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1. 질의내용 요약

가. 사실관계

- 2008.12.26. 개정 법인세법(법률 제9267호) 부칙 제16조제2항에 의하면 2010.1.1. 이후 개시하는 사업연도의 중간예납세액 계산시 직전 사업연도 과세표준에 법인세법 제55조의 개정세율을 적용하도록 규정(과세표준 2억원 이하는 10%, 2억원 초과 부분은 20%의 세율 적용)

- 2009.12.31. 개정 법인세법(법률 제9898호)에 따르면 2010.1.1.부터 2011.12.31.까지의 기간 중에 개시하는 사업연도에 적용하는 세율은 과세표준 2억원 이하에 10%, 2억원 초과부분은 22%을 적용하도록 개정되었으나 법률 부칙에는 중간예납 세액계산 관련 경과규정 부재

나. 질의요지

- 법인세 중간예납을 직전 사업연도 납부실적 기준으로 계산하는 경우 2010.1.1. 및 2011.1.1. 이후 개시하는 사업연도의 중간예납 계산 시에 적용할 세율은?

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제63조 【중간예납】

① 내국법인(「고등교육법」 제3조에 따른 사립학교를 경영하는 학교법인은 제외한다)으로서 각 사업년도(합병 또는 분할에 의하지 아니하고 새로 설립된 법인인 경우에는 설립후 최초의 사업년도를 제외한다)의 기간이 6월을 초과하는 법인은 해당 사업연도개시일부터 6월간을 중간예납기간으로 하여 해당 사업년도의 직전 사업년도의 법인세로서 확정된 산출세액(가산세를 포함하며, 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세를 제외한다)에서 다음 각 호의 금액을 공제한 금액을 직전 사업년도의 월수로 나눈 금액에 6을 곱하여 계산한 금액(이하 "중간예납세액"이라 한다)을 그 중간예납기간이 경과한 날부터 2월이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서ㆍ한국은행(그 대리점을 포함한다) 또는 체신관서(이하 "납세지 관할세무서등"이라 한다)에 납부하여야 한다. 다만, 중간예납세액의 납부의무가 있는 내국법인으로서 직전 사업연도의 법인세로서 확정된 산출세액이 없는 법인(제51조의2제1항 각 호의 법인을 제외한다)이거나 해당 중간예납기간 만료일까지 직전 사업연도의 법인세액이 확정되지 아니한 법인인 경우와 분할신설법인 및 분할합병의 상대방법인의 분할후 최초의 사업년도의 경우에는 제5항의 규정에 의하여 중간예납세액을 계산하여 납부하여야 한다. <개정 2009.12.31 부칙>

1. 당해 사업년도의 직전 사업년도에 감면된 법인세액(소득에서 공제되는 금액을 제외한다)

2. 당해 사업년도의 직전 사업년도에 법인세로서 납부한 원천징수세액

3. 당해 사업년도의 직전 사업년도에 법인세로서 납부한 수시부과세액

⑤ 제1항의 규정에 의한 중간예납을 하여야 할 내국법인은 동항의 규정에 불구하고 당해 중간예납기간을 1사업년도로 보고 제13조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 법인세액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액을 중간예납세액으로 하여 납세지 관할세무서등에 납부할 수 있다. 이 경우 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우를 제외하고 같은 항의 규정에 의한 중간예납의 납부기한이 경과한 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2005.12.31 부칙, 2008.12.26 부칙>

1. 당해 중간예납기간에 해당하는 감면세액(소득에서 공제되는 금액을 제외한다)

2. 당해 중간예납기간중에 법인세로서 납부한 원천징수세액

3. 당해 중간예납기간중에 법인세로서 부과한 수시부과세액

⑥ 납세지 관할세무서장이 필요하다고 인정하는 때에는 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 법인의 직전 사업년도의 법인세액(제5항에 해당하는 경우에는 해당 중간예납세액을 6으로 나눈 금액에 해당 사업년도의 월수를 곱한 금액)을 초과하지 아니하는 범위안에서 해당 사업년도의 중간예납세액을 정할 수 있다. <개정 2008.12.26 부칙>

○ 법인세법 제55조 【세율】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(제55조의 2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다. 이하 “산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. (2008. 12. 26. 개정)

1. 2010년 1월 1일부터 2011년 12월 31일까지의 기간 중에 개시하는 사업연도 (2009. 12. 31. 개정)

2. 2012년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도 (2009. 12. 31. 개정)

② 사업연도가 1년 미만인 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 그 사업연도의 제13조의 규정을 적용하여 계산한 금액을 그 사업연도의 월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 산출한 금액을 그 사업연도의 과세표준으로 하여 제1항의 규정에 의하여 계산한 세액에 그 사업연도의 월수를 12로 나눈 수를 곱하여 산출한 세액을 그 세액으로 한다. 이 경우 월수의 계산은 대통령령이 정하는 바에 의한다. (1998. 12. 28. 개정)

