1. 질의내용 요약
가. 질의요지
○ 영농조합법인으로부터 지급받는 배당소득이 전액 ‘농업소득외’인 경우 그 배당소득에 대한 원천징수 적용세율?
나. 사실관계
○ 당해 영농조합법인은 1994.3.8. 설립하여 수년간 영농사업(묘목 등 재배 및 판매)을 영위하다가 본 영농조합사업의 운영 사정으로
- 2006.8.31. 조합원들의 해산하기로 결의하여, 해산 등기하고 청산인으로 조합원 중 한 분이 청산인으로 등기했으나 청산절차가 이루어지지 않은 채 2009.9.21. 잔여재산 청산을 필했음
- 그간 2006～2008년 사업연도에는 조세특례제한법 제66조 규정에 정한 농업수입은 없고, 농업소득외(부동산수용처분 가불금 인정이자)만 있어 계속 법인세를 신고․납부해 온 상태임
* 당해 법인은 창립일 이후 농업소득은 해당연도의 관리비에도 못미치는 관계로 농업소득이 발생할 수 없었고, 농지수용(매매)으로 인한 농지처분이익과 처분에 의해 발생한 잉여금자금 가불에 의한 인정이자만이 주 소득 원천임
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련법령
○ 조세특례제한법 제66조【영농조합법인등에 대한 법인세의 면제등】
① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "농업소득"이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득중 대통령령으로 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.
② 영농조합법인의 조합원이 영농조합법인으로부터 2009년 12월 31일까지 지급받는 배당소득중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액과 농업소득외의 소득에서 발생한 배당소득중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여는 소득세를 면제한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령이 정하는 바에 의한다.
③ 영농조합법인이 조합원에게 지급하는 배당소득중 제2항의 규정에 의하여 소득세가 면제되는 금액을 제외한 배당소득으로서 2009년 12월 31일까지 지급받는 소득에 대한 소득세의 원천징수세율은 「소득세법」 제129조의 규정에 불구하고 100분의 5로 하고, 이에 대하여는 주민세를 부과하지 아니하며, 당해 배당소득에 대하여는 「소득세법」 제14조제2항의 규정에 따른 종합소득과세표준의 계산에 있어서 이를 합산하지 아니한다.
④ 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일이전에 농지 또는 「초지법」에 따른 초지(이하 "초지"라 한다)를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다.
⑤ 제4항의 규정에 의하여 양도소득세를 면제받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 당해 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
⑥ 제4항의 규정에 의하여 면제받은 양도소득세를 제5항 본문의 규정에 의하여 납부하는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한다.
⑦ 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 영농조합법인에게 「농업ㆍ농촌기본법」 제3조제1호의 규정에 따른 농작물생산업, 축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항의 규정에 의한 농지 및 초지를 제외한다)을 현물출자하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있다.
⑧ 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제7항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제63조【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】
① 법 제66조제1항의 규정에 의하여 농업소득외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제11조제1항에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액이하의 금액으로 한다.
{1천200만원 ×조합원 수 ×(사업연도월수/12)}
② 법 제66조제2항 전단의 규정에 의하여 소득세가 면제되는 배당소득은 과세연도별로 1천200만원이하의 금액으로 한다.
③ 법 제66조제2항 후단의 규정에 의한 농업소득외의 소득에서 발생한 배당소득은 각 배당시마다 다음 산식에 의하여 계산한 금액으로 하고, 농업소득에서 발생한 배당소득은 배당소득 총액중 농업소득외의 소득에서 발생한 배당소득을 차감한 금액으로 한다.
{영농조합법인으로부터 지급받은 배당소득 ×(배당확정일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 농업소득외의 소득금액/배당소득확정일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 총소득금액)}
○ 소득세법 제17조 【배당소득】
② 제1항 제3호에 따른 의제배당이란 다음 각 호의 금액을 말하며, 이를 해당 주주, 사원, 그 밖의 출자자에게 배당한 것으로 본다.
3. 해산한 법인(법인으로 보는 단체를 포함한다)의 주주ㆍ사원ㆍ출자자 또는 구성원이 그 법인의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로 취득하는 금전이나 그 밖의 재산의 가액이 해당 주식ㆍ출자 또는 자본을 취득하기 위하여 사용된 금액을 초과하는 금액. 다만, 내국법인이 조직변경하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
가. 「상법」에 따라 조직변경하는 경우
나. 특별법에 따라 설립된 법인이 해당 특별법의 개정 또는 폐지에 따라 「상법」에 따른 회사로 조직변경하는 경우
다. 그 밖의 법률에 따라 내국법인이 조직변경하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
○ 소득세법 시행령 제46조 【배당소득의 수입시기】
배당소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 다음 각 호에 규정하는 날로 한다.
5. 법 제17조 제2항 제3호ㆍ제4호 및 제6호의 의제배당
가. 법인이 해산으로 인하여 소멸한 경우에는 잔여재산의 가액이 확정된 날
나. 관련사례
○ 원천세과-116, 2009.01.09
귀 질의 경우 영농조합법인의 출자자인 조합원이 해산으로 인하여 받는 의제배당소득은 조세특례제한법 제66조의 과세특례를 적용.
○ 서면2팀-1848, 2004.09.06
농업·농촌기본법에 의한 영농조합법인의 도정업에서 발생한 농업 외 소득에 대한 법인세의 면제와 배당소득에 대한 소득세의 면제는 조세특례제한법 시행령 제63조의 규정에서 정하는 범위 안에서 면제되는 것임.
조세특례제한법 제66조 제1항 및 같은법시행령 제63조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 사업연도 중 증자에 참여하여 조합원수가 증가한 경우 조합원수는 매사업연도 종료일의 인원을 기준으로 하여 계산하는 것이며, 같은조에서 조합원이란 농업·농촌기본법 제15조 제3항에서 정하는 조합원으로서 준조합원은 이에 해당하지 아니하는 것임
○ 제도46012-11928, 2001.07.05.
조세특례제한법 제66조 제1항의 영농조합법인에 대한 법인세의 면제는 같은조 제7항의 면제신청을 하지 아니한 경우에도 면제대상인 것임.