는 다음 각호에 의하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다.
1. 법 제59조 제1항 제1호의 규정에 의한 감면(일정기간에 걸쳐 감면되는 것에 한한다)의 경우에는 합병법인 등이 승계받은 사업에서 발생한 소득에 대하여 합병 또는 분할당시의 잔존감면기간내에 종료하는 각 사업연도분까지 그 감면을 적용
2. 법 제59조 제1항 제3호의 규정에 의한 세액공제(외국납부세액공제를 포함한다)로서 이월된 미공제액의 경우에는 합병의 경우에 한하여 합병법인이 승계받은 자산 등에 대한 미공제액의 범위안에서 이월공제잔여기간내에 종료하는 각 사업연도분까지 이를 공제
③ 제2항 각호의 규정은 법 제44조제1항 각호 또는 법 제46조제1항 각호 및 법 제47조제1항의 요건을 갖춘 경우에 한하여 이를 적용하며, 법 제44조제2항ㆍ법 제46조제2항 및 법 제47조제2항 전단에 해당하는 경우에는 당해 사유가 발생한 사업연도부터 이를 적용하지 아니한다. <개정 2001.12.31 부칙>
④ 제2항 각호의 규정을 적용함에 있어서 법 또는 다른 법률에 당해 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 합병법인등이 그 요건 등을 갖춘 경우에 한하여 이를 적용한다.
○ 법인세법 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】
① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.
1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액
2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산장부가액"이라 한다)
② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.
1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것
2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것
3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것
○ 조특법 기본통칙 10-0…2 【 수탁개발비 세액공제 여부 】
내국인이 타인으로부터 수탁받은 연구개발용역 수행을 위해 자신의 연구개발전담부서에서 근무하는 자의 인건비 등으로 지출하는 비용은 법 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없다.(2005.07.07 신설)
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 서면2팀-2215, 2005.12.29
【제목】
연구 및 인력개발비에 대한 세액공제의 이월공제세액이 있는 내국법인이 합병되는 경우 피합병법인의 세액공제 요건이 합병법인에 그대로 승계된 때에 한하여 합병법인이 승계할 수 있음
【질의】
합병법인이 승계받은 사업과 관련하여 피합병법인에서 발생한 연구인력개발비에 대한 세액공제로서 미공제세액이 있는 경우 이월공제 잔여기간 내에 종료하는 각사업연도분 까지 이를 공제 받을 수 있는지 여부
【회신】
조세특례제한법 제144조 제1항의 규정에 열거된 세액공제의 이월공제세액이 있는 내국법인이 다른 내국법인에 합병되는 경우, 피합병법인의 세액공제요건이 합병법인에 그대로 승계된 때에 한하여 법인세법 시행령 제96조 제2항 규정에 따라 합병법인이 이월된 미공제액의 범위 안에서 이월공제잔여기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 이를 공제 받을 수 있는 것으로 조세특례제한법 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 같은법 제144조 제1항에 열거된 세액공제에 해당하는 것임.
내국법인이 타인으로부터 수탁 받은 연구개발용역을 수행하는 과정에서 당해법인의 전담부서에서 발생한 인건비 등은 「조세특례제한법」 제10조에 의한 연구 인력개발비 세액공제대상 비용에 해당하지 않는 것이며, 같은 법 시행령 제9조 제4항에 의한 직전 4년간 연평균발생액 계산 시에도 동 비용을 포함하지 않는 것입니다