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1. 질의내용 요약

○ 사실관계

-당사는 2009.4.1 인적분할에 의해 설립된 신설 상장내국법인(중소기업 아님)으로 법인세법 제46조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 특례분할을 하였음

- 조특법 제10조 제1항 제2호 단서조항(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)은 중소기업이 아닌 상장 내국법인이 수입금액 대비 R&D지출 금액이 직전연도 이상인 경우 동조 동항 동호 가목과 나목의 금액을 합한 금액(“증가분 방식”)과 다목(“당기분 방식”)에 해당하는 금액 중 회사가 선택하도록 하고 있음

○ 질의내용

- 동 규정과 관련하여 당년도 인적분할에 의해 설립된 분할신설법인인 당 법인이 최초 개시사업연도에 직전연도가 존재하지 않으므로 당기분 방식에 의한 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 지 여부

 갑)인적분할은 기존 승계받은 사업을 계속하여 영위하는 것이므로 분할법인으로부터 승계받은 사업부문에 해당하는 직전수입금액과 R&D비용 지출금액을 가지고 수입금액 대비 비교 가능함

 을)신설법인은 조특법 제10조 제1항 제2호 단서조항을 적용함에 있어 직전연도가 존재하지 않으므로 당기분 방식에 의한 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없음

- 인적분할에 의해 설립된 분할신설법인이 최초 개시 사업연도에 조특법 제10조 제1항 제2호 단서 조항에 따라 당기분 방식에 의한 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있다면(질의1 갑설) 최초개시 사업연도가 1년 미만인 경우 수입금액 대비 R&D지출 비율이 직전연도 이상인지 여부 판단시 계산방법 및 당해연도 R&D지출 금액이 직전연도 금액 이상인지 여부 판단시 계산방법은

  예)

   ※ 자산비율이 매출액비율보다 작다고 가정함

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정)

나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구ㆍ인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다. (2008. 12. 26. 단서개정)

가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 “중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비”라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정)

나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정)

다. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액 (2007. 12. 31. 신설)

 100분의 3의 비율 ＋ 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2006. 12. 30. 개정)

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)

○ 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

①법 제10조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 소비성서비스업"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 말한다. <신설 2007.2.28 부칙, 2008.2.29 부칙, 2009.8.6 부칙>

1. 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업을 제외한다)

2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」 제21조에 따른 단란주점 영업에 한하며, 「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업을 제외한다)

3. 그 밖에 오락·유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업

② 삭제 <2009.2.4 부칙>

③법 제10조제1항제2호가목에서 "대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비"라 함은 별표 6 제1호나목 및 제2호가목에 따른 연구개발비로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 대학 등에 기술개발·교육훈련 및 연구개발지원을 위탁함에 따른 비용을 말한다. <신설 2007.2.28 부칙, 2008.2.22 부칙>

1. 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학

2. 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)

3. 국내외 중소기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서

4. 「국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법」에 따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업(제2조제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업에 한한다)

5. 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합

6. 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단

7. 한국표준산업분류표상 기술시험·검사 및 분석업을 영위하는 중소기업

④법 제10조제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다.

｛(당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액/4)×(당해 과세연도의 월수/12)｝

⑤제4항의 산식중 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 계산함에 있어서 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령이 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령이 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 연구 및 인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 때에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 연구 및 인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 연구 및 인력개발비로 본다. <신설 2000.1.10 부칙, 2000.12.29 부칙, 2007.2.28 부칙, 2008.2.29 부칙>

⑥제4항의 산식을 적용함에 있어서 월수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도개시일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 1월로 하고, 과세연도종료일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 산입하지 아니한다. <개정 2007.2.28 부칙>

⑦법 제10조제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액공제신청서 및 연구및인력개발비명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2000.12.29 부칙, 2003.12.30 부칙, 2007.2.28 부칙, 2008.2.29 부칙>

○ 조세특례제한법 기본통칙 10-9…2 【 연구·인력개발비의 연평균발생액 계산 】

 법령의 개정으로 최초로 세액공제대상이 되거나 제외되는 비용이 있는 경우 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구및인력개발비의 합계액은 당해 과세연도와 동일한 기준에 상응하는 연구및인력개발비를 포함하여 계산한다.(2002.04.15 신설)

○ 조세특례제한법 기본통칙 10-9…3 【 분할 등이 속하는 사업연도에 발생한 연구 및 인력개발비 계산 】

 법 제10조 제1항 각호의 규정에 의한 "당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비"를 계산함에 있어서 내국법인이 분할·분할합병·사업양도 또는 현물출자(이하 "분할 등" 이라 함)를 한 후 존속하는 경우 분할·분할합병·사업양도 또는 현물출자일(이하 "분할일 등"이라 함)이 속하는 사업연도 개시일부터 분할일 등의 전일까지 분할 등을 하기전 분할법인·사업양도법인 또는 현물출자법인으로부터 발생한 연구 및 인력개발비는 분할 등을 한 후 분할법인·사업양도법인 또는 현물출자법인에서 발생한 것으로 본다.(2005.07.07 신설)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-199, 2004.02.12

 [ 요 지 ]

 분할을 하기 전의 각 사업연도별로 발생한 연구 및 인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 분할신설법인에서 발생한 연구 및 인력개발비로 보는 것임.

 [ 회 신 ]

 귀 질의의 경우 사업양수법인이 조세특례제한법 제10조 및 같은법시행령 제9조 제4항 규정의 적용과 관련하여 기존 질의회신사례 우리센터 서이46012- 11285(2002.06.28.)를 참고하시기 바랍니다.

○ 서이46012-11285, 2002.06.28

 내국법인이 조세특례제한법 제10조를 적용함에 있어서 분할법인이 운영하던 사업의 일부를 승계한 때에는 분할을 하기 전의 각 사업연도별로 발생한 연구 및 인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 분할신설법인에서 발생한 연구 및 인력개발비로 보는 것임.

 (※ 당초 회신문구는 : “분할법인으로부터 승계하는” ⇒ 분할존속법인과 분할신설법인의 경우 DB등재한 문구보다 당초 회신한 문구가 해석상 적절함)