1. 질의내용 요약

□ 사실관계 및 질의요지

- 서울 서초구에 소재한 질의법인 본사건물을 양도하고자 함. 양도건물 중 3층은 법인 대표이사에게 주택으로 임대하며 1～2층은 본사건물로 사용함.

- 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용함에 있어 사옥 및 주택을 일괄 양도할 경우 법제55조의2제6항에 의한 주택 양도소득 산정방법

【關聯法令】

□ 법인세법 제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. (중략)

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2010년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액 (2009. 5. 21. 개정)

가. 「소득세법」 제104조의 2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) (2009. 5. 21. 개정)

나. 「소득세법」 제104조의 2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지 (2009. 5. 21. 개정)

다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정)

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설)

⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다. (2005. 12. 31. 항번개정) (중략)

⑧ 토지등을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다. (2009. 5. 21. 신설)

□ 법인세법 부 칙 (2009. 5. 21. 법률 제9673호)

◦제2조 【토지등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 적용례】

제55조의 2의 개정규정은 2009년 3월 16일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

◦제4조 【토지등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 특례】

2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제55조의 2 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다.

□ 주택법 제2조 【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. (2009. 2. 3. 개정)

1. “주택”이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 이를 단독주택과 공동주택으로 구분한다. (2009. 2. 3. 개정)

□ 소득세법 기본통칙 89-3 【공부상 주택이나 사실상 영업용 건물인 경우 비과세여부】

소유하고 있던 공부상 주택인 1세대 1주택을 거주용이 아닌 영업용 건물(점포ㆍ사무소 등)로 사용하다가 양도하는 때에는 영 제154조 제1항에 규정하는 1세대 1주택으로 보지 아니한다.

□ 소득세법 제104조의 2 【지정지역의 운영】

② 제96조 제2항 제7호 및 제104조 제4항 제1호부터 제3호까지의 규정에서 “지정지역 안의 부동산”이라 함은 제1항의 규정에 의한 지정지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산을 말한다.

□ 소득세법 시행령 제168조의 3 【지정지역 지정의 기준 등】

① 법 제104조의 2 제1항에서 “지정지역”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역 중 국토해양부장관이 전국의 부동산가격동향 및 당해 지역특성 등을 감안하여 해당 지역의 부동산가격 상승이 지속될 가능성이 있거나 다른 지역으로 확산될 우려가 있다고 판단되어 지정요청(관계중앙행정기관의 장이 국토해양부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)하는 경우로서 기획재정부장관이 제168조의 4의 규정에 따른 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역을 말한다.(이하생략)

□ 부동산 투기지역 지정

◈ 부동산 지정지역 해제 ◈

                                                     2008. 11. 7. 기획재정부공고 제2008-104호

소득세법 제104조의 2 및 동법 시행령 제168조의 3의 규정에 의하여 부동산에 대한 지정지역 해제를 다음과 같이 공고합니다.

                          2008년 11월 7일

          행정안전부장관

1. 주택(그 부속토지를 포함한다) 지정지역 해제지역

서울특별시 강동구, 마포구, 영등포구, 용산구, 은평구, 금천구, 양천구, 동작구, 성동구, 구로구, 종로구, 중구, 강서구, 광진구, 강북구, 성북구, 관악구, 노원구, 도봉구, 동대문구, 서대문구, 중랑구 (중략)

2. 주택(그 부속토지를 포함한다)외의 부동산 지정지역 해제지역

서울특별시 강남구, 서초구, 송파구, 강동구, 마포구, 영등포구, 용산구, 은평구, 금천구, 양천구, 동작구, 성동구, 구로구, 종로구, 중구, 강서구, 광진구, 강북구, 성북구, 관악구, 노원구, 도봉구, 동대문구, 서대문구, 중랑구(이하생략)

□법인세법 시행령 제141조【토지등의 가액의 안분계산】(2001.12.31 삭제)

법 제99조제5항의 규정을 적용함에 있어서 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 그 가액은 부가가치세법시행령 제48조의2제4항 단서의 규정을 준용하여 계산한 가액으로 한다.

□ 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】 (2006. 12. 30. 제목개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (2000. 12. 29. 개정)

□ 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제48조의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (2007. 2. 28. 항번개정)

□ 부가가치세법 시행령 제48조의 2 【과세표준의 안분계산】(중략)

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. (2000. 12. 29. 개정)

 1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

 2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다. (2000. 12. 29. 개정)

 3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다. (2000. 12. 29. 개정) (이하생략)

□ 토지와 건물등의 가액구분이 불분명한 경우 과세표준 안분계산방법 개정고시

(개정 2007. 3. 30 국세청고시 제2007-8호)

부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항 제3호에서 국세청장이 정하도록 위임한 사항인 사업자가 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우로서 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에 대한 과세표준 안분계산방법을 다음과 같이 개정고시합니다. (이하생략)

□ 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 【평가의 원칙 등】 (중략)

