사업자(이하 “주관기관”이라 한다)가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관(이하 “전담기관”이라 한다)과 기술개발협약을 체결하여 참여기업(주관기관과 공동연구개발을 수행하는 자)과 공동기술개발을 수행하고 개발된 지적재산권, 실시권 등을 주관기관 및 참여기업에 귀속시키는 경우 당해 기술개발과 관련하여 정부 또는 전담기관으로부터 지원되는 정부출연금은 부가가치세 과세표준에서 제외되는 것임

귀 질의의 경우, 사실관계 등 질의내용이 불분명하여 명확한 답변을 하기 어려우나, 정부출연금의 부가가치세 과세표준 포함여부와 관련하여서는 기존 해석사례(서면3팀-1661, 2006.08.01.)를 참조하시기 바람 ○ 서면3팀-1661, 2006.08.01.사업자(이하 “주관기관”이라 한다)가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관(이하 “전담기관”이라 한다)과 기술개발협약을 체결하여 참여기업(주관기관과 공동연구개발을 수행하는 자)과 공동기술개발을 수행하고 개발된 지적재산권, 실시권 등을 주관기관 및 참여기업에 귀속시키는 경우 당해 기술개발과 관련하여 정부 또는 전담기관으로부터 지원되는 정부출연금은「부가가치세법」 제13조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제48조 제10항의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에서 제외되는 것이며 이 경우 주관기관이 교부받은 정부출연금을 용역의 공급 등에 대한 대가관계 없이 분담비율에 따라 다시 참여기업에 배정하는 경우 및 참여기업이나 주관기관이 소유한 개발결과물을 자기의 사업에 사용하면서 정부출연금의 일정금액을 기술료로 납부하는 경우에는「부가가치세법」제1조의 규정에 의한 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하는 것임