[ 관련 첨부서류 ]
1. 질의내용 요약
가. 사실관계
- (재)서울대학교발전기금은 ｢공익법인의 설립･운영에 관한 법률｣에 의하여 설립된 공익법인이며, 정관상 목적사업 외에 ‘부동산 임대업 및 부대사업’의 수익사업을 영위할 수 있도록 규정되어 있음
- 임대사업에 사용하는 부동산의 임대소득에 대해서는 고유목적사업준비금을 설정하여 장학금의 지급 등 고유목적사업에 지출하던 중 해당 부동산을 양도
나. 질의요지
- 임대사업에 사용하던 부동산의 양도 시 양도소득에 대한 세액의 신고 및 납부방법
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. <개정 2008.12.26 부칙>
1. 각 사업년도의 소득
2. 청산소득
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
② 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다. <신설 2008.12.26 부칙>
③ 비영리내국법인의 각 사업년도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. <개정 2006.12.30 부칙, 2008.12.26 부칙, 2009.12.31 부칙>
1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것
2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득
3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득
4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 생기는 수입
7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】
①「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조제3항제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다. <개정 1999.12.31 부칙, 2001.12.31 부칙, 2002.12.30 부칙, 2003.12.30 부칙, 2005.2.19 부칙, 2006.2.9 부칙, 2007.2.28 부칙, 2008.2.22 부칙, 2008.2.29 부칙, 2008.6.5 부칙, 2009.2.4 부칙, 2010.2.18 부칙>
②법 제3조제3항제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. <개정 2009.2.4 부칙>
○법인세법 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】
① 비영리내국법인(제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. <개정 2006.12.30 부칙, 2009.12.31 부칙>
1. 「소득세법」 제94조제1항제3호의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
3. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호의 자산
② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다. <개정 2006.12.30 부칙>
③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 「소득세법」 제95조제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. <개정 2006.12.30 부칙>
④ 「소득세법」 제96조ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. <개정 2006.12.30 부칙>
⑤ 「소득세법」 제101조 및 동법 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다. <개정 2006.12.30 부칙>
⑥ 제2항의 규정에 의한 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조제1항의 규정을 준용한다.
⑦ 제2항의 규정에 의하여 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 동법 제112조의2의 규정은 이를 준용한다. <개정 2006.12.30 부칙, 2009.12.31 부칙>
⑧ 비영리내국법인이 제7항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. <개정 2006.12.30 부칙>
⑨ 제1항 내지 제8항에 규정하는 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○법인세법 시행령 제99조의2【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】
① 법 제62조의2제1항제1호에서 "대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분"이라 함은 「소득세법」 제94조제1항제4호나목(주식등에 한한다) 및 동법 시행령 제158조제1항제1호ㆍ제5호에 규정된 자산을 말한다. <개정 2005.2.19 부칙>
② 법 제62조의2제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의2의 규정을 적용하지 아니한다.
③ 법 제62조의2제4항 단서에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 출연받은 날부터 3년 이내에 양도하는 자산을 말한다. 다만, 1년 이상 다음 각호의 1에 해당하는 사업(의료업외에 제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 자산을 제외한다.
1. 법령에서 직접 사업을 정한 경우에는 그 법령에 규정된 사업
2. 행정관청으로부터 허가ㆍ인가 등을 받은 경우에는 그 허가ㆍ인가 등을 받은 사업
3. 제1호 및 제2호외의 경우에는 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 사업
④ 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 출연재산이 그 후에 과세요인이 발생하여 그 과세가액에 산입되지 아니한 상속세 또는 증여세의 전액 상당액이 부과되는 경우에는 제3항의 규정을 적용하지 아니한다. <개정 2005.2.19 부칙>
⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의2제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다.
