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1. 질의내용 요약

가. 사실관계

- 건설업을 영위하는 합병법인 A는 2001.3.26. 본사를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 ｢조세특례제한법｣ 제63조의2에 의한 세액감면을 적용받고 있음

- 이후 합병법인 A는 2009년도 중에 1990년부터 수도권과밀억제권역 내에서 건설업을 주업으로 하는 B법인(이하 “피합병법인”이라 한다)을 흡수합병하고, 소속 직원들을 승계하여 수도권과밀억제권역 밖에 있는 합병법인 A법인에서 근무하고 있음

나. 질의요지

- 합병법인 A가 합병 후에 ｢조세특례제한법｣ 제63조의2 규정에 의한 감면세액을 계산함에 있어서 피합병법인 B의 사업부문에서 발생한 소득금액에 대해 세액감면이 가능한지 여부 및 구분경리를 하여야 하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제63조 의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령으로 정하는 부동산업 및 건설업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2010.1.1 부칙>

1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2011년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2014년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2011년 12월 31일까지 보유하고 2011년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2010.1.1 부칙>

1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익을 뺀 금액

나. 해당 과세연도의 이전(이전) 본사 근무 인원이 이전 후에 받는 급여 총액이 법인 전체 인원이 받는 연간 급여 총액에서 차지하는 비율

다. 해당 과세연도의 이전 본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

③ 제2항 제2호를 적용할 때 이전 본사 근무인원이란 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다)에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원은 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인전체 근무인원이란 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다. <개정 2010.1.1 부칙>

④ 제2항 제2호를 적용할 때 법인세 감면기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 해당 과세연도부터 제2항에 따라 법인세를 감면받을 수 없다. <개정 2004.12.31 부칙, 2008.12.26 부칙, 2010.1.1 부칙>

1. 삭제 <2008.12.26 부칙>

2. 대통령령으로 정하는 임원(이하 이 조에서 "임원"이라 한다) 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권의 본사 근무 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우

⑤ 지방이전법인이 수도권과밀억제권역에 있는 공장 또는 본사를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 법인세에 관하여는 제60조제2항ㆍ제4항ㆍ제6항 또는 제61조제3항ㆍ제5항ㆍ제6항을 준용한다. <개정 2010.1.1 부칙>

⑥ 지방이전법인(공장을 이전한 경우만 해당한다)이 소유(합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인하여 소유권이 이전된 경우를 포함한다)한 이전 전 공장용 건축물의 부속토지로서 공장 이전일 현재 「지방세법」 제182조제1항제3호가목이 적용되는 토지는 공장을 전부 이전한 날부터 5년간 「지방세법」 제182조제1항제3호가목을 적용하는 토지로 본다. 다만, 공장을 이전하여 사업을 개시한 후 그 사업을 폐업한 이후에는 그러하지 아니하다. <개정 2010.1.1 부칙>

⑦ 제2항에 따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다. <개정 2000.12.29 부칙, 2001.12.29 부칙, 2002.12.11 부칙, 2003.12.30 부칙, 2004.12.31 부칙, 2010.1.1 부칙>

1. 공장 또는 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우

3. 수도권에 본사 또는 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치한 경우

4. 삭제 <2001.12.29 부칙>

5. 본사를 이전한 경우로서 수도권에 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우

6. 본사를 이전한 경우로서 제4항제2호에 해당하는 경우

<이하 생략>

○ 조세특례제한법 시행령 제60조 의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

①법 제63조의2제1항 각호외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부동산업 및 건설업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다. 다만, 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」 제2조제2호의 "이전공공기관"은 예외로 한다. <신설 2001.12.31 부칙, 2003.12.30 부칙, 2005.2.19 부칙, 2006.2.9 부칙, 2007.2.28 부칙, 2008.2.22 부칙, 2009.2.4 부칙>

1. 부동산임대업

2. 부동산중개업

3. 「소득세법 시행령」 제34조의 규정에 의한 부동산매매업

4. 삭제 <2007.2.28 부칙>

5. 건설업(「소득세법 시행령」 제32조의 규정에 의한 주택신축판매업을 포함한다)

②법 제63조의2제1항제1호의 규정을 적용함에 있어서 기간계산은 다음 각 호의 어느 하나에 의한다. <개정 2002.12.30 부칙, 2003.12.30 부칙, 2005.2.19 부칙, 2006.2.9 부칙, 2007.2.28 부칙, 2007.11.30 부칙>

1. 공장을 이전하는 경우에는 공장시설을 법 제2조제1항제9호의 규정에 따른 수도권(이하 "수도권"이라 한다)외의 지역으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에서 조업(「대기환경보전법」, 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 또는 「소음·진동규제법」에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선·이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있을 것

2. 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 이전하는 경우에는 본사의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것

③ 삭제 <2002.12.30 부칙>

④법 제63조의2제1항제2호의 규정에 의하여 공장시설의 전부 또는 본사를 이전하는 법인은 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 갖추어야 한다. 이 경우 법 제63조의2제5항의 규정을 적용함에 있어서는 수도권 과밀억제권역안의 공장 또는 본사를 양도하는 경우에 한한다. <개정 2000.12.29 부칙, 2001.12.31 부칙, 2002.12.30 부칙, 2003.12.30 부칙, 2006.2.9 부칙, 2009.2.4 부칙>

1. 수도권외의 지역으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도하거나 수도권과밀억제권역안에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태일 것

2. 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지 또는 건물을 임차하여 자기공장시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다)부터 2011년 12월 31일까지 수도권외의 지역에서 사업을 개시하거나 공장을 신축하여 이전하는 경우에는 2011년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2014년 12월 31일까지 사업을 개시할 것