④ 제1항 각호의 가액에 2 이상의 재산가액이 포함됨으로써 각각의 재산가액이 구분되지 아니하는 경우에는 각각의 재산을 법 제61조 내지 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액에 비례하여 안분계산하되 각각의 재산에 대하여 감정가액(동일감정기관이 동일한 시기에 감정한 각각의 감정가액을 말한다)이 있는 경우에는 감정가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 토지와 그 토지에 정착된 건물 기타 구축물의 가액이 구분되지 아니하는 경우에는 「부가가치세법 시행령」 제48조의 2 제4항 단서의 규정에 따라 안분계산한다. (2005. 8. 5. 단서개정) (이하생략)

【關聯例規】

○ 서면2팀-2676(2006.12.28)

【질의】

(질의 1) 공부상 주택으로 되어 있으나 사실상 식당으로 사용하고 있는 경우 주택의 양도로 보는지 여부

(질의 2) 공부상 주택으로 되어 있으나 주택을 헐어버린 상태로 양도하는 경우 나대지 양도로 보는지 아니면 주택 양도로 보는지 여부

【회신】

1. 내국법인이 양도하는 건물이 주택에 해당하는지 여부는 건물의 공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조ㆍ기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지ㆍ관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보는 것으로, 귀 질의의 경우가 이에 해당하는지는 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단할 사항이며

2. 공부상 주택으로 되어 있으나 주택을 멸실 후 나대지 상태로 양도하는 경우 주택 양도가 아닌 토지의 양도로 보는 것임.

○ 서면4팀-3630(2006.11.02)

【질의】

- 1세대2주택의 중과세율을 적용함에 있어 공부상 주택을 취득하여 개인사업자의 사무실로 사용하다가 양도하는 경우 사실상의 주택에 사용하지 않았으므로 중과세율 적용대상에서 제외되는지 또는 공부상 주택이기 때문에 중과세율을 적용하여야 하는지 여부

【회신】

건물이 주택에 해당하는지 여부는 건물의 공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고

일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조ㆍ기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지ㆍ관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보는 것이며,

귀 질의의 경우가 이에 해당하는지는 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단할 사항임. ⇐ (법규과-4538, 2006.10.25)

○ 대법2005두4304(2006.10.26)

주택을 양도한 자가 다른 건물을 소유하고 있는 경우, 그 다른 건물이 구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호, 같은법시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제154조 제1항에 정한 ‘주택’에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조ㆍ기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지ㆍ관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 할 것이다(대법원 2005. 4. 28. 선고, 2004두14960 판결 참조).

위와 같은 법리와 기록에 의하여 살펴보면, 이 사건 쟁점 아파트는 일반 분양 아파트로서 그 본래의 용도나 사실상의 용도가 모두 주거용으로 되어 있는 점, 이 사건 쟁점 아파트가 사업용 고정자산으로 장부상 회계처리되었다고 하더라도 ○○○로서는 그와는 상관없이 언제든지 기존의 종업원을 내보내고 자신이나 종업원 이외의 제3자의 주거용으로 사용하거나 또는 임의로 처분할 수도 있을 것으로 보이는 점(원심은 이 사건 쟁점 아파트는 ○○○와 동업자들의 합유재산에 속하여 합유자 전원의 동의가 없는 한 그 처분행위의 효력이 없다고 하나, 원고가 제출한 동업계약서에 의하더라도 ○○○가 이 사건 쟁점 아파트를 조합재산으로 출자하기로 약정한 바가 없을 뿐만 아니라 그 주장의 동업계약 이후에도 ○○○가 단독 명의로 아파트를 취득한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 쟁점 아파트가 동업자들의 합유재산에 속한다고 보기는 어렵다), ○○○가 나중에 이 사건 쟁점 아파트를 양도하는 경우 주택으로 양도할 것이고, 특히 최종적으로 양도되는 아파트의 경우에는 ‘1세대 1주택’으로 비과세될 것으로 예상되는 점, ○○○가 운영하는 사업장의 자산 규모나 그 종업원의 수 등에 비추어 보면 ○○○로서는 종업원이 거주할 기숙사나 합숙소 등이 꼭 필요하였더라면 사업장과 가까운 곳에 여러 명의 종업원이 함께 거주할 수 있는 건물을 마련할 수도 있었을 것으로 보이는데, 굳이 사업장에서 멀리 떨어진 읍내 소재지에 있는 이 사건 쟁점 아파트를 취득하여 아파트 1채당 종업원 1명과 그 가족들이 거주하도록 한 것으로 미루어 보아 이 사건 쟁점 아파트가 반드시 사업(종업원 숙소용)에만 전용(專用)될 것이라고 기대하기 어려운 점 등을 종합적으로 고려하여 보면, 이 사건 쟁점 아파트는 종업원의 거주만을 위한 사업용 건물이라기 보다는 일반 주거용으로 사용되는 ‘주택’으로 보는 것이 타당하다고 할 것이다.

○ 대법2004두14960(2005.04.28)

주택을 양도한 자가 다른 건물을 소유하고 있는 경우 그 다른 건물이 구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호, 같은법시행령 제154조 제1항에 정한 ‘주택’에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고(대법원 1987. 9. 8. 선고, 87누584 판결 등 참조), 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조ㆍ기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지ㆍ관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 할 것이다.