○ 법인세법 부 칙 (2009. 12. 31. 법률 제9898호)

제1조 【시행일】

이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제51조의 2 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제117조의 2 제4항의 개정규정은 2010년 4월 1일부터 시행하며, 제16조 제1항, 제17조 제1항, 제24조 제1항, 제44조, 제44조의 2, 제44조의 3, 제45조, 제46조, 제46조의 2부터 제46조의 5까지, 제47조, 제47조의 2, 제48조, 제48조의 2, 제49조, 제60조 제4항, 제77조, 제80조, 제81조, 제84조, 제86조 제2항 및 제113조 제3항 및 제4항의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행한다.

제2조 【일반적 적용례】

이 법은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다.

○ 舊 법인세법 제55조【세율】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다. 이하 "산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

1. 2009년 1월 1일부터 2009년 12월 31일까지의 기간 중에 개시하는 사업연도

2. 2010년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도

② 사업연도가 1년 미만인 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 그 사업연도의 제13조의 규정을 적용하여 계산한 금액을 그 사업연도의 월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 산출한 금액을 그 사업연도의 과세표준으로 하여 제1항의 규정에 의하여 계산한 세액에 그 사업연도의 월수를 12로 나눈 수를 곱하여 산출한 세액을 그 세액으로 한다. 이 경우 월수의 계산은 대통령령이 정하는 바에 의한다. (1998. 12. 28. 개정)

○ 舊 법인세법 부 칙 (2008. 12. 26. 법률 제9267호)

제1조 【시행일】

이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제55조 제1항, 제76조 제4항, 제115조 및 제117조 제2항 단서의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제5조 제2항, 제18조의 2 제1항 제1호, 제18조의 3 제1항 제1호, 제51조의 2 제1항 제2호(사모투자전문회사에 관한 규정은 제외한다), 제57조의 2 제1항ㆍ제5항, 제66조 제2항 제4호, 제73조 제1항 제2호, 제98조 제6항, 제113조 제2항 및 제119조 제2항의 개정규정은 2009년 2월 4일부터 시행하며, 제1조 제6호부터 제10호까지, 제2조 제4항ㆍ제5항, 제3조 제2항, 제8조 제4항부터 제6항까지, 제18조 제9호, 제18조의 2 제1항 각 호 외의 부분 중 제76조의 14 관련 규정, 제21조 제7호, 제63조 제4항, 제2장의 3(제76조의 8부터 제76조의 22까지) 및 제113조 제5항의 개정규정은 2010년 1월 1일부터 시행한다.

제2조 【일반적 적용례】

이 법은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다.

제16조 【중간예납에 관한 특례】

① 2009년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 중간예납기간에 대한 중간예납세액을 계산할 때 제63조 제1항에서 규정하는 해당 사업연도의 직전 사업연도의 법인세로서 확정된 산출세액은 직전 사업연도의 과세표준에 제55조 제1항 제1호의 개정규정을 적용하여 계산한다.

② 2010년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 중간예납기간에 대한 중간예납세액을 계산할 때 제63조 제1항에서 규정하는 해당 사업연도의 직전 사업연도의 법인세로서 확정된 산출세액은 직전 사업연도의 과세표준에 제55조 제1항 제2호의 개정규정을 적용하여 계산한다.

○ 조세특례제한법 제132조 【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】

① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 「법인세법」 제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(「법인세법」 제55조의 2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 “과세표준”이라 한다)에 100분의 14(과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7)를 곱하여 계산한 세액(이하 “법인세 최저한세액”이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다. (2010. 1. 1. 개정)

○ 조세특례제한법 부칙 제68조(최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제에 관한 특례) <제9921호,2010.1.1>

2010년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 「법인세법」 제63조제1항에 따른 중간예납세액을 계산할 때에는 해당 사업연도의 직전 사업연도의 최저한세액은 제132조제1항의 개정규정을 적용하여 계산한다. 이 경우 「법인세법」 제63조제1항제1호에 따른 감면된 법인세액은 제132조제1항의 개정규정을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 기획재정부 법인세제과-298, 2010.04.07.

2010.1.1. 이후 개시하는 사업연도의 ｢법인세법｣ 제63조에 따른 중간예납세액을 계산함에 있어, 같은 조 제1항에 규정하는 당해 사업연도의 직전 사업연도의 법인세로서 확정된 산출세액은 직전 사업연도의 과세표준금액에 ｢법인세법｣(법률 제9898호, 2009.12.31) 제55조제1항제1호를 적용하여 계산하는 것임