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1. 질의내용 요약

가. 사실관계

- 질의법인은 인터넷서비스를 제공하는 회사로 2008.5월 본사를 충남 천안시로 이전하고 ｢조세특례제한법｣ 제63조의2에 의한 세액감면을 적용받고 있음

- 당사 근무직원은 전체 5명으로 2009.12월 당초 지방으로 이전하여 근무하던 5명의 직원 중 2명이 재택근무를 신청함

- 재택근무를 신청한 2인은 웹디자이너 등으로 당사의 업무만 수행하고 이를 위해 정기적으로 회사에 출근할 필요가 없어 재택근무로 본사 업무를 수행할 예정임

나. 질의요지

- 재택근무를 허용할 경우 ｢조세특례제한법｣ 제62조의2에 의한 세액감면을 받기 위해 급여비율과 인원비율을 어떻게 계산하는지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○조세특례제한법 제63조 의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면 <개정 2007.12.31>】

① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "수도권외 지역이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면 받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령으로 정하는 부동산업 및 건설업을 영위하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2000.12.29 부칙, 2001.12.29 부칙, 2002.12.11 부칙, 2003.12.30 부칙, 2005.12.31 부칙, 2006.12.30 부칙, 2007.12.31 부칙, 2008.12.26 부칙>

1. 수도권 과밀억제권역안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2011년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 수도권 밖에 2014년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2011년 12월 31일까지 보유하고 2011년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 이전계획서를 제출하는 경우에만 해당한다)

② 수도권외 지역이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2000.12.29 부칙, 2001.12.29 부칙, 2002.12.11 부칙, 2003.12.30 부칙, 2004.12.31 부칙, 2005.12.31 부칙, 2007.12.31 부칙, 2008.12.26 부칙>

1. 공장을 이전한 경우에는 당해 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

가. 당해 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익을 차감한 금액

나. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액이 법인 전체인원이 받는 연간급여총액에서 차지하는 비율

다. 해당 과세연도의 이전본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 당해 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

③ 제2항 제2호를 적용할 때 이전본사 근무인원이라 함은 수도권 외의 지역으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다)에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 월수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원을 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사업무에 종사하던 상시근무인원의 연평균인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인전체 근무인원이란 법인 전체의 상시근무인원의 연평균인원을 말한다. <개정 2005.12.31 부칙, 2008.12.26 부칙>

④ 제2항 제2호를 적용할 때 법인세감면기간 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세연도부터 제2항에 따라 법인세를 감면받을 수 없다. <개정 2004.12.31 부칙, 2008.12.26 부칙>

1. 삭제 <2008.12.26 부칙>

2. 대통령령으로 정하는 임원(이하 이 조에서 "임원"이라 한다)중 이전본사근무 임원수가 수도권안의 본사근무 임원과 이전본사근무 임원의 합계인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우

⑤ 수도권외 지역이전법인이 수도권 과밀억제권역안의 공장 또는 본사를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 법인세에 관하여는 제60조제2항ㆍ제4항ㆍ제6항 또는 제61조제3항ㆍ제5항ㆍ제6항의 규정을 준용한다. <개정 2002.12.11 부칙>

<이하생략>

○ 조세특례제한법 제60조 의2【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

(중략)

② 법 제63조의2제1항제1호의 규정을 적용함에 있어서 기간계산은 다음 각 호의 어느 하나에 의한다. <개정 2002.12.30 부칙, 2003.12.30 부칙, 2005.2.19 부칙, 2006.2.9 부칙, 2007.2.28 부칙, 2007.11.30 부칙>

1. 공장을 이전하는 경우에는 공장시설을 법 제2조제1항제9호의 규정에 따른 수도권(이하 "수도권"이라 한다)외의 지역으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에서 조업(「대기환경보전법」, 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 또는 「소음ㆍ진동규제법」에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선ㆍ이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있을 것

2. 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 이전하는 경우에는 본사의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것

③ 삭제 <2002.12.30 부칙>

④ 법 제63조의2제1항제2호의 규정에 의하여 공장시설의 전부 또는 본사를 이전하는 법인은 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 갖추어야 한다. 이 경우 법 제63조의2제5항의 규정을 적용함에 있어서는 수도권 과밀억제권역안의 공장 또는 본사를 양도하는 경우에 한한다. <개정 2000.12.29 부칙, 2001.12.31 부칙, 2002.12.30 부칙, 2003.12.30 부칙, 2006.2.9 부칙, 2009.2.4 부칙>

1. 수도권외의 지역으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도하거나 수도권과밀억제권역안에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태일 것

2. 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지 또는 건물을 임차하여 자기공장시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다)부터 2011년 12월 31일까지 수도권외의 지역에서 사업을 개시하거나 공장을 신축하여 이전하는 경우에는 2011년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2014년 12월 31일까지 사업을 개시할 것

3. 수도권외의 지역으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도(제11항이 정하는 기준 미만의 사무소로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로 전환할 것

4. 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도로 전환한 날부터 2011년 12월 31일까지 수도권외의 지역에서 사업을 개시하거나 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 2011년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2014년 12월 31일까지 사업을 개시할 것