⑥ 법 제62조의2제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29 부칙>
나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
법인세법 제62조의 2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】규정은 같은 법 제3조제3항제1호의 수익사업을 영위하는 비영리내국법인에 대하여는 적용하지 않는 것이며, 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 토지 및 건물을 양도한 경우에는 양도한 자산의 양도당시의 장부가액을 손금에 산입하는 것임
비영리내국법인이 고유목적사업에 사용하지 아니한 토지를 양도하여 「법인세법」제3조 제2항 제5호의 자산양도소득이 발생한 경우로서, 그 양도일이 속하는 사업연도에 같은 조항 제1호의 수익사업을 개시하여 관련 사업소득이 발생한 경우 당해 자산양도소득에 대하여는 「법인세법」 제62조의 2의 ‘비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례’규정을 적용받을 수 없는 것이며,
법인세법 제12조의 2(현행 제29조)의 규정에 의하여 손금에 산입하는 고유목적사업준비금은 비영리법인이 결산상 손금에 계상한 경우에 손금산입하는 것으로 당해 비영리법인이 결산 시 동 준비금을 손금용인한도액에 미달하게 계상한 경우에는 그 후 국세기본법 제45조의 2의 규정에 의한 경정청구에 의해서 그 과소계상한 준비금상당액을 손금에 산입할 수 없는 것임
국세기본법 제13조제2항의 규정에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받은 아파트입주자대표회의가 광고물 설치장소로 아파트의 옥상을 임대하고 이에 대한 대가를 받는 경우 당해 사업은 법인세법 제3조제3항에서 규정하는 수익사업에 해당되어 같은 법 제60조의 규정에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 하는 것이나, 귀 질의의 경우 아파트 옥상을 임대하고 그 대가로 받는 수입금액의 귀속자가 아파트입주자대표회의인지 여부는 수입금액의 귀속자에 대한 계약내용 등을 종합적으로 고려하여 사실 판단할 사항임
학교법인이 ○○고등학교를 유지·관리할 목적으로 하는 단체인 비영리법인을 설립하여 「법인세법」제3조 제2항 제1호에 의하여 부동산을 임대하는 수익사업을 영위하다가 해당 부동산의 처분으로 인하여 생긴 소득에 대하여는 같은 법 제60조에 의하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고하는 것임
○ 서면2팀-1176, 2008.06.11
｢법인세법｣ 제3조 제2항 제5호의 규정에 의해 비영리내국법인의 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 같은 법 시행령 제2조 제2항이 정하는 것을 제외) 처분으로 인하여 생기는 수입은 수익사업에 해당되어 같은 법 제60조의 규정에 따라 법인세를 신고하여야함
○ 서면2팀-610, 2007.04.09
비영리법인이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하지 아니한 토지(건물)를 양도(수용)하는 경우 수익사업에 해당하는 것이며, 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006.12.31. 이전인 토지에 대하여는 비사업용 토지로 보지 아니하는 것임
법인세법 제3조제2항제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 보유하고 있는 비수익사업용 토지를 양도하는 경우, 당해 토지에 대하여는 같은법 제62조의 2에 의한 비영리 내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 규정이 적용되지 아니하는 것임
○ 법인22601-1219, 1990.06.04
비영리법인이 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 부동산임대용으로 사용하는 고정자산의 처분으로 인한 수입에서 생긴 소득에 대하여는 법인세를 납부할 의무가 있는 것임
○ 서면2팀-2168, 2006.10.26
법인세법 제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인이 법인세법 제62조 제1항 각호의 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하이 있는 경우에는 법인세법 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준 신고를 아니 할 수 있으며, 법인세 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대해서는 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 함
○ 서면2팀-1795, 2006.09.14
비영리법인은 「법인세법」제3조에 규정한 수익사업에서 생기는 소득에 대하여만 법인세 납부의무가 있는 것으로, 비영리법인으로 등록한 교회가 증여받은 고정자산(고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것 제외)을 처분하여 발생한 수입과 취득한 고정자산을 임대업 등 수익사업에 사용하는 경우 수익사업에서 생기는 소득에 대하여 법인세 납부의무가 있는 것임