[ 관련 첨부서류 ]
1. 질의내용 요약
가. 사실관계
- 비영리법인인 (사)**어린이전도협회 **지회는 어린이에 대한 선교･교육 등을 목적으로 설립된 단체로서 관할세무서로부터 고유번호를 부여받음
- 2002.4월 (사)**어린이전도협회 **지회 대표자 명의로 아파트를 구입하여 정관에서 정한 어린이 선교 등의 목적사업 수행을 위한 사무실 및 주택용으로 사용하다가 2010.3월에 해당 아파트를 양도
나. 질의요지
- 종교단체 대표자 명의의 아파트를 고유목적사업과 주거용으로 사용하였을 경우 법인세과 과세되는지 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. <개정 2008.12.26 부칙>
1. 각 사업년도의 소득
2. 청산소득
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
② 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다. <신설 2008.12.26 부칙>
③ 비영리내국법인의 각 사업년도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. <개정 2006.12.30 부칙, 2008.12.26 부칙, 2009.12.31 부칙>
1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것
2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득
3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득
4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 생기는 수입
7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
④ 외국법인의 각 사업년도의 소득은 제93조의 규정에 의한 국내원천소득(이하 "국내원천소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 비영리외국법인의 경우에는 국내원천소득중 수익사업에서 생기는 소득에 한한다. <개정 2008.12.26 부칙>
○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】
①「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조제3항제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다. <2010.2.18 부칙>
(중략)
7. 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역중 「부가가치세법」 제12조제1항제16호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업
②법 제3조제3항제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. <개정 2009.2.4 부칙>
○ 국세기본법 제14조 【실질과세】
① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(명의)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 서면2팀-73, 2007.01.10
비영리내국법인이「법인세법」제3조 제2항 제5호 및 같은법 시행령 제2조 제2항의 규정에 의하여 법인의 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 경우에는 수익사업에서 제외하여 법인세를 과세하지 아니하는 것이며, 법인의 정관 및 내부규약에 의하여 사실상 소유자가 법인인 동 자산을 공부상 대표자 명의로 취득한 경우에는 같은 법 제4조의 규정에 의하여 실질내용에 따라 법인의 자산으로 보는 것이나, 귀 질의의 경우가 이에 해당하는 지는 사실판단하는 것임
○ 부동산거래관리과-105, 2010.01.20
「국세기본법」 제13조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체 외의 단체 중 대표자 또는 관리인이 선임되어 있으나 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 않은 것은 그 단체를 1거주자로 보아 「소득세법」을 적용하는 것으로, 교회가 이에 해당하는 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것이나 「소득세법」 제89조제1항제3호 및 같은 법 시행령 제154조제1항에 따른 1세대1주택 비과세는 적용되지 않는 것임
○ 서면4팀-2339, 2005.11.28.
공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 국세기본법시행령 제8조에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단 설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것이며, 이 경우 토지, 건물 등 부동산의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것입니다. 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 구체적 사실관계를 확인하여 판단할 사항임
「국세기본법」제13조제2항에 의해 법인으로 보는 단체에 해당하는 교회가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 주택을 양도하는 경우 당해 주택의 양도로 인한 소득은 수익사업소득에서 제외되어 각 사업연도의 소득에 대한 법인세가 과세되지 않는 것임
다만, 귀 질의의 경우 담임목사가 사용한 사택이 교회의 고유목적사업에 직접 사용되었는지는 사택의 용도, 보유목적, 주거현황, 위치 등 제반사항을 종합하여 사실판단 할 사항임
국세기본법 제13조 규정에 의한 법인으로 보는 단체인 종교단체(교회)가 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 교회의 담임목사가 처분일 현재까지 계속하여 3년 이상 사용하는 사택을 양도하는 경우 수익사업 소득에서 제외되는 것이며, 또한 법인세법 제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인인 종교단체는 법인세법 제62조의 2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】의 규정을 적용받을 수 있는 것임
○ 서면2팀-883, 2008.05.08
비영리 법인인 종교단체가 양도일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 부동산의 양도에 따른 양도소득은 과세되지 않는 것임
「국세기본법」제13조제2항에 의한 법인으로 보는 단체가 고유목적사업과 수익사업에 공동으로 사용하던 부동산(개인소유 부동산 제외)을 양도하는 경우 양도일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하던 부분에 대하여만「법인세법」제3조제3항제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항의 규정에 의하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되지 아니하는 것임