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1. 질의내용 요약
가. 사실관계
- 공익법인인 비영리법인 A와 영리법인인 B는 특수관계자에 해당
- B법인은 중공업을 영위하는 신설법인으로 상증법상 주식평가액이 액면가액보다 낮은 상태이며, A법인은 B법인에게 일정액을 출자할 예정임
나. 질의요지
- 비영리법인 A가 특수관계자인 B법인에게 출자하는 경우 부당행위계산 부인 여부 및 취득주식의 시가
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
③ 비영리내국법인의 각 사업년도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. <개정 2006.12.30 부칙, 2008.12.26 부칙, 2009.12.31 부칙>
1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것
2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득
3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득
4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 생기는 수입
7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
○법인세법 제41 조 【 자산의 취득가액 】
①내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액
2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액
3. 제1호 및 제2호외의 자산은 취득당시의 대통령령이 정하는 금액
○법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】
①법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. <개정 2001.12.31 부칙, 2006.2.9 부칙, 2008.2.29 부칙, 2009.2.4 부칙, 2010.2.18 부칙>
1. 타인으로부터 매입한 자산：매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액
2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액
3. 현물출자ㆍ합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산 : 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하고, 제61조제2항 각호의 1에 해당하는 금융회사 등의 기획재정부령이 정하는 금전채권 등의 경우에는 피합병법인 등의 장부가액으로 한다.
4. 현물출자, 물적분할 또는 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식등：취득당시의 시가. 다만, 제15조제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식등은 출자전환된 채권(법 제19조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권은 제외한다)의 장부가액으로 한다.
5. 합병 또는 분할(물적분할은 제외한다)에 따라 취득한 주식 등: 종전의 장부가액에 법 제16조제1항제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조제9호의 금액을 가산한 가액
6. 그 밖의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가
○법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
○법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】
①법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2005.2.19 부칙, 2006.2.9 부칙, 2007.2.28 부칙, 2008.2.22 부칙, 2008.2.29 부칙, 2009.2.4 부칙, 2010.2.18 부칙>
1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우
8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우
가. 특수관계자인 법인간의 합병(분할합병을 포함한다)에 있어서 주식등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)하는 경우는 제외한다.
나. 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키는 거래에 있어서 신주(전환사채ㆍ신주인수권부사채 또는 교환사채 등을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)를 배정ㆍ인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제7항에 따른 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우
다. 법인의 감자에 있어서 주주등의 소유주식등의 비율에 의하지 아니하고 일부 주주등의 주식 등을 소각하는 경우
8의2. 제8호 외의 경우로서 증자ㆍ감자, 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할, 「상속세 및 증여세법」 제40조제1항에 따른 전환사채등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환 등 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우. 다만, 제20조제1항제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등 중 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 발행하는 경우는 제외한다.
9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우
③제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. <신설 2007.2.28 부칙>
○법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】
①법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. <개정 2007.2.28 부칙, 2009.2.4 부칙>
②법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다. <개정 2002.12.30 부칙, 2003.12.30 부칙, 2005.2.19 부칙>
1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.
2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호 및 동법시행령 제57조제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 "직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)"은 이를 각각 "직전 6월"로 본다.
⑤제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. <개정 2008.2.29 부칙>
⑥제88조제1항제8호 및 제8호의2의 규정에 의하여 특수관계자에게 이익을 분여한 경우 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3ㆍ제40조ㆍ제42조제1항제3호, 동법 시행령 제28조제3항 내지 제6항ㆍ제29조제3항ㆍ제29조의2제2항ㆍ제29조의3제2항ㆍ제30조제4항 및 제31조의9제2항제4호 및 제5호의 규정을 준용한다. 이 경우 "대주주" 및 "특수관계에 있는 자"는 이 영에 의한 "특수관계자"로 보고, "이익" 및 "대통령령이 정하는 이익"은 "특수관계자에게 분여한 이익"으로 본다.
○상속세 및 증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】
① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.
1. 주식 및 출자지분의 평가
가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제13항제1호에 따른 유가증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 한국거래소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액. 다만, 평균액을 계산할 때 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안에 증자·합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전·이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다.
나. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제13항제2호에 따른 코스닥시장상장법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령으로 정하는 주식 및 출자지분에 대해서는 가목을 준용한다.
다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.
③ 제1항제1호, 제2항 및 제60조제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 "최대주주등"이라 한다)의 주식등(평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령으로 정하는 주식등은 제외한다)에 대해서는 제1항제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주등이 해당 법인의 발행주식총수등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산방법은 대통령령으로 정한다.