3. 수도권외의 지역으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도(제11항이 정하는 기준 미만의 사무소로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로 전환할 것

4. 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도로 전환한 날부터 2011년 12월 31일까지 수도권외의 지역에서 사업을 개시하거나 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 2011년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2014년 12월 31일까지 사업을 개시할 것

⑤ 삭제 <2003.12.30 부칙>

⑥ 삭제 <2003.12.30 부칙>

⑦법 제63조의2제2항제2호의 규정을 적용함에 있어서 급여는 「소득세법」 제20조제1항제1호 가목 및 라목의 규정에 의한 급여와 소득을 말한다. <개정 2003.12.30 부칙, 2005.2.19 부칙>

⑧법 제63조의2제4항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임원"이란 「법인세법 시행령」 제20조제1항제4호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 다만, 상시 근무하지 아니하는 임원을 제외한다. <신설 2005.2.19 부칙, 2009.2.4 부칙, 2009.6.19 부칙>

⑨법 제63조의2제7항제2호에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권외의 지역으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 때"라 함은 제4항 각호의 요건을 갖추지 아니한 때를 말한다. <개정 2000.12.29 부칙, 2001.12.31 부칙, 2002.12.30 부칙>

⑩ 삭제 <2001.12.31 부칙>

⑪법 제63조의2제7항제5호에서 "대통령령이 정하는 기준 이상"이라 함은 수도권안의 사무소에서 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원이 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원의 100분의 50 이상인 경우를 말한다. <개정 2003.12.30 부칙>

⑫법 제63조의2제7항의 규정에 의하여 납부하여야 하는 세액은 다음 각호의 구분에 의하여 계산한다. <개정 2003.12.30 부칙, 2005.2.19 부칙>

1. 법 제63조의2제7항제1호에 해당하는 경우 : 사업폐지일 또는 법인해산일부터 소급하여 3년 이내에 감면된 세액

2. 법 제63조의2제7항제2호에 해당하는 경우 : 제4항 각호의 요건을 갖추지 못하게 된 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액

3. 법 제63조의2제7항제3호에 해당하는 경우 : 본사설치일 또는 공장설치일부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액. 이 경우 이전한 공장이 2 이상이고 동 공장에서 서로 다른 제품을 생산하는 경우에는 수도권안의 공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장의 이전으로 인하여 감면받은 분에 한한다.

4. 법 제63조의2제7항제5호에 해당하는 경우 : 제11항에서 규정하는 기준 이상의 사무소를 둔 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액

5. 법 제63조의2제7항제6호에 해당하는 경우 : 동호에 규정된 비율에 미달하게 되는 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액

⑬법 제63조의2제2항의 규정에 의하여 법인세의 감면을 받고자 하는 법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 및 감면세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2001.12.31 부칙, 2003.12.30 부칙, 2008.2.29 부칙>

<이하 생략>

나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 재조예46019-42, 2001.03.07

법인 본사가 지방으로 이전한 후에 합병 또는 사업의 양수를 통하여 기존사업을 승계 또는 인수하는 경우에는 승계 또는 인수한 사업부문에서 발생하는 소득은 조세특례제한법 제63조의 2 규정에 의한 감면대상이 아니므로 같은 법 제143조의 규정에 의하여 구분경리를 하여야 함

○ 재조예-859, 2004.12.28

수도권과밀억제권역 안에 본사를 두고 제조업을 영위하는 법인이 본사를 지방으로 이전한 후 도매업 등을 새로이 추가하는 경우 당해 도매업 등에서 발생한 소득은 조세특례제한법 제63조의 2 제1항 제1호 및 동법 시행령 제54조 제2항 및 제60조의 2의 규정에 의하여 감면대상소득에 해당하지 아니하며,

제조업을 영위하는 법인이 수도권과밀억제권내 본사를 지방으로 이전한 후 제조업 외의 업종을 추가한 경우의 감면세액계산을 함에 있어서 과세표준은 당해 제조업에서 발생한 소득에 한하고, 법인 전체인원ㆍ이전본사근무인원 및 수도권 안의 본사근무인원은 조세특례제한법 제143조 제1항의 규정에 의해 제조업에 종사하는 인원으로 하는 것임

○ 제도46012-12105, 2001.07.13

법인 본사가 지방으로 이전한 후에 합병 또는 사업의 양수를 통하여 기존사업을 승계 또는 인수하는 경우에는 승계 또는 인수한 사업부문에서 발생하는 소득은 같은조 제2항의 규정에 의한 감면을 적용하지 아니하는 것임

○ 재조예46019-231, 2002.12.24

수도권 과밀억제권역에 본사를 두고 5년 이상 사업을 계속한 법인이 설립된 지 5년 미만의 법인과 합병하여 수도권생활지역외의 지역으로 이전하는 경우에는 조세특례제한법 제143조의 규정에 의해 각 사업연도마다 감면을 적용받는 사업(5년 이상 사업)과 기타사업(5년 미만 사업)을 구분경리하여 감면세액을 계산하는 것임

○ 서면2팀-2490, 2006.12.06

수도권과밀억제권역 안에서 3년 이상 계속하여 본점을 두고 도매업을 영위한 법인이 수도권 외의 지역에 소재하는 자회사(제조업)를 흡수합병한 후 3년 이내에 수도권 외의 지역으로 본사를 이전하여 종전의 사업을 영위하는 경우에는 같은 법 제143조의 규정에 의하여 각 사업연도마다 감면을 적용받는 사업(도매업)과 기타사업(제조업)을 구분경리하여 감면세액을 계산하는 것이며, 이 경우 법인 전체인원ㆍ이전본사근무인원 및 수도권 안의 본사근무인원은 도매업에 종사하는 인원으로 하는 것임