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1. 질의내용 요약

○ 사실관계

당사는 연기군에서 축산업(양계)을 영위하다가 2006.1.10 행정중심복합도시 건설사업에 의거 부동산이 수용되었고 보상금액을 수령함

청구법인은 수용이후 논산에서 어렵게 터전을 마련하여 새롭게 축산업을 영위하고 있음

수용에 따라 부동산 처분이익을 익금으로 계상하고 이를 농업회사의 농업소득외의 소득으로 구분하여 50%의 세액을 감면받았음

 - 당사는 연기군에서 다년간 양계업을 영위하고 있었고, 공공사업으로 수용되어 논산으로 이전하였음. 이와같은 경우 수용에 따른 보상금액은 축산업을 영위하는 계속기업의 입장에서는 농업회사의 농업관련 부대사업의 일환으로 보아야 할 것으로 판단됨

○ 질의내용

양계장 부지를 양도(수용)하고 발생한 이익에 대하여 농업외 소득으로 보아 조특법 제68조에 따라 50% 감면 가능한지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】

 ① ｢농업･농촌기본법｣에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일이전에 종료하는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득 중 대통령령이 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조제1항의 규정을 준용하여 감면한다. (2006. 12. 30. 개정)

  ②～⑤ (생략)

○ 조세특례제한법 제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제등】[2004.12.31 개정]

 ①농업·농촌기본법에 의한 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대하여는 2006년 12월 31일이전에 종료하는 과세년도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득외의 소득에 대한 법인세를 제6조제1항의 규정을 준용하여 감면한다. <개정 2000.12.29, 2002.12.11, 2003.12.30>

○ 조세특례제한법 시행령 제65조【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】

 ① 법 제66조제1항에서 “대통령령이 정하는 소득”이라 함은 ｢농업･농촌기본법 시행령｣ 제21조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 “농업회사법인”이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득을 말한다.(2007. 2. 28. 신설)

 ① 법 제68조제1항에서 "대통령령이 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득을 말한다. (2008.6.20. 개정 - 현행규정)

 1. ｢농업·농촌 및 식품산업 기본법 시행령｣ 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

 2. ｢농업·농촌 및 식품산업 기본법 시행령｣ 제30조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득

 3. 농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

○ 조세특례제한법 기본통칙 6-0…2【감면대상소득의 범위】

 법 제6조 제1항 및 제2항·제7조 제1항·제63조 제1항·제64조 제1항·제66조 제1항·제67조 제1항·제68조 제1항의 규정에 의한 감면대상 소득계산시 이자수익ㆍ유가증권처분이익ㆍ유가증권처분손실 등은 포함하지 아니한다.(2005.07.07 개정)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 법규과-4880, 2008.11.20.

｢농업･농촌기본법｣에 따른 영농조합법인이 영위하는 주유소에서 발생한 소득은 ｢조세특례제한법｣ 제66조제1항의 “농업소득 외 소득”에 해당하지 아니하는 것임

○ 법규과-216, 2009.9.30.

[회신]

  조특법 제66조 및 같은 법 제68조를 적용함에 있어 법인세가 면제되거나 감면되는 ‘농업소득외의 소득’에 대해서는 기획재정부의 질의회신(기재부 법인세제과-218, 2006.3.17)을 참조하시기 바랍니다.

[사실관계] - 질의내용과 사실관계가 같음

○농업회사법인인 (유) "A법인”은 충남 연기의 00 필지(이하 “쟁점토지”라 함)에서 ´05.1.20.부터 양계업을 영위하던 중

  - 행정복합도시지구 개발사업에 따라 ´06.1.10. 쟁점토지 및 축사건물 등이 한국토지공사에 수용되고 00백만원의 양도대금을 수령하였으며,

  - 동 양도대금으로 현 사업장인 충남 논산 소재 양계장 토지 취득 및 축사 건축대금 등으로 사용

 ○2006년사업연도 법인세신고 시에 쟁점토지에 대한 양도차익 00백만원을 유형자산처분이익으로 계상하고

  - 양도차익을 포함한 과세표준 00백만원을 조특법 §68에 따른 “농업소득외 소득”으로 보아 법인세 00백만원(산출세액의 50%)에 대하여 감면을 신청하였음

○ 재법인-218, 2006.03.17.

｢농업․농촌기본법｣에 의하여 설립된 농업회사법인의 농지 분양 및 농지 분양 대행 수수료의 수입, 찜질방 이용료 수입은 ｢조세특례제한법｣ 제68조의 규정에 의하여 감면되는 “농업소득 외의 소득”에 해당되지 아니하는 것이며, 이에 관한 농림부 검토의견(경영인력과-665, 2006.3.8)을 참고하기 바람

  * 농림부 경영인력과-665, 2006.3.8.

농업회사법인의 부대사업으로 수행이 가능한 사업은 ①농업회사 법인의 부대사업으로 열거하고 있는 사업과 ②농업을 경영하거나 농산물의 유통․가공․판매 등 법인설립의 목적과 부합되는 사업이라면 열거되지 않은 사업도 가능한 것이므로 농업회사법인의 설립목적과 상이한 농지 분양․매출 및 농지분양대행 사업, 찜질방 사업 등은 부대사업으로 수행할 수 없음

* 농림수산식품부 경영인력과-2255, 2008.9.11.

  주유소 도․소매업은「농업․농촌 및 식품산업기본법 시행령」제22조에서 규정하는 영농조합법인의 사업의 범위에 명시되어 있지 않고, 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하․가공․수출 등을 통하여 조합원(농업인)의 소득증대를 도모한다는 영농조합법인의 설립목적에 부합하는 사업으로 볼 수도 없으므로「농업․농촌 및 식품산업기본법 및 동법 시행령」상의 영농조합법인의 사업의 범위에 포함되지 않는 것임