○상속세 및 증여세법 시행령 제54조 【비상장주식의 평가】
① 법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의 2에서 “비상장주식”이라 한다)은 다음의 산식에 따라 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 부동산과다보유법인(「소득세법 시행령」 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다. (2010. 2. 18. 개정)
1주당가액 = 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액÷금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율(이하 “순손익가치환원율”이라 한다) (2010. 2. 18. 개정)
② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. (2003. 12. 30. 개정)
1주당 가액＝당해 법인의 순자산가액÷발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)
③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 법 제63조 제1항 제1호 다목의 주식 또는 출자지분을 발행한 법인이 다른 비상장주식을 발행한 법인의 발행주식총수 등의 100분의 10 이하의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식의 평가는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 「법인세법 시행령」 제74조 제1항 제1호 마목의 규정에 의한 취득가액에 의할 수 있다. 다만, 법 제60조 제1항에 따른 시가가 있으면 시가를 우선하여 적용한다. (2009. 2. 4. 단서신설)
④ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 순자산가치에 의한다. (2004. 12. 31. 개정)
1. 법 제67조 및 법 제68조의 규정에 의한 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식 또는 출자지분 (2004. 12. 31. 개정)
2. 사업개시전의 법인, 사업개시후 3년 미만의 법인과 휴ㆍ폐업중에 있는 법인의 주식 또는 출자지분 (2004. 12. 31. 개정)
3. 평가기준일이 속하는 사업연도전 3년내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식 또는 출자지분 (2005. 8. 5. 개정)
⑤ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 “발행주식총수”는 평가기준일 현재의 발행주식총수에 의한다. (2003. 12. 30. 항번개정)
○상법 제417조 【액면미달의 발행】
① 회사가 성립한 날로부터 2년을 경과한 후에 주식을 발행하는 경우에는 회사는 제434조의 규정에 의한 주주총회의 결의와 법원의 인가를 얻어서 주식을 액면미달의 가액으로 발행할 수 있다. <개정 1962.12.12 부칙>
② 전항의 주주총회의 결의에서는 주식의 최저발행가액을 정하여야 한다.
③ 법원은 회사의 현황과 제반사정을 참작하여 최저발행가액을 변경하여 인가할 수 있다. 이 경우에 법원은 회사의 재산상태 기타 필요한 사항을 조사하게 하기 위하여 검사인을 선임할 수 있다.
④ 제1항의 주식은 법원의 인가를 얻은 날로부터 1월내에 발행하여야 한다. 법원은 이 기간을 연장하여 인가할 수 있다.
나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○법인세과-750, 2009.02.23
비상장법인의 특수관계자인 법인주주가 유상증자에 참여함에 있어서 발행주식의 시가보다 고가로 신주를 인수한 행위자체만으로는 부당행위계산부인 대상 여부를 판단하는 것은 아님. 다만 증자참여 행위가 특수관계자인 주식발행법인에게 자금을 무상지원하기 위한 것으로서 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래행위이고, 당해 신주인수법인의 소득금액에 영향을 미쳐 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 법인세법시행령 제88조 제1항 규정에 의한 부당행위계산의 유형에 해당하는 것인 바, 귀 질의가 이에 해당하는 지는 실질내용에 따라 사실판단 할 사항임
○서면2팀-73, 2007.01.10
비영리내국법인이「법인세법」제3조 제2항 제5호 및 같은법 시행령 제2조 제2항의 규정에 의하여 법인의 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 경우에는 수익사업에서 제외하여 법인세를 과세하지 아니하는 것이며, 법인의 정관 및 내부규약에 의하여 사실상 소유자가 법인인 동 자산을 공부상 대표자 명의로 취득한 경우에는 같은 법 제4조의 규정에 의하여 실질내용에 따라 법인의 자산으로 보는 것이나, 귀 질의의 경우가 이에 해당하는 지는 사실판단하는 것임
○부동산거래관리과-105, 2010.01.20
「국세기본법」 제13조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체 외의 단체 중 대표자 또는 관리인이 선임되어 있으나 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 않은 것은 그 단체를 1거주자로 보아 「소득세법」을 적용하는 것으로, 교회가 이에 해당하는 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것이나 「소득세법」 제89조제1항제3호 및 같은 법 시행령 제154조제1항에 따른 1세대1주택 비과세는 적용되지 않는 것임
○서면4팀-2339, 2005.11.28.
공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 국세기본법시행령 제8조에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단 설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것이며, 이 경우 토지, 건물 등 부동산의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것으로 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 구체적 사실관계를 확인하여 판단할 사항임
「국세기본법」제13조제2항에 의해 법인으로 보는 단체에 해당하는 교회가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 주택을 양도하는 경우 당해 주택의 양도로 인한 소득은 수익사업소득에서 제외되어 각 사업연도의 소득에 대한 법인세가 과세되지 않는 것임
다만, 귀 질의의 경우 담임목사가 사용한 사택이 교회의 고유목적사업에 직접 사용되었는지는 사택의 용도, 보유목적, 주거현황, 위치 등 제반사항을 종합하여 사실판단 할 사항임
국세기본법 제13조 규정에 의한 법인으로 보는 단체인 종교단체(교회)가 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 교회의 담임목사가 처분일 현재까지 계속하여 3년 이상 사용하는 사택을 양도하는 경우 수익사업 소득에서 제외되는 것이며, 또한 법인세법 제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인인 종교단체는 법인세법 제62조의 2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】의 규정을 적용받을 수 있는 것임
○서면2팀-883, 2008.05.08
비영리 법인인 종교단체가 양도일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 부동산의 양도에 따른 양도소득은 과세되지 않는 것임
「국세기본법」제13조제2항에 의한 법인으로 보는 단체가 고유목적사업과 수익사업에 공동으로 사용하던 부동산(개인소유 부동산 제외)을 양도하는 경우 양도일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하던 부분에 대하여만「법인세법」제3조제3항제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항의 규정에 의하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되지 아니하는 것임