⑤ 삭제 <2003.12.30 부칙>

⑥ 삭제 <2003.12.30 부칙>

⑦ 법 제63조의2제2항제2호의 규정을 적용함에 있어서 급여는 「소득세법」 제20조제1항제1호 가목 및 라목의 규정에 의한 급여와 소득을 말한다. <개정 2003.12.30 부칙, 2005.2.19 부칙>

⑧ 법 제63조의2제4항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임원"이란 「법인세법 시행령」 제20조제1항제4호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 다만, 상시 근무하지 아니하는 임원을 제외한다. <신설 2005.2.19 부칙, 2009.2.4 부칙, 2009.6.19 부칙>

⑨ 법 제63조의2제7항제2호에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권외의 지역으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 때"라 함은 제4항 각호의 요건을 갖추지 아니한 때를 말한다. <개정 2000.12.29 부칙, 2001.12.31 부칙, 2002.12.30 부칙>

⑩ 삭제 <2001.12.31 부칙>

⑪ 법 제63조의2제7항제5호에서 "대통령령이 정하는 기준 이상"이라 함은 수도권안의 사무소에서 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원이 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원의 100분의 50 이상인 경우를 말한다. <개정 2003.12.30 부칙>

<이하생략>

○ 조세특례제한법 기본통칙 63의2-0…2 【 본사 근무인원의 범위 】

법 제63조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 규칙 제2조 제2항의 규정에 의한 일용근로자 및 기업부설연구소의 연구전담요원과 증권거래법에 의해 선임된 사외이사는 본사근무인원에 포함하지 아니한다. (2005.07.07 신설)

나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 재조예46019-231,2002.12.24

수도권 과밀억제권역안에 본사을 두고 5년 이상 계속 사업을 영위한 법인이 본사의 일부 사업부분을 분할하여 수도권 과밀억제권역안에 자회사를 설립하거나 아웃소싱 형태로 조직을 변경하면서 조직변경전 본사근무인원 중 일부를 자회사 또는 아웃소싱회사에 잔류시켜 실질적인 본사업무를 수행하도록 하고 나머지 사업부분의 본사는 수도권생활지역외 지역으로 이전하는 경우 조세특례제한법 제63조의 2의 규정에 의한 법인의 본사이전에 해당하여 임시특별세액감면을 적용받을 수 있으나, 감면세액 계산시 자회사 또는 아웃소싱회사에 잔류하는 인원은 수도권생활지역안의 본사근무인원으로 보아 감면세액을 계산하는 것임

○서이46012-11859, 2002.10.10

조세특례제한법 제63조의 2의 규정에 의한 본사 이전 시 ‘이전본사 근무인원’은 각 종사직원의 실근무지를 기준으로 판단하는 것임

○제도46012-12188, 2001.07.18

조세특례제한법 제63조의 2 제1항 각호의 요건을 갖춘 법인이 본사를 수도권생활지역 외의 지역으로 이전하였으나, 본사의 이전 전 본사업무에 종사하던 인원이 수도권생활지역 외의 지역으로 주소지를 이전하지 아니하고 수도권생활지역 내에서 재택근무하면서 본사업무를 수행하는 경우에는 같은조 제2항 제2호 나목 및 다목 규정의 ‘이전본사근무인원’에 해당하지 아니하는 것임

○제도46012-12188, 2001.07.18

조세특례제한법 제63조의 2 제3항을 적용함에 있어' 수도권안의 본사 근무인원' 이라 함은 본사의 이전후 수도권안에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원을 말하는 것으로 수도권 외의 지역 본사에 근무하면서 수도권 안의 다른 관계회사에도 임원으로 출근하여 실질적으로 이전 본사업무를 수행하는 경우 수도권 외의 지역 본사에 근무인원에 해당하는지 여부는 실질적인 업무 수행장소, 수행하는 업무의 내용, 겸임의 경우 겸임내용, 겸임장소 등을 종합적으로 고려하여 사실 판단할 사항임

○제도46012-12188, 2001.07.18

조세특례제한법 제63조의 2(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것)를 적용함에 있어서 해외에 상시 주재하면서 해외 자회사를 위해 근로를 제공하는 해외파견근무자는 “이전본사 근무인원”에는 포함되지 아니하는 것이나 “법인전체 근무인원”에는 포함되는 것임

○법인세과-2233, 2008.09.01

조세특례제한법 제63의2의 감면규정 적용시 상시 근무하지 아니하는 임원은 ‘이전본사 근무인원’과 ‘수도권 안의 본사근무인원’에 모두 포함되지 아니하는 것이나, 상시 근무 여부는 당해 법인의 상무에 계속적으로 종사하는지 여부에 따라 사실판단할 사항임

○서면2팀-367, 2004.03.04

특정 이사가 당해 법인의 상무에 계속적으로 종사하는지 여부 및 수도권외 이전본사에서 업무를 수행하는지 여부 등은 업무수행장소, 수행하는 업무의 내용, 주소지, 수도권안 본사 존재여부, 겸임의 경우 겸임내용, 겸임장소 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항임