※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

질의요지

 ○1세대가 농어촌주택취득기간 중에 농어촌주택을 취득하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택을 양도하는 경우 농어촌주택을 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 그 양도주택의 1세대1주택 여부를 판단하는바,

  -1주택을 소유하던 1세대가 농어촌주택을 취득하여 2주택이 된 상태에서 그 소유자의 사망으로 배우자가 2개 주택을 상속받은 후 일반주택을 양도하는 경우 1세대1주택 비과세 적용을 받을 수 있는지 여부

사실관계

○ 1992.01월 甲은 서울 종로구 소재 A주택을 취득하여 거주

 ○ 2004.10월 甲은 강원 양양군 소재 B농어촌주택 취득

 ○ 2006.10월 甲이 사망하여 그의 배우자 乙이 위 2주택 상속

 ○ 2010.03월 乙이 A주택 양도

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

 ○조세특례제한법 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2011년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택 등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」제89조제1항제3호를 적용한다.

 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)

 가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 소재할 것

 1) 수도권지역. 다만, 「접경지역지원법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

 2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 및 같은 법 제117조에 따른 도시지역 및 허가구역

 3) 「소득세법」 제104조의2제1항에 따른 지정지역

 4) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

 나. 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것

 다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원을 초과하지 아니할 것

 2. 생략

 ② 삭제 <2007.12.31>

 ③ 1세대가 취득한 농어촌주택등과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍·면·시 또는 연접한 읍·면·시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

 ④ 1세대가 제1항에 따른 농어촌주택등의 3년 이상 보유 요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항을 적용한다.

 ⑤ 제4항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택 등을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 그 보유하지 아니하게 된 과세연도의 과세표준신고를 할 때 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

 ⑥ 제1항 및 제4항에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세특례신청을 하여야 한다.

 ⑦ 농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유기간 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○조세특례제한법 시행령 제99조의 4【농어촌주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대"란 제99조의2제3항의 규정에 의한 1세대를 말한다.

 ② 법 제99조의4제1항제1호가목(1) 단서에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 경기도 연천군, 인천광역시 옹진군 및 그 밖에 지역특성이 이와 유사한 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역을 말한다.

 ③ 법 제99조의4제1항제1호가목(4) 및 같은 항 제2호나목(3)에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 「관광진흥법」 제2조에 따른 관광단지를 말한다.

 ④ 법 제99조의4제1항제1호나목 및 같은 항 제2호다목에서 "대통령령으로 정하는 기준 이내"란 주택의 연면적이 150제곱미터(공동주택의 경우에는 전용면적 116제곱미터) 이내를 말한다.

 ⑤ 생략

 ⑥ 법 제99조의4제1항제2호나목 (1)에서 (3)까지의 규정 외의 부분에서 "취득당시 인구 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 시 지역"이란 별표 12에 따른 시 지역을 말한다. <신설 2009.2.4>

 ⑦ 생략

 ⑧ 법 제99조의4제5항 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다), 사망으로 인한 상속 또는 멸실의 사유로 인하여 당해 농어촌주택 또는 고향주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 3년 이상 보유하지 아니하게 되는 경우의 당해 사유를 말한다.

 ⑨ 법 제99조의4에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 과세특례신고서를 「소득세법」 제105조 또는 같은 법 제110조에 따른 양도소득세과세표준신고기한 내에 제출하여야 한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 하며, 신청인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 첨부하도록 하여야 한다.

 1. 일반주택의 토지대장 및 건축물관리대장

 2. 농어촌주택등의 토지대장 및 건축물관리대장

 ⑩ 법 제99조의4제1항제1호나목·다목 및 같은 항 제2호다목·라목에 따라 농어촌주택등의 면적 및 가액을 산정함에 있어서 일반주택의 양도일까지 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에는 당해 증가된 건물·토지의 면적 및 가액을 포함하여 계산한다.

 ⑪ 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의4제1항 및 같은 조 제4항에 따른 농어촌주택 등의 보유기간은 당초 농어촌주택등의 취득일부터 기산하여 계산한다.

 ⑫ 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에 따른 농어촌주택등취득기간 이내의 취득 또는 같은 항 제1호가목 및 제2호가목·나목에 따른 지역에 해당하는 여부의 판정은 당초 농어촌주택등의 취득일을 기준으로 한다.

 ○조세특례제한법 시행령 제99조의 2【신축주택의 취득을 위한 주택양도에 대한 양도소득세 특례】

 ① ～ ② 생략

 ③ 법 제99조의2제4항에서 "대통령령이 정하는 1세대"라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대를 말한다.

 (이하 생략)

나. 관련사례 (예규, 해석사례, 심사례, 심판례, 판례)

○ 법규과-1159, 2010.07.16

귀 의견조회의 경우, 거주자 및 배우자가 구성하는 1세대가「조세특례제한법」제99조의4에 해당하는 농어촌주택과 일반주택을 보유하던 중 주택 소유자의 사망으로 2주택을 상속받은 배우자가 일반주택을 양도하는 경우로서 배우자가 일반주택 취득일부터 상속개시일까지 계속하여 같은 법 시행령 제99조의4제1항에 해당하는 세대를 같이 구성한 경우에는 같은 법 제99조의4(농어촌주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)가 적용되는 것입니다.