1. 사실관계

○ 타익신탁거래 과정

① ’09. 6. 19. ◈◈◈(이하 “차주” 또는 “위탁자”라 한다)은 부산광역시 기장군 소재 아파트(이하 “쟁점 신탁부동산”이라 한다)를 분양하는 사업과 관련하여 ▣▣상호저축은행 외 3곳(이하 “대주” 또는 “우선수익자”라 한다)과 사업 및 대출약정을 체결한 후, 대주는 차주에게 19,500,000,000원의 대출을 실행

② ’09. 6. 19. 위탁자는 위 사업 및 대출약정에 따라 대주를 우선수익권자로 하는 부동산담보신탁계약(타익신탁)을 ◎◎신탁(주)(이하 “수탁자”라 한다)와 체결

③ ’09. 10. 21. 우선수익자는 위탁자의 부도로 인한 채무 불이행으로 쟁점 신탁부동산의 공매를 수탁자에게 의뢰

④ ’09. 11. 30. 수탁자는 󰁥󰁥󰁥(이하 “매수자” 또는 “신청인”이라 한다)와 쟁점 신탁부동산 매매계약 체결

⑤ ’10. 1. 19, ’10. 2. 4, ’10. 2. 23. 신청인은 수탁자에게 쟁점 신탁부동산에 대한 매매대금에 대한 잔금 지급

⑥ ’10. 2. 18. 우선수익자는 수탁자에게 쟁점 부동산 처분대금 배당 요청

⑦ ’10. 2. 23. 쟁점 신탁부동산 소유자이던 위탁자는 신청인을 공급받는 자로 하여 쟁점 신탁부동산 매각에 따른 세금계산서 발급

⑧ ’10. 3. 17. 수탁자는 우선수익자 등에게 공매환가처분 완료에 따른 정산내역 통보

○ 부가가치세 환급신고 경위

① ’10. 4. 25. 매수자는 2010년 1기 예정신고기한 내에 쟁점 신탁부동산 매입 관련 부가가치세액을 매출세액에서 공제하여 환급신고

② ’10. 5. 12. 매수자의 관할인 ◆◆세무서장은 신청인에 대한 부가가치세 환급 현지확인 실시

③ ’10. 6. 8. ◆◆세무서장은 쟁점 신탁부동산 관련 매입세금계산서가 “사실과 다른 세금계산서”에 해당한다고 판단하고 관련 매입세액을 공제 할 수 없다는 과세예고통지서 발송

2. 신청내용

아파트건설업자(위탁자)와 부동산신탁회사(수탁자) 간 부동산담보신탁계약을 체결한 타익신탁거래에서 해당 위탁자의 채무불이행으로 신탁부동산을 제3자인 매수자에게 처분하고 매수자가 위탁자로부터 ’10. 2. 23. 발급받은 세금계산서에 대하여 부가가치세 예정신고함

 매수자 관할 세무서장이 부가가치세 환급 현지확인 결과 매수자가 발급받은 세금계산서는 “사실과 다른 세금계산서”로 확정되어 위탁자는 우선수익권자에게, 우선수익권자는 매수자에게 각각 세금계산서를 발급하는 것이 타당한 거래와 관련하여

매수자가 우선수익권자로부터 공급일 이후 같은 과세기간 내에 새로운 세금계산서를 발급받은 경우 관련 매입세액의 공제 가능 여부

3. 관련법령

부가가치세법 제16조【세금계산서】