이러한 법리와 기록에 의하여 살펴보면, 원심이, 이 사건 제3 아파트는 원고의 처인 ○○○가 이를 취득한 이후부터 가정보육시설인 이른바 놀이방 전용시설로 사용되어 왔고 주거용으로 사용된 적이 없다고는 하나, 관계 법령에 의하면 가정보육시설은 개인이 가정 또는 그에 준하는 곳에서 설치ㆍ운영하는 보육시설로서 가정보육시설이 설치된 건축물은 건축법상 그 용도가 근린생활시설이나 복지시설이 아닌 주택으로 분류되며, 이 사건 제3 아파트의 구조ㆍ기능이나 시설 등은 침실, 주방 및 식당, 화장실 겸 욕실 등으로 이루어져 독립된 주거에 적합한 형태를 갖추고 있으며, 언제든지 ○○○ 본인이 용도나 구조변경 없이 주거용으로 사용할 수 있고, 또 제3자에게 양도하는 경우에도 주거용 건물(아파트)로 양도될 것이 예상되므로, 이 사건 아파트는 구 소득세법이 정한 주택에 해당된다고 판단한 조치는 옳고, 거기에 채증법칙 위배로 인한 사실오인이나 1세대 1주택 비과세요건에 관한 법리오해의 위법 등이 없다.

상고이유에서 들고 있는 대법원판례들은 사안을 달리하는 것이어서 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

○ 기획재정부 법인세제과-116(2010.3.2.)

법인이 토지와 건물 등을 일괄 취득하여 각 자산별 취득가액이 구분되지 않는 경우, 법인세법 시행령 제89조제1항에 규정한 시가를 기준으로 안분계산하는 것이나, 그 시가가 불분명한 경우에는 법인세법 시행령 제89조제2항에 규정한 금액을 기준으로 안분계산하는 것임.

○ 법인46012-1974(2000.09.23)

질의 1의 경우 법인이 부동산을 특수관계자가 아닌 자에게 장부가액보다 낮은 가액으로 양도한 것이 법인세법시행령 제35조 제2호의 규정에 의한 정당한 사유에 해당하는지 여부는 당해 자산의 감정가액 및 불특정다수인간의 거래실태 등 건전한 사회통념 및 상관행 등에 의하여 판단하는 것이며

질의 2의 경우 타인소유 토지위에 신축중인 건물을 일괄하여 양도함에 따라 각 자산별 양도가액이 구분되지 아니하는 경우 각 자산별 양도가액은 법인세법시행령 제89조 제2항 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 가액에 의하여 안분계산한 가액으로 하는 것이며

이 경우 건설중인 건물에 대한 감정가액 등이 불분명한 경우에는 그 건설에 소요된 비용의 합계액에 의하는 것임.

○ 서면2팀-1618(2005.10.10.)

법인이 토지와 건물, 기계장치 등을 일괄매입하여 매매계약서상 해당 개별자산별로 매매가액이 구분되지 않아 자산별 취득가액이 불분명한 경우에는, ｢법인세법 시행령｣ 제89조제2항 각 호의 규정을 순차적으로 적용하여 계산한 시가를 기준으로 취득가액을 안분계산하는 것임

○ 서이46012-10645(2002.03.27)

귀 질의의 경우 토지 및 건물과 기계장치 등을 일괄 취득하여 그 개별자산에 대한 시가가 불분명한 경우의 당해 자산별 취득가액은 법인세법시행령 제89조 제2항 각호의 규정을 순차적으로 적용하여 계산한 금액을 기준으로 안분계산하는 것이며,

이 경우 토지 및 건물만을 사용할 목적으로 첨가 취득한 기계장치 등을 처분함에 따라 발생하는 처분손실은 토지, 건물의 취득가액에 의하여 안분계산한 금액을 각각 당해 자산에 대한 자본적 지출로 하는 것임.

○ 서이46012-10291(2003.2.10.)

법인이 항만법에 의한 비관리청의 항만공사를 실시하여 취득한 토지와 건물 및 기타 구축물 등의 취득가액은 각 개별자산의 취득에 소요된 비용을 합산하여 계산하는 것이나,

그 비용의 구분이 불분명한 경우에는 ｢부가가치세법 시행령｣ 제48조의2 제4항 단서의 규정을 준용하여 계산한 가액으로 하는 것임

○ 재산-1701(2009.08.17)

「소득세법」 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가를 감안하여 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분 계산하는 것이며,

귀 질의의 경우 주택(부수토지 포함)부분에 대하여는「소득세법」 제99조 제1항 제1호 라목 규정에 의한 개별주택가격을, 주택이외의 건물과 부수토지에 대하여는 같은호 가목 및 나목에서 규정하는 기준시가를 적용하여 안분 계산하는 것임. (동지 : 서면4팀-1108, ’07.4.4 ; 서면4팀-85, ’06.01.19)